而此時此刻玄武門正處在激戰中，一些跟隨建成和元吉的死士在魏征等人的指揮下，不但猛攻玄武門，而且還抽出一部人馬要去攻打秦王府。李世民見狀大驚失色，秦王府中雖然沒有太重要的東西，但各人親眷卻都在府中，而且他為了設伏於玄武門，將府中的大部分兵力抽調出來，現在根本無力再去阻止對方去進攻秦王府了。
正在這緊急時刻，尉遲敬德隨同裴矩出現在玄武門前，見此情景，尉遲敬德對著敵軍高聲叫道：“呔，你們聽著，現在首惡早已伏誅。你們再頑固下去也是死路一條，趁早放下武器，秦王殿下英明神武，宅心仁厚，定會饒你們死罪！”
說完，他衝著裴矩使了個眼色，裴矩連忙將李淵的手敕拿出來宣讀道：太子、齊王作亂，秦王起兵誅之，頗合朕意，現令諸軍皆受秦王節製，東宮、齊王府中將士一律罷兵歸府，如有違抗，立斬不赦！
原本還想大動幹戈的東宮和齊王的部下一見主子都已經人頭落地，而且李淵又頒發了這樣的詔敕，一個個頓時鬥誌全失，手提兵刃，靜觀事態的變化，有的甚至偷偷溜走了。忽然間，一聲暴喝平地而起：“諸位，如此弑兄奪位之徒，人人得而誅之，大家怎能讓此惡賊逍遙法外！”
隨著這喊喝之聲，一個人率先手執長劍從建成與元吉的兵士群中衝出來，正是太子洗馬魏征。緊隨其身後，東宮都尉薛萬仞也帶著幾名兵士衝了出來。但也僅僅這幾人而已，大多數的人都因眼前的形勢喪失了信心，他們能做的隻有靜觀其變或者是悄悄逃逸。
“魏征，還不下馬受降？”尉遲敬德高聲喝道。
魏征並不答言，揮舞長劍猛衝，李世民手下見狀也揮動兵器還擊。轉眼之間，那幾名忠心於李建成兄弟二人的兵士都濺血當場，而魏征也被縛。薛萬仞一見再拚下去也隻是死路一條，當下揮刀砍翻了幾名圍上來的兵士，對著魏征叫道：“先生，你多多保重，萬仞去也！”
說完，他趁機搶過一匹戰馬，翻身上馬，打馬如飛，轉眼間便絕塵而去。長孫順德要帶人去追趕，李世民擺擺手把他攔住，叫過房玄齡和杜如晦問道：“如今我們已經事成，不知接下來應該怎麼辦？”
“王爺，此次玄武門設伏得以獲勝，純屬僥幸，而且太子和齊王在生前又於長安城內外廣為經營，黨羽眾多。如果我們處置不當，很可能會導致這些人起兵叛亂，所以為今之計，王爺應該安撫與威壓並禦。”房玄齡開口應對道。
“如何安撫，如何威壓？”
“王爺，京城重地，人心穩定為第一要務。如今血案已生，雖已誅逆，但人心必定惶惑。所以在京城之中應力求安撫以定人心；遠僻之地，有附於太子及齊王的，若不興亂便應著力安撫，若有蠢蠢之心，則應立施威壓之策，防止其滋生事端。”杜如晦接口說道。
李世民聽罷點點頭，眼前的斑斑血痕讓他心驚不已。雖然他是不得已而為之，但死於自己之手的卻是和自己有著血緣關係的同胞兄弟，而且還曾經為了父親的宏偉藍圖而毫：無私心地並肩戰鬥過。一份悲涼從他的心底騰升起來。良久，他才從這種癡迷的狀態中猛醒過來，吩咐一部分人打掃戰場，清除血跡，而他則帶著剩下的人馬回秦王府。同時，他還按照房玄齡的建議留下一大批人馬守衛皇宮，保護父皇的安全，但同時也把父皇的行動置於自己的視線之中。
“哎，程將軍哪裏去了，怎麼一直沒有見到他呢？”不知是誰高聲地叫著。
經他這麼一提醒，眾人這才意識到，是啊，好長一段時間沒有見到程知節，否則他那大嗓門早就響起來了。李世民詢問了一下身邊的人，卻都不知其所終。
“王爺，剛才老程一個勁兒地嘟囔說沒有殺過癮，我還對他說以後總會有機會的，可一轉眼就不知道他跑到哪裏去了。”尉遲敬德從後麵趕上來說道，手中仍舊提著李建成和李元吉的首級。
其他人聽後倒不以為然，但房玄齡卻大為著急，連忙對李世民說道：“王爺，您先和諸位回府，微臣前往東宮，所俘之人，您一定要妥善安置。”
“你放心去吧，所俘之入我一定會好好安置的。”李世民也隱隱約約地覺出了事態的嚴重性。
房玄齡毫不遲疑，縱馬疾馳而去。
東宮之中。
已經殺紅了眼的程知節率領十餘名兵士將合府上下的男女老幼都驅趕到一處大院之內，強令所有人都跪在地上，一一數落著李建成的罪過。數落完，程知節大叫一聲，手起斧落，隻聽幾聲慘叫，跪在最前排的幾名家人便身首異處。後麵的人頓時發出了一連串的慘叫，有的孩子則一個勁兒地往目瞪口呆的母親懷裏紮。他們都被眼前這幕慘劇嚇呆了。
“程將軍，你欺負我們這群手無寸鐵的人算什麼能耐？”一家人昂首向程知節凜然問道。
“哼！”聞聽此言，程知節冷哼一聲，將手中板斧擲在地上，衝著那名家人說道，“好啊，我現在手中已經沒有了兵器，你又能怎麼樣？”
那名家人一見程知節丟了板斧，略微遲疑了一下，繼而叫著向程知節猛撲過來，二人交上了手。那家人雖然生得頗為魁梧，但又哪裏是程知節的對手，戰不幾個回合，被程知節一把抓住腰帶，順勢舉過頭頂，轉了幾圈，猛地拋出，隻聽一聲慘叫，那家人的頭正好撞在石階上，當場腦漿四濺。
“殺，一個都不留，將他們全殺光！”
程知節咬牙切齒，惡狠狠地向手下兵士命令道。頓時，院子裏亂作一團，哭聲、叫聲和嗬叱聲混雜在一起，有幾名意圖反抗的家人先做了刀下之鬼。
“住手！”
正在這緊急時刻，門口傳來一聲斷喝，眾人扭頭一看，來人正是房玄齡，程知節不無意外地問道：“房先生，你怎麼來了？”
“程將軍，我是奉王爺之命來見將軍的。”
“怎麼，王爺有什麼吩咐嗎？”
“王爺讓我轉告將軍立即回府。”
“什麼？不行！我還沒有殺過癮呢，何況這群人狼子野心，正好可以殺之以絕後患。”
說著，程知節提起板斧又向那些已經瑟縮成一團的人走去，那些仍舊跪立於地的人眼中頓時閃出一片絕望之色。
“將軍，不可！”房玄齡情急之中伸出手拖住了程知節的後襟。
“先生，你別攔著我，不然我老程可翻臉了！”
殺紅了眼的程知節想起以前所受李建成和李元吉二人的晦氣，心中一直憤憤難平。如今二人已死，他便遷怒於東宮府中諸人，現在卻又被房玄齡給阻攔，他自然會怒氣難平。
“將軍，你是希望王爺得天下，還是希望王爺失天下呢？”
“當然是希望王爺得天下了，要不然我們何必費此周折？”程知節聞言不禁愣住了。
“將軍，如今首惡既誅，可以說是禍患已除，當務之急是要穩定局勢，使人民都務於國事。如果我們仍在長安城中大行殺戮，必定會搞得人心惶惶，難以安定。何況京城之外還有不少擁護二王的力量，他們之所以附於二王，多半是看中了二王的聲威和地位，若我們力行安撫，一定會將這些力量轉為同盟；反之，如果我們大行誅戮之道，便會使他們陷於困境，為求自保，隻得執戈以待。將軍你說，你這是幫王爺呢，還是在拉王爺的後腿呢？”
“這……”
“如今皇上已有意立王爺為太子，而且意存內禪，如果我們現在大行殺戮，誰還會為王爺所用呢？”
“算了，算了，我說不過你。”程知節無可奈何地擺手說道，轉身對跪在地上的那些人低吼，“算你們走運，要是依著俺老程的脾氣，早把你們一個個都砍了，給俺老程出出以前受那兩個死鬼的鳥氣。”
一聽這個人承諾不再殺人了，東宮合府上下一片終於如釋重負，但是依然不敢起身。房玄齡見眾人還跪在地上，於是趕緊讓他們站起來，命人把地上的血跡及屍體都清理幹淨。見眾人還在瑟瑟發抖，房玄齡對眾人又安慰了一番。之後，才拉著程咬金回到了親王府。迫於李世民的壓力，李淵對李世民所為並沒有過多指責，很快就將他立為太子。一個月後，李淵自退為太上皇，李世民登基成為唐太宗。