然而，正當張勳受到嘉獎，對袁世凱感戴不已的時候，他卻無意之間差點兒給袁世凱捅了一個大漏子。
原來，袁世凱酷愛商鞅、申不害等戰國時法家人物的嚴刑峻法、恩威並施的統治權術，並把那一套慘酷手法用來治理他的新建陸軍。他授權各級長官對不聽話的士兵可以任意責罰侮辱，扣發薪餉。他對士兵定出了整整18條斬罪，如“有意違抗軍令及淩辱長官者斬”，“頭目戰死，本棚兵丁並無傷亡者，悉斬以殉”，“結盟立會、造謠惑眾者斬”等等。他還在通往小站各道口設卡緝拿逃兵，抓住一名賞銀20兩，然後集合全軍當眾“哢嚓”一刀把腦袋砍下來，用竹竿撐著號令轅門，以儆效尤。袁世凱克扣軍餉吃空額也有絕招。他規定新軍士兵的月餉發放不許營官經手，而由糧餉局長官（即他的表弟劉永慶）派員在出操後當場點名，直接發到士兵手裏。這樣，表麵上杜絕了營官吃空額的現象，但是他向朝廷報告全軍兵額總數時，卻虛報了2000餘人，結果，這筆空額就全進了他的私囊。
袁世凱的這一套搞法，後來終於被一位名叫胡景桂的監察禦史得知，他在一些滿族親貴的慫恿下，向皇帝奏了一本，說袁世凱“嗜殺擅權”、“克扣軍餉，誅戮無辜”，以及“論情麵大小饋遺多寡”等等。於是，皇帝便派榮祿前往查辦。榮祿到了小站，張勳也被作為證人之一召去問話。當榮祿問到袁世凱有無上述犯科事實時，張勳一時保主心切，竟又拿出昔日他在蘇元春麵前為犯科部下辯解的那股勁頭，眼紅脖子粗地說：“媽那個巴子，什麼雞巴禦史瞎告鳥狀！咱堂堂袁督辦宰他七八十個逃兵都不可以還怎麼去治軍？不克扣軍餉，那些刁兵能乖乖聽話……”他沒有想到這種公事公辦的場合，跟當年蘇元春找他私下交談是不同的。他這麼一嚷，就等於當眾證實了袁世凱被參各款罪責全是事實。嚇得同時在場的阮忠樞連忙跪地為他“糾偏”說：“啟稟欽差大人，咱張中軍言之有理，按說將在外應有依律治軍之權。不過咱袁督辦實際上並未真正殺過逃兵，也未真正實行過扣餉製度。隻是某日命令某等殺了營門外一名鬧事的賣菜漢子。可能有人誤以為那就是濫殺兵丁也未可知。小人所稟都是事實，請大人明察。”
“放肆！兵丁不能濫殺，賣菜傭就可以擅害麼？叫你們袁督辦來，本大臣必當嚴譴！”於是，眾人戰戰兢兢退了出去。事後，才知道榮祿那番嚴厲查處的神色，隻不過是故意裝個樣子而已，實際上，他早已被袁世凱的重金孝敬買通，跑到小站來走了一通過場，回去後便“據實”奏報皇帝說，袁世凱確有缺點，但他不過是“擅殺營門外賣菜傭一條，已予嚴譴，其餘所參各條皆有輕重出入”，“不如乞恩姑從寬議，仍嚴飭認真操練，以勵將來。”
就這樣，袁世凱有驚無險，安全度過了一場危機。但張勳的好心好意的笨拙表現，卻不能不叫袁感到惱火，而阮忠樞隨機應變為他避重就輕，巧妙開脫的高度靈活性，則使他讚賞不已。兩人一比，一優一劣，黑白分明。好在他也知道張勳是出自好意，不忍就此撤換他，隻是私下交待阮忠樞，今後不必向張勳請示重大機要事宜，有事可直接商諸督辦本人。從此，阮忠樞成了袁世凱的直接屬員，而張勳隻是阮忠樞名義上的上司。實際上，等於從此有了兩個分工不同、地位並列的行營中軍。但凡重大機密，都由阮忠樞一手操辦，張勳統不知情。他隻管他的保衛和機關事務。張勳雖然粗心，也明顯地感覺到了這種變化，不過，他沒有計較。他知道，這支新建陸軍就是袁世凱私人開的一家店鋪，店員的選募和官祿的予奪都是憑著袁的一句話。他能保持這個行營中軍的頭銜和部分職責，就說明袁世凱還對他有情。他隻有加倍努力地效盡犬馬之勞，才能繼續贏得袁世凱的眷顧，不該他知道的事情，他就不過問。這樣，他和阮忠樞之間也就沒有發生什麼權力之爭，各人辦各人的一攤子事，彼此仍然稱兄道弟。阮忠樞見他很知趣，雅量不小，也就對他抱著幾分出自真心的敬意。結果，這一對本來很可能鬧成冤家對頭的同事，反而關係日篤，彼此建立了終生的友誼。即此可見，張勳雖然時至此刻，仍會由於性格上的原因，時常鬧出些小笑話，但從大體上說，他的官場技藝卻已經達到了相當圓熟的程度。
轉過頭來，已是戊戌年。這一年，發生了中國曆史上著名的戊戌變法運動。年少誌高的光緒皇帝想要勵精圖治，當一名中興之主。於是網羅了康有為、梁啟超、譚嗣同等一大批愛國情切、生氣勃勃的年輕書生，試圖實施變法。當年6月11日，皇帝下詔“明定國是”，宣布了一些改革措施，變法正式開始。但光緒的一係列變法措施違犯了“祖製”，引起了以慈禧太後為首的守舊頑固派的激烈反對。光緒皇帝生性懦弱，沒有兵權，麵對頑固派的反攻百般無奈，終於想起了在小站練兵的袁世凱，並一心指望他來保駕護航，維護變法大業。
袁世凱是一名慣於鑽營投機，見風使舵的兩麵派老手。他先前見康有為等人在皇帝麵前鬧得紅紅火火，眼看變法大有可為，他也就積極投上一股。他曾到北京和康有為交上了朋友，到處慷慨陳詞聲言變法之利，並把他的練兵吹噓為實行變法的具體行動。他還交納會費參加了康有為組織的強學會，並為該會募集了一大筆活動經費。6月，變法令下後，慈禧太後逼迫光緒皇帝驅逐支持變法的師傅翁同龠禾回老家。當翁老頭被逐出京路過天津時，袁世凱還派人持厚禮相送，表示同情。然而，當他最終看清太後勢力強大，皇帝不足為靠時，他竟一反常態，毫不猶豫地一頭鑽進了太後的懷抱，而把個授之以大任的“萬歲爺爺”活活地出賣了。關於這一段故事，史籍上有著詳盡的記載，無庸本著贅述。