11日晨7時，黎元洪一行人到達北京。事先，袁世凱派文武大員二人赴保定府迎接。到北京時，總統府軍事處總、次長、侍衛武官、承宣官、全體國務員及各部每部八員部員到車站迎接；車站周圍200步以內派軍警守護，不準閑人入內；又派拱衛軍一營站隊迎候，極為隆重。黎先入總統府拜謁袁世凱。當時報紙描繪袁、黎相見時的情景說：黎“戎服佩劍，行最肅之軍禮，態度極為謙謹。大總統則殷勤特甚，仿佛極尊嚴之長輩見一極可敬之少年。南北兩傑久久未晤，今日一堂聚首，其握手之情狀，有人比諸明年巴拿馬河開通時大西洋水與太平洋水忽然翕合之奇觀，雖擬不於倫，其言卻有趣味。”其實此比並非“不倫”，它道出袁黎之聚首，給當時的社會超常的震驚，隱含著袁、黎原非一家，貌合神離以及對袁終能使黎“入甕”之嗟歎。第一次見麵除寒暄外，袁告黎以段督鄂之令已下達。黎唯唯。中午，袁大擺筵宴，招待黎元洪，由國務總理熊希齡和全體國務員作陪。宴罷，黎被導引至事先安排好的住所――南海瀛台，這是當年慈禧太後囚禁光緒皇帝的地方，為避嫌，更名為“小蓬萊”。黎享用每月3萬元薪俸，禮遇規格完全與孫中山當年在北京相同，不同的是，黎元洪完全失去了行動自由，成為袁世凱的政治俘虜。
黎元洪剛剛到京時，還希冀過一陣可以返回湖北，但很快就從各種跡象看出，袁世凱決無意讓他返鄂，相反，倒是極力散布各省不應用本省人任該省長官，而應用外省人的論調，以便加強中央集權。黎不能再不知趣，連忙上書袁世凱，主動提出辭去湖北都督兼職，19日，準免黎元洪湖北都督本官的大總統令即下。湖北民政長饒漢祥則早在隨同黎元洪赴京以前，已經袁世凱預作安排。自此以後，湖北省就掌握在北洋軍閥手裏。段祺瑞上任後，立即著手鏟除黎元洪在湖北的勢力，以實現北洋軍閥對湖北的全麵控製。1914年2月，段祺瑞卸職，由另一北洋大將、袁世凱的幹兒子段芝貴接替督鄂。首義誌士拋頭顱灑熱血換來的辛亥革命成果付諸東流，湖北人民陷於水深火熱之中。
黎元洪到北京後，家眷亦於12月11日起程來京，均住在南海瀛台。瀛台位於新華門總統府內東北部，四麵環水，非舟楫不能通過，實在是軟禁政治傀儡的理想處所。無論袁世凱是出於保護還是出於防範，都使黎感到自己處境的危殆，整日憂形於色。而袁世凱對黎內行羈縻而外示懷柔，表現出一副極親密無間的態度。黎一搬進瀛台，即表“移居古鑒軒，蓋距離較近，便於麵談要政”。每日晚飯後7時左右，必約黎在園中散步，或在休息室暢談。且常命其幾個兒子到瀛台謁見黎氏夫婦，顯得彼此感情極洽。黎居方數日，袁世凱便托人說親，要與黎氏結秦晉之好，結果議定黎之次女紹芳許配給袁之九子克玖為妻，又規定給黎月俸1萬元，公費2萬元，合計月支3萬元。實則當時黎每日除散步、讀書、閱報、寫字外，無公可辦，這一筆俸金算是夠充裕的了。黎成了名副其實的寓公。袁世凱為了打消黎的戒心，也為監視其一言一行，經常派唐在禮到瀛台與黎聯係。據唐回憶說：“袁知道我和黎有一段淵源，就叫我去聯係黎，照顧黎，並且鄭重地叮囑我，如果黎有所要求，一般的要讓他十分滿意，不用請示，馬上給他辦到。所以黎那時推薦什麼人，安排個掛名差事，每月拿幾百塊錢，隻要黎開口，提示姓名，我如奉到袁的命令一樣，總是當天替黎辦到，除此之外，我還常到瀛台去見黎，亡妻沈友琴三天兩天常在黎家。我們夫婦倆都著意安慰他，把外麵的事講給他聽。同時我按照袁的命令，常常把袁對他絕無歹意的話說給他聽，千萬讓黎放心。黎表麵上似乎沒有擔憂的神情，但他內心難免有些不滿。這些情況，事後我都向袁彙報……有時黎要見幾個湖北的老朋友，我就一一給他找到，但事後也將情況彙報給袁……黎不大說什麼，送錢去，他總是如數照收。”
國民黨被解散，在黨議員資格被剝奪後，國會不足法定人數，不能開會，1913年11月15日參、眾兩院自行通告停會。26日，袁世凱下令召集政治會議，作為禦用的谘詢機關，實則欲以取代國會職權。黎元洪到京後，即利用黎讚助政治會議。12月12日，袁委任李經羲為該會議長，黎為得到政治會實情，保舉張國淦進政治會議。張為湖北人，南北議和時，是湖北省代表，議和完成後，曾在唐紹儀內閣任銓敘局長。袁不能不給黎這個麵子，故於14日發表張國淦為副議長，袁又欽派政治會議委員8人，其中包括袁的親信楊士琦、黎的親信饒漢祥，楊、饒是一袁一黎，隱約地暗示兩個實力派協力合流。15日，政治會議開幕，袁世凱曾偕黎元洪出席開幕式。22日，黎以“前兼領湖北都督”的名義，承旨領銜邀集各省都督、民政長聯名通電，倡議遣散議員，取消國會，即以政治會議代之。電文謂：“現代政治會議已經召集……請大總統飭下國務院谘詢各員以救國大計……現在國民黨議員，悉經解散，其餘穩健議員……應請大總統給資回籍，另候召集。”此外，呈文還談到增修約法問題，認為修改憲法“萬不可拘文牽義……曆考中外改革，初期以時勢造法律，不以法律強時勢”。言外之意是統治者可以根據“時勢”的需要改造憲法。1914年1月10日袁世凱為令政治會議討論國會問題而發出的長篇“布告”中，全文引錄黎領銜的通電並指出其兩大要點：“第一則修正憲法而以拘文牽義為戒；第二則請資遣議員而以扶持國本為宗旨。”這真是畫龍點睛之筆，概括了黎領銜通電的主要內容；同時也正是袁當時謀求解決的兩大課題。袁即於當天宣布解散國會，遣散議員，則黎氏領銜之通電即為解散國會之張本。