辮子軍統領蘇錫麟見張勳全家已安全撤離，這才吹號集合辮子兵全體繳械投降。北京城裏安然無恙，並沒有發生某些史料中所謂“辮子兵燒殺搶掠、奸淫婦女、無惡不作”等混亂局麵（不排除段祺瑞的“討逆軍”進城時可能會有此等行徑）。辮子兵在北京駐守這一回，是其創建以來表現最出色的一回。他們以其獨特而奇異的精神風貌，緊張而頑強地演完了為期12天的複辟活劇，同時，也為他們主帥的政治、軍事生涯畫上了一個淒慘的大句號。
罪魁禍首遭通緝，鬆壽老人度晚年
7月14日，段祺瑞頂著“再造民國的英雄”的堂皇冠冕，大搖大擺地進入北京城，重新組織他的段氏內閣，穩穩地把握了北京政權，同時宣布通緝張勳、康有為、萬繩木式等複辟罪犯，但隨即卻於法庭當庭開釋了已被捕獲的複辟幹將張鎮芳和雷震春。其餘如劉廷琛、康有為諸輩，亦皆任其遁逃無遺。更有意思的是，清皇室積極參與複辟，本該與張勳同罪，然而，經徐世昌策謀，馮國璋電允，段祺瑞執行，竟於7月17日發布大總統令如下：
大總統令
據內務部呈稱：準清室內務府函稱：本日內務府奉諭：
前於宣統三年十二月二十五日欽奉隆裕皇太後懿旨，因全國人民傾心共和，特率皇帝將統治權公諸全國，定為民國共和，並議定優待皇室條件，永資遵守，等因。六載以來，備極優待，本無私政之心，豈有食言之理？不意七月一號，張勳率領軍隊，入宮盤踞，矯發諭旨，擅更國體，違背先朝懿訓。衝入深居宮禁，莫可如何。此中情形，當為天下所共諒。著內務府谘請民國政府，宣布中外，一體聞知，等因，函知到部，理合據情轉呈等情。此次張勳叛國矯挾，肇亂天下，本共有見聞，茲據呈明谘達各情，合亟明白布告，鹹使聞知。
此令！
中華民國六年七月十七日
國務總理 段祺瑞
這道大總統令重疊引文，詰屈聱牙，言辭閃灼，語意含混，但其大意不外乎兩條：其一，清室複辟乃張勳挾迫所致，故罪在張勳個人而與清室無涉；其二，清室既無複辟之責，則往昔所享之優待條件自當照享不誤。這便是袁世凱死後，正宗的北洋三巨頭對於整個事件所抱的基本立場和基本態度。
因此，當時以孫中山為首的國民黨和南方地方勢力紛紛發表通電，譴責北京政府縱凶釀亂；揭露他們同為複辟罪犯的醜惡本質。然而，當時的南派人士並不知道，盡管徐世昌、馮國璋、段祺瑞對於絕大多數的複辟罪犯采取百般包庇和放縱的態度，但他們對張勳卻是實實在在的刻薄得很。他們不僅在所有的文電中都咬牙切齒地把張勳稱為“該逆”“元凶”“罪魁”等等，而且把一切複辟罪責一股腦兒全推到張勳一人身上。據說段祺瑞在馬廠誓師之際，即已與徐樹錚商定兩條處置張勳的辦法：
一、如張勳采取合作之態度，主動交出全部複辟文件，率軍投降，並表明永遠獨身承擔複辟的全部責任，則準予貸其一死，將其放逐山林，永不敘用。
二、否則，打進京城後，遣亂兵將其殺死，或逼迫其自殺，以達殺人滅口之目的，卸卻往日讚成複辟的責任。
但後來又因外國使團插手，致使兩條辦法均未見效。張勳依然抱著一大摞足以證明北洋軍閥全體共同犯有複辟之罪的真憑實據，活蹦亂跳地逃進了荷蘭使館，隨即轉至由荷使代管的德國兵營。段祺瑞情知已再無法輕而易舉弄死張勳，隻得轉而求助有關外國使館嚴格控製張勳的行動，以免其亂說亂動捅出婁子。7月17日，段祺瑞進京才三天，即令其外交總長汪大燮向荷蘭駐華公使貝拉斯發出照會：
為照會事：此次張勳作亂，逃入貴國使館，希圖苟免。該逆此等舉動，應為中外所共棄。現該逆既匿居貴國使館管轄之地，貴公使自必設法禁止該逆，勿在匿居處所有何直接得以影響本國治安之舉動。為此，應請貴公使嚴禁張逆，勿得接見中外人士及與外間通遞消息，以遏亂源，實紉睦誼。至外間盛傳張逆有密謀潛逃之說，此等逆徒，當本國政府尚未決定處置辦法之先，並請貴公使嚴重監視，勿任逃逸，致令貴公使駐節之友邦複有為該逆作亂之虞。中、荷睦誼素敦，貴公使自必深表同情也。
從這份照會的措辭和語氣，不難看出段祺瑞對張勳的憎惡、恐懼及對其動態的關注達到了何等程度。他能夠毫不顧忌地赦免其他的一切複辟直接參與者，惟獨對已經失去了一切實力的張勳卻仍然耿耿於懷，左一個“禁止”，右一個“嚴重監視”，而且“勿得接見中外人士及與外間通遞消息”。雖然名為“維護本國治安”，實則懼其捅出以往北洋全體促其主盟複辟之文件。這一點，已是再明白不過了。
對於段政府的照會，荷蘭公使貝拉斯采取虛與應付的辦法。他一方麵複函表示答應段政府要求，保證嚴密監視張勳行動，實際上仍讓張勳在他的避難處頻頻會見外間探望者，特別是有人注意到，日本人佃信夫多次在張勳避難的德國兵營門口徘徊。種種情況表明張勳有可能由外國人協助逃跑出境，這使段祺瑞惴惴不安。事情拖到9月21日，汪大燮隻好再次致函荷使貝拉斯，提出兩條解決辦法：