南水北調工程是一項關係到國計民生的宏偉工程，東線係統水量的優化調度，應從提高供水效益和節約抽水電力出發，遵從係統水量調配原則及水量調度規則，以係統缺水損失與抽水費用總和最小為目標，以各級水庫的各種等保證率抽蓄線為基礎組成各級水庫各種等級保證率抽蓄線組合方案，通過係列年資料操作計算，從這些方案中優選出最佳抽蓄線組合方案，保證東線工程效益的充分發揮。
三、東線水環境優化調度
汙染物進入水體後，使水環境受到汙染。但水體自身有一定淨化汙染物質的能力，這種能力稱為自淨能力。水體的自淨作用通過自重沉降、沉澱、化學反應後將汙染物轉化成新的物質和微生物生化作用消耗有機物來實現，但實際上主要是通過水體中微生物氧化分解有機物而使水質淨化來實現的。由於水流擴散和水中微生物的分解能力是有限的，因而水體的自淨能力是有限的。如果進入水體的汙染物數量超過了水體的自淨能力，水體不能依靠自身的淨化能力消除汙染物，水體就會被汙染。南水北調東線工程中被汙染的沿線髒水同樣麵臨著調度問題，主要通過以下兩個方麵措施去解決。
（一）立足於治
清水和汙水是目前各地難以處理的一大難題。南水北調東線工程抽引江水後沿線髒水也是難以管理、難以調度的突出矛盾之一。清汙分流，引江總幹、支幹和分幹都可通過工程措施做到，但到鬥、農、毛渠，就難以解決了。目前南水北調東線工程調水沿線企業迅猛發展，不達標的汙水亂排亂放，在輸水沿線許多地方已產生尖銳的矛盾，解決處理這些矛盾，除了做清汙分流工程，還要依靠各級政府和水行政主管部門、環保部門依法強製進行管理。
南水北調東線工程調水需著重解決重點汙染源汙染治理問題。目前，由於我國工業結構的不合理和粗放型的發展模式，工業廢水造成的水汙染占我國水汙染負荷的50%以上，絕大多數有毒有害物質都由工業廢水的排放帶入水體。因此，在輸水沿線範圍內對重點汙染源逐一排查的基礎上，將重點水汙染源企業進行全麵清理，逐一建立檔案。調水地區要緊緊盯住重點汙染源不放，進一步強化對重點汙染源的檢查、監測。對未安裝自動在線監測儀的重點汙染企業要求限期安裝。同時應大力推行以清潔生產為代表的汙染預防戰略，在工業生產過程中提高資源利用率，削減汙染排放量。對仍不能達到水汙染物排放標準的企業，采取針對性的控製措施，實施停產治理、產業結構調整、限產或關閉，確保所有重點汙染源的達標排放。
（二）清汙分流
俗話說“流水不腐”。南水北調東線工程輸水沿線的水環境調度，應該輔助采取引清活水措施。在服從調水需求的前提下，興建必要的水利工程設施，通過從河道湖泊引入清水，形成引水體係的局部循環，滿足河道生態用水需要，納清排汙，改善水環境。東線工程水環境調度應充分利用沿線水利設施，構築較完整的引清調水體係，使流域大循環、區域中循環、局部小循環形成有機整體，既可以增加引清水量，稀釋河水，降低汙染物的濃度，又可以調活水體增大流速，提高水體的複氧、自淨能力，加快汙染物的降解，並使汙水不再回蕩聚集，實現調水沿線水體的有序流動，促進良性循環。