三、征收南水北調工程建設基金
根據南水北調工程的特點和性質，南水北調建設基金由中央政府專項征收、專項使用。也就是說，除中央預算內撥款安排的資金外，南水北調建設基金同樣是中央政府投入調水公司的資本金。這樣，南水北調調水公司作為中央政府的獨資公司，在國家宏觀調控下，為沿線省、自治區、直轄市的社會經濟發展提供用水服務，並實現水資源的優化配置、改善生態等綜合目標。
（一）建立建設基金的必要性和可行性
南水北調工程建設基金是針對目前城市供水價格偏低和用戶尚存在較大水價承受能力的實際情況，通過逐步提高城市生活和工業水價，將提價部分作為地方政府資本金投入工程建設。南水北調工程建設基金的建立有利於促進節約用水和防汙治汙，還可為南水北調工程通水後的水價平穩過渡打下基礎。
為了減輕地方在資金籌措方麵的負擔，同時加大南水北調資金的保證，中央資本金由20%調增至30%，基金由35%調減至25%，這對於南水北調工程建設來說是個很重要的支持，同時減少基金用於幹線工程的比例，減輕了地方征收基金的壓力。
經測算，在南水北調東線、中線一期主體工程中，需沿線有關省、直轄市承擔的資本金總額，分別為42億元和225億元。按10年內籌足考慮，東線和中線沿線地區的水價平均增加幅度分別為0.267元/立方米和0.458元/立方米。據調查並借鑒國內外有關現行辦法進行測算，目前南水北調工程沿線省、直轄市城市居民生活用水可承受水價與現行水價間的可漲價空間約為2.0元/立方米，工業企業生產用水量最大可承受水價約為現行水價的一倍。城市居民生活和工業生產用水的可漲價空間，遠大於籌集建設基金所需的加價幅度。
（二）征收南水北調基金的國家政策
為籌集南水北調工程建設資金，規範南水北調工程基金籌集和使用管理，確保南水北調工程建設順利實施，根據國家有關規定，國務院辦公廳於2004年12月印發了《南水北調工程基金籌集和使用管理辦法》（國辦發[2004]86號，以下簡稱《辦法》）。《辦法》指出：①南水北調工程基金是保證南水北調工程順利實施的重要資金來源，有關地方人民政府要高度重視基金籌集工作。②南水北調工程基金在南水北調工程受水區的北京市、天津市、河北省、江蘇省、山東省、河南省（以下簡稱6省市）範圍內籌集。6省市所籌集的基金數量，按其承諾的用水量及南水北調主體工程投資規模和結構等因素確定如下：北京市54.3億元、天津市43.8億元、河北省76.1億元、河南省26億元、山東省72.8億元、江蘇省37億元。③南水北調工程基金通過提高水資源費征收標準增加的收入籌集，也可將現行水資源費部分收入等劃入南水北調工程基金。水資源費征收標準提高的具體幅度和從現行水資源費收入中劃入南水北調工程基金的比例，由6省市人民政府根據本地區分攤的南水北調工程基金額度、工程計劃進度、水價調整空間以及社會承受能力等因素確定。為限製開采地下水、確保水資源的合理利用，水資源費的征收標準要按照地下水高於地表水、自備水高於城市公共供水的原則確定。④南水北調工程基金的征收期限根據主體工程建設和償還部分銀行貸款本息所需資金情況確定。主體工程建設所需基金在工程建設期內籌集，償還部分銀行貸款本息所需基金在工程建設期滿後籌集。工程建設期滿後的基金征收期限和償還部分貸款本息所需基金規模，由南水北調辦公室會同6省市人民政府在主體工程建成時提出意見，經國家發展和改革委員會、財政部、水利部審核後報國務院確定。6省市人民政府要確保南水北調工程基金及時足額上繳中央國庫。⑤南水北調工程基金專項用於南水北調主體工程建設。南水北調工程建設期滿後，南水北調工程基金用於償還南水北調主體工程部分銀行貸款本息。⑥南水北調工程基金全部作為地方資本金使用，各省市在南水北調工程項目中所占股份，根據各自籌集上繳中央國庫的基金數額確定。
（三）江蘇省南水北調工程基金征收的政策
江蘇省作為南水北調工程東線工程的受水區，政府也根據其經濟發展水平、居民收入、企業經營情況和地方財政等，出台了相應的基金政策。經江蘇省人民政府批準，2006年2月6日省政府辦公廳印發了《江蘇省南水北調工程基金籌集和使用管理實施辦法的通知》（以下簡稱《通知》），要求各市、縣人民政府和省有關部門認真遵照執行。
《通知》明確：南水北調工程基金屬政府性基金，國家下達江蘇省南水北調基金征收任務37億元。根據國家政策規定，從江蘇省實際出發，省政府決定，在全省範圍內通過提高水資源費征收標準來籌集南水北調工程基金。水資源費征收標準在現有基礎上提高0.07元/立方米籌集，省財政在征收期內每年安排1億元。征收期限為8年。各市、縣人民政府負責本行政區域內南水北調工程基金的籌集和上繳工作，由縣級以上（含縣級）水行政主管部門負責征收。所征收的基金納入省級財政預算內管理。省籌集的南水北調工程基金實行專款專用，年終結餘結轉下年度安排使用。南水北調工程基金調水工程部分，按照國家有關規定編報年度使用計劃，按規定用途使用；治汙工程部分，專款用於南水北調治汙工程建設，具體使用管理辦法，由省發展和改革委員會會同省南水北調辦公室、財政廳、環保廳、建設廳、農林廳、水利廳、物價局等部門研究提出，報省政府批準實施。
在隨後省政府批準出台的《江蘇省南水北調工程基金籌集和使用管理實施辦法》中，確定了從提高全省水資源費征收標準入手，建立南水北調工程基金，以支撐重點治汙工程建設。
此外，隨著《南水北調工程基金籌集和使用管理辦法》的實施，河南省、北京市、河北省等省市根據本省市的實際相繼出台了《河南省南水北調工程基金（資金）籌集和使用管理實施辦法》（豫政辦[2005]29號），《北京市南水北調工程基金籌集管理實施辦法》（京政辦發[2005]21號），《河北省南水北調幹渠工程基金籌集和使用管理實施辦法》。