在20世紀30年代，隨著電子技術的進步，人們開始試製新型的顯微鏡——電子顯微鏡。
1932年，世界上第一台電子顯微鏡誕生了，放大倍數隻有12倍而已。然而，它飛躍發展著。如今，它的放大倍數已達幾十萬倍，甚至達上百成千萬倍，分辨本領高達一埃。人們借助於電子顯微鏡，可以觀察分子、原子。
電子顯微鏡被譽為“科學之眼”。它廣泛地應用於生物學、冶金學、化學、地質學、半導體、物質結構學等許多學科。
然而，要掌握這“科學之眼”，卻並不容易：
它結構精密、複雜，十分嬌氣。稍微一疏忽，拍出來的照片便是虛的。
它的內部要抽成高真空，實驗室要求一塵不染。
它的觀察範圍比針尖還小。樣品一定要切成極薄極薄，厚度隻有50埃，即1/200000毫米。要知道，薄的打字機用紙的厚底，大約為1/25毫米左右！
彭加木有一股子“牛”勁——越是被別人說成神乎其神、困難重重的事情，他倒越是要幹。他最喜歡跟困難較量，比個高低。
彭加木埋頭在圖書館裏，查看了許多國外的電子顯微鏡文獻，弄清楚它的基本原理與操作技術。接著，他花費了三十多個日日夜夜，廝守在電子顯微鏡旁，忙碌於製作樣品、調試、拍片……
在一開始，大家都是新手，仿佛是一群新兵練習射擊假裝的，要花費大量子彈。為了節省底片，彭加木從別的實驗室裏找來幾盒過期的光譜膠片作為試驗品。不過，他就連這樣的過期膠片，也舍不得整張使用，而是把它裁成一小條、一小條。
經過幾十次、幾百次的調測、試拍，彭加木終於征服了神秘的“科學之眼”，用它拍出了合格的顯微照片，從外行變成了內行。
有趣的是，連他自己都意想不到，從此人們竟把他當作國內屈指可數的電子顯微鏡專家！而他自己呢？從來不把技術當成自己私有的東西，總毫不保留地教給別人。正因為這樣，後來他不斷被邀請到外地，幫助廣州、福州、烏魯木齊等地建立了電子顯微鏡實驗室。
更為可貴的是，彭加木對於國家的科學儀器，一向愛護備至。那台在1962年進口的電子顯微鏡，現在早已過時，成為“老爺貨”。可是，由於彭加木使用很細心，給實驗室製訂了一整套嚴格的使用注意事項，所以這台電子顯微鏡在很多年之後仍在使用。用它拍攝的照片，質量並不亞於用新式電子顯微鏡拍的照片。
用曹天欽教授的話來說：“彭加木把這台電子顯微鏡的‘老本’都用出來了！”
其實，在彭加木身上，這樣的事例多著呢：
他的那架照相機，早就“老掉牙”了。可是，用它拍出來的照片，卻相當不錯。
他的那輛自行車，人稱“老坦克”。可是，騎著它作長途旅行，卻安然無事。
彭加木常說：“禿筆也能畫出好畫來——關鍵在於你會不會畫畫。”
也有的時候，他一邊修理著“老爺”照相機或那輛“老坦克”，一邊自得其樂，搖頭晃腦，背誦起幾句唐朝作家劉禹錫的名作《陋室銘》：
“山不在高，有仙則名；水不在深，有龍則靈。斯是陋室，唯吾德馨……”
過去，彭加木喜歡郊遊，喜歡看電影。自從忙於掌控電子顯微鏡，彭加木說：“我的精力有限，要用到最需要的地方。如果還有精力，我情願做實驗。當我拍出好的電子顯微鏡照片，我就很高興，這就是我最好的娛樂！”
捉拿“小魔王”
本來，彭加木的主要研究課題是酶化學和原膠原。自從他征服了“科學之眼”，便用這新式武器研究病毒，特別是植物病毒。他的研究工作，得到了中國科學院副院長竺可楨的讚許。
從此，他就把研究植物病毒作為自己的主攻方向，成為國內一流的植物病毒專家之一，以致如今人們提到他，便稱之為“植物病毒專家彭加木教授”了。
病毒學的發展，是與電子顯微鏡技術的進步息息相關的。沒有電子顯微鏡的發明，也就不會有病毒學，這正如沒有光學顯微鏡的愛憎分明，就不會有微生物學一樣。
自從人們發明了光學顯微鏡，發現了各種各樣的病菌，才知道很多疾病原來是這種肉眼看不見的“小魔王”在那裏搗亂。
然而，後來人們發現，牛的口蹄疫和煙草的花葉病是傳染病，而人們用光學顯微鏡觀察，怎麼也找不到致病的病菌。
有人猜想，也許有一種比病菌更小的“小魔王”在搗亂。他把這種用光學顯微鏡看不到的“小魔王”稱為“病毒”。
直到電子顯微鏡發明之後，這種猜想才得到了證實。人們用電子顯微鏡查出了病毒——它確實比細菌小得多，一般隻有200—2600埃。
病毒的發現，是現代科學的一大突破。於是，許許多多人開始使用電子顯微鏡，尋找各種各樣的病毒。好家夥，沒多久便查出400多種病毒！
這些病毒之中，有的會使人或動物患病，叫做“動物病毒”，如開花病毒、流感病毒、狂犬病毒、雞瘟病毒、馬腦炎病毒、家蠶的多角體病毒等等。
也有的會使植物患病，叫做“植物病毒”，如煙草花葉病毒、菜豆花葉病毒、西紅柿叢矮病毒、棗瘋病毒、柑橘空心病毒、葡萄銳葉病毒等等。
還有的病毒居然會侵害細菌，叫做“噬菌體”。
甚至有幾種動物癌，如鼷鼠的乳癌、雞和鼷鼠的血球癌，經查明，也是病毒所致。
研究病毒，成了一門新興的科學——病毒學。
就在這時，彭加木戴著“科學之眼”，成為這門新興科學的研究者之一。
彭加木用電子顯微鏡研究動物病毒——新疆馬腦炎病毒，拍出了清晰的照片。1963年，彭加木的論文《新疆馬腦炎病毒的電子顯微鏡觀察》，發表在《生物化學與生物物理學報》。
另外，彭加木還在《生物化學與生物物理學報》上發表了論文《原肌球蛋白和副肌球蛋白晶體的電子顯微鏡觀察》及《用電子顯微鏡直接觀測原肌球蛋白和副肌球蛋白分子》。