與此同時，彭加木更著力於植物病毒的研究工作。他深知，植物病毒是農業的大敵，研究植物病毒將為消滅植物病毒，提高農業產量起重大的作用。
例如，馬鈴薯的鏽球病毒，曾一度使河北省的馬鈴薯減產50％—70％，發病率高達85％—92％！油菜的花葉病毒，曾使長江流域的油菜減產30％—50％，平均發病率達427％，嚴重的達94％！
內蒙一帶的甜菜受黃化病毒危害，含糖量減了27％—31％！
此外，玉米條紋病毒、棗瘋病毒、西紅柿花葉病毒、白菜孤丁病毒、蘿卜花葉病毒……也曾使我國農業受到莫大損失。
彭加木借助於“科學之眼”廣泛地研究了危害柑橘、桑樹、水稻、小麥、玉米、甜瓜、哈密瓜等的各種病毒，作出了不少貢獻。為了研究植物病毒，他走南闖北，什麼地方發生病害，他就跑到哪裏采集樣品，然後帶回上海用“科學之眼”觀察、拍照。
就這樣，彭加木從1961年之後，忍受著病痛，每年夏天奔赴新疆工作，其餘時間多次到廣州、福州、鄭州、南京、杭州、昆明等地，深入到田間，進行植物病毒研究。他本人就像他的那架“老掉牙”的照相機和那輛“老坦克”自行車那樣，大大超出了癌症病人的“作用期”。他用那病弱的身體四處奔波，同樣把“老本”都用出來了。
黨和人民的表彰
彭加木的畢生誌願，就是默默地“想作一顆鋪路的石子，讓別人踏在自己的背上走過去”。
他樂於作鋪路石子，安於作鋪路石子，然而，他又是一顆閃光的鋪路石子！
彭加木的鋪路石子精神，受到了人們的讚揚。
在1964年初，他光榮地成為中國科學院的先進標兵。
在1964年春節前夕，中國科學院上海分院黨委召開了一個青年科研人員迎春座談會，在會上向大家介紹彭加木的先進事跡，並宣讀了中共中央華東局第一書記、中共上海市委第一書記、上海市市長柯慶施寫給彭加木的一封信：
親愛的彭加木同誌：
……你自從一九五七年身患重病以來，一直遵循黨的教導，革命意誌十分堅定，戰鬥精神十分頑強。你不但發揚了革命的樂觀主義精神，同嚴重的疾病進行了堅決的鬥爭；而且在疾病折磨的極其困難的情況下，仍然生龍活虎，赤膽忠心，英勇頑強，奮不顧身，把黨的事業看得比自己的生命還要寶貴，一再揀重擔挑，搶重活幹，帶病奔赴祖國邊遠地區開創科學研究工作，考察祖國自然資源，始終堅持為黨工作。經過長期的艱苦的工作，你不但做好了革命工作，而且製服了嚴重疾病的折磨。你這種一心為公、不怕犧牲，全心全意地把自己的青春和自己的生命貢獻給黨的事業的火熱的革命感情和崇高的革命品質，是廣大黨員學習的榜樣……
我衷心地祝願你，在偉大的毛澤東思想指導下，進一步發揚這種無產階級的革命感情和大無畏精神。我衷心地祝願你，早日完全恢複健康，對黨對人民作出更大更好的貢獻……
柯慶施
1964年2月11日
當天夜裏，彭加木給柯慶施寫了一封回信：
……我做過的工作不多，取得的成績很有限，與黨的要求距離尚遠。今後我決心要遵循您親切的教導，學習毛主席著作，努力學習解放軍，以偉大的毛澤東思想來武裝自己，發揮無產階級的革命感情和大無畏精神，全心全意為人民服務，團結群眾，在親愛的黨和毛主席所指引的革命化大道上奮勇前進……
絕不辜負黨的多年培養和教育，立誓要做一個真正名副其實的共產黨員，做人民的勤勤懇懇的勤務員。鼓足幹勁，為攻克科學堡壘、攀登科學高峰而獻出個人的一切。
1964年4月，上海《解放日報》、《文彙報》都以大量篇幅報道了彭加木頑強抗拒病魔侵襲、赤膽忠心為革命事業拚搏的先進事跡。
當時，上海樹立了一係列先進標兵，其中有上海廣慈醫院治療大麵積燙傷工人邱財康、上海第六人民醫院陳中偉醫師斷手再植成功、工人王林鶴試製高壓電橋成功、小學先進教師吳佩芳、少先隊先進輔導員劉元璋等，彭加木也名列其中。
彭加木的事跡引起主管科技工作的聶榮臻元帥的注意，寫下了這樣的題詞：
向彭加木同誌學習。
學習他的革命樂觀主義精神，
學習他克服一切困難、埋頭苦幹的精神，
學習他全心全意地為發展我國科學事業，為社會主義建設事業服務的精神。
中國科學院院長郭沫若早在1956年收到彭加木要求到邊疆工作的報告，便曾為之感動。此時，觸發了他的詩興，寫下了一首詞《滿江紅》：
大學之年，
科研界，
雷鋒出現。
彭加木，
沉屙在體，
頑強無限，
馳騁邊疆多壯誌，
敢教戈壁良田遍。
鐵道兵，
鋪路滿山川，
為人便。
病魔退，
英雄顯；
樂工作，
忘疲倦，
老大哥，
永遠令人欽讚。
活虎生龍愛國，
忠心赤膽常酣戰。
望大家，
都向彭看齊，
比幫趕！
彭加木的甘當鋪路石子的精神，鼓舞了成千上萬的人。他們用這樣熾烈的語言，讚揚彭加木：
他是一位革命者。在他的身體裏好像有一隻共產主義的馬達，使他永遠不知疲倦。
彭加木同誌用自己的行動說明他熱愛黨的事業勝過自己的生命，真正做到了古人所說的“鞠躬盡瘁”。