形勢發展到這一步，老奸巨猾的袁世凱當然看出自己處境的不妙。他意識到黎元洪乃是解決時局的關鍵人物，為此特別安排了黎元洪信任的張國淦作為教育總長加入內閣。政事堂改稱國務院後，袁接見張國淦謂：“副總統許久未見，大局如此，須得副總統為我幫忙。副總統人極長厚，但是經驗似還不夠。本人意思，打算請副總統每日到府，與我同桌披閱文電，商討大計。這樣局麵，將來總要他擔任，此時多多接頭，以後種種好辦。煩你將我意思向副總統說明。”張一時摸不清袁的意思，所以推說仍請平時負責與黎元洪傳話的楊士琦去說，他則將此事從旁告黎，探問黎意。黎說：“我在癸醜革命時，極力擁護他，曾替他做十二分擔保，結果如是，我不能一再受他欺騙。”拒絕了袁的要求，袁得知此情後，亦未再催促。袁、黎兩人的關係亦就此結束。
形勢繼續朝著不利於袁世凱的方向發展，5月22日和29日，他最親信的四川將軍陳宦和湖南將軍湯薌銘相繼宣布獨立，使他感到“人心大變，事不可為”，他在5月本已患病，經這一刺激，終於6月6日，在羞憤交加中死去。袁病重時，把徐世昌、段祺瑞找來，對他們兩人說：“總統應該是黎宋卿的。我就是好了，也準備回彰德啦。”
袁世凱死後，退位問題不複存在，南北雙方又為總統繼任問題發生爭執。北洋軍自然希望由北洋派頭目繼任總統，在徐世昌、段祺瑞或馮國璋三人中推戴一人，尤其是段、馮爭奪總統寶座的野心都很大。但他們不能不考慮；第一，西南護國軍早已提出袁退黎繼為南北議和的先決條件，無論段或馮誰繼任總統，都會引起護國軍的強烈反對，則南北統一無法實現。第二、段和馮在北洋派中的威望，均遠不及黎，無論誰繼任總統，必然會引起北洋派的更大分裂。因此段祺瑞想到了另一條出路：把袁世凱時期的總統獨裁製轉變為“責任內閣製”，自己出任內閣總理，以北洋派的實力作後盾，掌握軍政實權，而把傀儡總統的位子留給手無寸鐵的南方軍人黎元洪，以總理身份實現另一種形式的軍事獨裁。所以袁死後，北洋派頭目商議繼任總統問題時，徐世昌首先提出，依據約法，以副總統黎元洪接任總統；又考慮到北京秩序，惟段祺瑞有維持之可能，故謂須聽段之主張。據張國淦說，袁將死時，“段曾召集幕僚整整開了一夜會，商討要不要讓副總統黎元洪繼任總統。”段拿了筆，考慮了一夜，想不出好主意，最後把筆向地上一甩說：“好吧！去接他來吧！”段又派人至南京征詢馮國璋意見，馮複電同意。據當時報載，6月5日晚、6日晨、6日上午袁氣絕後，段三往黎宅，勸黎根據約法代理總統。黎初聞袁死信，將信將疑，先派長女紹芬去袁家探視，紹芬回報後，方信袁已死。曾對段“太息曰：‘項城聰明一世，不意竟有今日。’”遂從私人存款中拿出10萬元贈袁家屬，為袁治喪，當時袁花10萬元以購買東廠胡同宅邸贈黎，就自以這種方式歸還。對於接任總統一事，黎最初推辭不就，繼而又表示無力維持秩序，段毅然謂：“公為副總統，當然繼任。”“公出，北京秩序，祺瑞當一人負責”，黎始允。袁世凱病危時日很短，自己未必料到必死，所以除了那句並非做為遺囑而說出的“總統應該是黎宋卿的”以外，沒有留下正式遺囑。可是段祺瑞竟於袁死之當日偽造袁氏“遺令”，文謂：“依約法第二十九條大總統因故去職，或不能視事時，副總統代行其職權。本大總統遵照約法宣告以副總統黎元洪代行中華民國大總統職權。副總統恭厚仁明，必能弘濟時艱，奠定大局，以補本大總統之闕失，而慰全國人民之望……”段祺瑞又以國務院名義通電全國謂：“袁大總統於本月6日己正因病薨逝，業經遺令依約法第二十九條宣告以副總統黎元洪代行中華民國大總統之職權。各省地方緊要，務望以國家為重，共維秩序，力保治安是為至要。”
黎元洪早就領教過這隻“北洋虎”的厲害。1913年底，正是段祺瑞受袁指派強迫自己北上，落入囚籠，丟掉實權和地盤，因此黎對段又恨又怕，但他並不甘心寂寞，伺機東山再起。
雖然南北雙方均讚同以黎元洪為總統，然而所持法律依據卻不相同。段祺瑞6月6日發布之袁世凱“遺令”及國務院通電，均謂依據約法第二十九條，以副總統黎元洪“代行”中華民國大總統職權，則此“約法”係指袁世凱手訂之新約法（1914年5月1日公布）及修正大總統選舉法（1914年12月29日公布）。修正大總統選舉法規定，大總統因故出缺時，由副總統“代理”，代理期限隻有三天，在三天之內開啟金匱石室，根據前大總統所推薦的三人名單，組織總統選舉會，從三人中選定一人為總統。副總統的“代理”職權亦即完結。而當時要黎元洪出任總統，顯然不是代理三天的意思。而段祺瑞在6月7日所發國務院通電中，又含糊其辭地說：“本月七日黎副總統遵法接任中華民國大總統職權。”
西南護國軍提出的以黎元洪任總統，係根據以上約法為基礎的大總統選舉法（1913年10月公布），該法規定，總統因故出缺時，由副總統“繼任”，直至本任大總統任期屆滿時為止，以當時實際情形看，黎元洪正是依據舊約法繼任總統，而非依據新約法代理三天。
黎元洪宣誓就職後，對此問題也不作明確表示。在6月7日就職宣言中，先說：“依據民國臨時約法暫時執行大總統職權”，後又自稱“本代理大總統”，蓋因黎元洪手下筆墨之士既欲迎合北洋派，又不願自失其立場，故持兩端，語意矛盾。而在黎與南方人士的通電中，又有意含糊其辭，依違其間。
資產階級革命派和南方護國軍敏銳地注意到北洋派借黎元洪的繼任問題有意將袁記新約法定為國憲的企圖，立即予以揭穿和駁斥，明確提出恢複民國臨時約法和國會的主張。所以自袁死黎繼伊始，南北雙方函電紛馳，展開了新舊約法之爭，實為日後護法運動之序幕。
黎繼任伊始，即為北洋派之傀儡。自辛亥以來，黎元洪之得以身居高位，都是靠革命黨人推上去，而又靠依附北洋派得以鞏固，袁世凱死後，又是靠護國軍勢力的擁戴而繼任大總統，同樣得靠趨從於北洋勢力而求和立足。故此繼任後第一道申令即為優禮袁世凱。這道申令是由段祺瑞事先擬好，然後請他蓋印公布的。黎元洪還通電全國各省，“不問獨立未獨立，著一體停戰，速即來京，議善後之策”。