軍機處派出專查此案的欽差，則“字字開脫，列據各司道文武稟覆供詞，以駁原參，幾無一事稍有影響，連閱前後兩折，直如兒戲，真足以令人噴飯。”甚至有人認為，曾國荃指責官文“肅黨”一事不實，要求照例反坐，治曾國荃誣陷罪。
慈禧那拉氏心裏清楚，此次參劾純屬湘係與滿洲權貴之間的權力之爭，而撚軍正盛，還需要利用湘淮兩軍出力。因此，開去官文的湖廣總督職，留大學士銜，回京後，又令具掌管刑部，兼正白旗都統。實際上對官文並沒有什麼損害。
但令曾國藩擔心的事還是發生了。此後不久，一大批湘軍官員被紛紛開缺回籍，如陝甘總督楊嶽斌、陝西巡撫劉蓉、廣東巡撫郭嵩燾、湖北巡撫曾國荃、直隸總督劉長佑。這不由得使曾國藩警醒起來，他覺得這有可能是參劾事件所引起的後果。曾國藩在給郭嵩燾的信中提到：
“官相（官文）剛才有署直隸之信，不知印渠何故開缺？近日厚（楊嶽斌）、霞（劉蓉）、筠（郭嵩燾）、沅（曾國荃）次第去位，而印（劉長佑）複繼之，吾鄉極盛困難久耶，思之悚惕。”
這不能不使曾國藩為自己的末路憂心，而且，他日益感到朝廷對自己的冷淡和疏遠。對為宦不得罪巨室更有了一層深切的體驗。
“去年年終考察，吾密劾者皆未動，知聖眷已差，懼不能始終，奈何？”
9月13日，曾國藩奉到上諭：“著調補直隸總督，兩江總督著馬新貽調補。”曾國藩深知，由兩江調往直隸，這並非是對自己重用，而身在直隸，上下矚目，隻恐難以任久。可及早辭謝，又難於為陳請開缺的措辭。真是宦海之途不自由啊。
立同大智慧
曾國藩先是被授予武英殿大學士，其後，又封予他雲騎尉世職，一年中數遷，可謂榮耀之至。但曾國藩不得罪巨室的憂患意識，是他為官不敗根本原因。