在這種情況下，鹹豐帝才有“棄瑕錄用”的旨意，肅順也趁機以人才難得進言。官文接旨後，才不再催左宗棠對簿，草草了結此案。此案剛發生之時，左宗棠曾寫信給友人，陳述自己的委曲與悲苦之情：“弟性剛才拙，與世多忤，近為官相所中傷。幸所做之事容易明白，而當軸諸公尚有能知之涼之者，或可不預世網，然亦險矣！自念草野書生，毫無實用，連年因疊梓之故，為披發纓冠之舉，忘其愚賤，一意孤行，又複過蒙優獎，名過其實，其遭此謗陷，固早在意中。特欲借會試一遊京師，脫離此席，非敢再希進取，以辱朝廷而羞當世之士也。”於是，左宗棠辭別駱秉章，於鹹豐十年正月離開長沙。他三月三日到達湖北襄陽，突然接到胡林翼一封密信，“言含沙者意猶未謙，網羅四布，足為寒心。”當時，正值襄陽大風雪，左宗棠想躋登廟堂之上，深感帝鄉不可期，擬委身江湖之遠，又憂讒畏譏。
當時，曾國藩駐軍宿鬆，胡林翼駐軍英山，議欲分三路進攻安慶。左宗棠來營暫避鋒芒，曾國藩熱情地接待了他，並連日與他商談。正在這時，四月初一日，特旨詢問曾國藩說：“左宗棠熟悉湖南形勢，戰勝攻取，調度有方。目下，賊氛甚熾，而湖南亦所必欲甘心，應否令左宗棠仍在湖南本地襄辦團練等事，抑或調該侍郎軍營，彈得盡其所長，以收得人之效？著曾國藩酌量處理。”曾國藩立即於四月十三日上奏說：“左宗棠剛明耐苦，曉暢兵機。當此需才紮亟之際，或飭令辦理湖南團防，或簡用藩桌等官，予以地方，彈得安心任事，必能感激圖報，有裨時局。”曾國藩與胡林翼是在左宗棠極其潦倒，“四顧蒼茫”的時候，向左宗棠伸出了援助之手。
清廷接到曾國藩上述奏章，於四月二十日，諭令左宗棠“以四品京堂候補，隨同曾國藩襄辦軍務”。左宗棠因而正式成了曾國藩的幕僚之一。曾國藩立即讓他回湖南募勇開赴江西戰場。過了幾個月，左宗棠軍在江西連克德興、婺源，曾國藩立即於十一月二十八日專折為他和部屬報功請賞，並追述他以前的戰績說：“臣查左宗棠一軍，自移師景鎮，一聞貴溪警報，分路調撥，或迎頭痛擊，計十日之內，轉戰三百餘裏，連克三城，使狼奔須突之眾，喘息不得少定。實屬調度神速，將士用命。自此股剿敗之後，即有池州大股撲陷建德，直犯浮梁、景德鎮，亦惟左宗棠一軍獨當其衝。左宗棠初立新軍，驟當大敵，晝而躍馬入陣，暮而治事達旦，實屬勤勞異常。”可謂推崇備至。左宗棠因此得晉升為候補三品京堂。
至鹹豐十一年四月初二日，曾國藩又上奏道：左宗棠“上年奉旨襄辦臣處軍務，募勇五千餘人，馳赴江皖之交，方慮其新軍難收速效，乃去冬堵黃文金大股，今春擊退李世賢大股，以數千新集之眾，破十倍凶悍之賊，因地利以審敵情，蓄機勢以作士氣，實屬深明將略，度越時賢”，因而懇請“將左宗棠襄辦軍務改為幫辦軍務”。朝廷立即照準。
這年十一月十六日，曾國藩根據閩浙總督慶端、浙江巡撫王有齡之請，奏請派左宗棠援浙，並將在江西廣信、廣豐、玉山、饒州和安徽徽州等地的陸軍及昌國內河水師，統歸左宗棠就近節製調度，使左宗棠開始擁有較大的軍權。但左宗棠還來奔至杭州，杭州已於十一月二十八日（1861年）被太平軍占領，杭州將軍瑞昌與浙江巡撫王有齡均死於戰事。於是，曾國藩第四次上奏保舉左宗棠。他於十二月十二日向左宗棠通報說：“浙江竟於十一月二十八日失守，六十力生靈同遭浩劫，天乎酷哉！弟於二十五日複奏統轄浙江軍務，已附片密清簡閣下為浙江巡撫。無論是否諭允，目下經營浙事，全仗大力，責無旁貸。”
果然，左宗棠於次年二月（1862年）即受命為浙江巡撫，並根據曾國藩的奏請，朝命左的部下蔣益澧為浙江布政使。曾國藩一方麵請求辭掉自己節製浙江軍務的諭令，一方麵把左宗棠推到了浙江的最高位置上。他在奏稿中寫道：“以臣遙製浙軍，尚隔越於千裏之外，不若以左宗棠專為浙省，其才實可獨當一麵。”曾國藩如此謙讓，又如此真心實意地為清朝廷保舉人才，心中哪有半點對左宗棠的嫌隙之意？
同治二年三月十八日，左宗棠被授命任閩浙總督，仍署浙江巡撫，從此，與曾國藩平起平坐了。三年之中，左宗棠從被人誣告、走投無路的人，一躍而為封疆大吏，這樣一日千裏的仕途，固然出於他的才能與戰功，而如此不斷的報功保舉，也隻有曾國藩才能做到。所以，左宗棠在挽曾國藩的聯中，深情地寫道：“謀國之忠，知人之明，自愧不如元輔。”
時人及後世常愛談曾、左交惡。其實，二人雖僅止於有齟齬，內裏卻交情至深，正如左宗棠自己所說的“同心若金，攻錯若石”。共同的事業——中興清室，使他們走到了一起，因而成為曆史上的一段佳話，這也正是曾國藩“待人以誠恕”的最好例證。