二、治汙為先
南水北調治汙的關鍵在東線。東線工程利用現有河湖引水到北方，而工程建設前沿線河湖水汙染狀況比較嚴重。能否處理好水汙染防治問題，關係到南水北調東線工程的成敗。因此，治汙是東線工程規劃中的重點。東線工程治汙規劃抓住主要問題，實施清水廊道工程、用水保障工程及水質改善工程三大治汙工程，加大環境綜合整治力度，全麵落實重點汙染物減排措施來解決汙染問題。近年實踐表明，調水沿線地區把南水北調工程作為一個契機，高度重視並切實擔負起水汙染防治工作的責任，減少汙水排放，力爭把東線工程建成一條清水廊道，保證調到北方的水質良好，符合國家地表水Ⅲ類水質標準。
三、環保為先
南水北調工程總體規劃，按照統籌兼顧的原則，不僅考慮北方地區用水的需要，同時也考慮對南方調水地區的生態影響。在總體規劃中，將南水北調工程的生態環境保護規劃和長江、黃河、淮河、海河四大流域的水汙染防治及生態建設規劃結合起來，按照調水對不同區域的生態與環境影響的特點及水源區、輸水區、受水區的分類製定生態環境保護規劃，並對三線調水對長江口的生態影響展開研究。
四、創新籌資方案
鑒於南水北調工程規模空前，投資巨大，為使各分期工程能如期完成，總體工程順利開展，就一定要保證資金及時到位。經過分析多種方案，綜合考慮工程兼有防洪和生態環境等效益，南水北調工程主體工程的建設資金通過中央預算內投資、國家重大水利工程建設基金、南水北調工程基金和銀行貸款4個渠道籌集。
南水北調工程建設委員會規定南水北調工程投資實行“靜態控製、動態管理”的投資管理體製。南水北調工程投資靜態控製是指以國務院批準的可行性研究報告為目標，以批準的初步設計概算總投資為依據，通過編製並嚴格實施項目管理預算進行投資控製。動態管理是指在工程實施過程中，以批準的項目管理預算為基礎，對由價差（包括價格變動、國家政策調整、稅費變動、建設期貸款利率及彙率變化）引起的初步設計概算總投資以外的投資變動，通過審批年度價差報告進行有效管理。通過建立規範的投資管理製度和投資激勵約束機製，使南水北調工程建設投資控製在國家批準的可行性研究總投資（包括價差預備費和建設期貸款利息）範圍內。項目法人是南水北調工程實行投資靜態控製、動態管理的責任主體，對南水北調工程建設全過程投資控製負責。各級建設管理單位對工程建設投資控製承擔相應責任。
五、創新管理體製
南水北調工程建設管理在政府宏觀調控下，嚴格實行“項目法人責任製、招標投標製、建設監理製和合同管理製”，建立項目法人主導的，直接管理與委托管理相結合的代建製管理的建設管理新模式，既符合改革的要求，也是由南水北調工程本身的特點決定的。在工程建設初期就組建項目法人，並由其全麵承擔起工程的建設管理責任，有利於統籌考慮工程建設與運行管理兩個階段，有利於責任權利統一。
南水北調工程沿線各省、市既是用水戶，也是工程投資的主體。各投資主體的出資人，利用股份製這一有效的資本組織形式，通過企業化管理的手段，實現所有權和經營權的分離，有效提高工程建設和運行管理的效率，提高資本的運作效率，從而最大限度地保障各投資主體的權益，充分體現了我國投資體製改革的方向和要求。
六、創新運行機製
工程項目采取何種建設管理模式與項目的特征、投資主體、實施環境等密不可分。南水北調建設管理模式確立，離不開南水北調自身特征和建設實際的需要。而南水北調工程屬於跨流域配置水資源的供水工程，工程既有公益性，又有經營性，其建設管理體製既不能沿用計劃經濟體製下的“政府建設，用水戶無償用水”，也不能采用完全市場化的“市場配置”的模式。要實現工程的良性運行，必須探索符合市場經濟規律的新思路，即用“準市場”機製指導南水北調工程運行。
南水北調工程將采用“政府宏觀控製、股份製運作、企業化管理、用水戶參與”的模式，在以國家投資為主的前提下，國家控股，統一調度，政府的宏觀調控作用是決定性的；地方根據出資額度占有股權並擁有相應的水使用權，體現“誰投資，誰受益”“誰用水，誰出資”的原則；通過授權經營建立的項目法人負責製，按照企業化管理，實現良性循環和國有資產的保值增值；作為直接受益的用水戶，將參與投資、管理、協調，享有知情權、監督權。
南水北調作為供水工程將形成一個大範圍的水交易“準市場”，合理的水價是促進工程效益、實現良性循環的經濟基礎。建立有關的供水公司，按企業化模式進行操作。工程將借鑒國內外成功經驗，按照供水成本分攤的方式，考慮用水戶承受能力等因素，所確定的完整水價由資源水價、工程水價和環境水價組成。通過水價機製改革，促進節水，提高水的使用率，防治水汙染和改善生態環境，實現水資源的優化配置，達到水資源可持續利用的目的。