在隨後省政府批準出台的《江蘇省南水北調工程基金籌集和使用管理實施辦法》中，確定了從提高全省水資源費征收標準入手，建立南水北調工程基金，以支撐重點治汙工程建設。
此外，隨著《南水北調工程基金籌集和使用管理辦法》的實施，河南省、北京市、河北省等省市根據本省市的實際相繼出台了《河南省南水北調工程基金（資金）籌集和使用管理實施辦法》（豫政辦[2005]29號），《北京市南水北調工程基金籌集管理實施辦法》（京政辦發[2005]21號），《河北省南水北調幹渠工程基金籌集和使用管理實施辦法》。
四、項目法人貸款
（一）銀團融資方式的實踐
按照國務院批準的《南水北調工程總體規劃》，南水北調主體工程建設資金通過中央預算撥款（中央國債）、南水北調工程基金和銀行貸款3個渠道籌集，其中銀行貸款比例為45%，按《南水北調工程總體規劃》靜態投資計算就達488億元。
銀行貸款是南水北調工程建設資金十分重要的來源，對工程建設具有重大影響。長期以來，國內各金融機構一直十分關注南水北調工程融資問題，在南水北調工程規劃階段就提出了銀團融資的設想，南水北調工程開工以後，加快了銀團運作的進度，在國家發展和改革委員會、財政部等部門的大力支持下，由國家開發銀行牽頭，中國建設銀行、中國農業銀行、中國銀行、中國工商銀行、上海浦東發展銀行、中信實業銀行等7家金融機構共同組建了南水北調主體工程貸款銀團。根據簽署的《南水北調主體工程銀團貸款銀行業間合作協議》，以國家開發銀行為首的國內7家金融機構將為南水北調主體工程提供總額達488億元的銀團貸款，這是迄今為止我國銀行界對單個建設項目提供的金額最大的銀團貸款。其中，國家開發銀行將提供213億元信貸支持，中國建設銀行提供85億元的貸款，中國銀行、中國農業銀行及中國工商銀行各提供60億元的貸款，上海浦東發展銀行及中信實業銀行各提供5億元的貸款。貸款銀團的組建增強了融資能力，為南水北調工程提供長期巨額信貸資金奠定了基礎。
水利工程采用銀團融資模式，南水北調工程是第一個項目。特別是這麼多銀行組成一個銀團為一個項目融資，這在國內是空前的。盡管各家銀行在國內其他項目上已經運用過多次銀團模式，並且已有相當的經驗，但在水利項目上運用銀團模式畢竟是第一次，有許多問題需要我們去探索。在融資過程中還會遇到一些意想不到的、其他項目所沒有的問題。這就要求我們在借鑒國內外其他工程銀團融資經驗的基礎上，結合南水北調工程實際，探索適合我國水利工程特點的銀團融資模式。
（二）貸款合同的相關內容
（1）南水北調主體工程的4個項目法人（南水北調東線江蘇水源有限責任公司、南水北調東線幹線有限責任公司、南水北調中線水源有限責任公司以及條件成熟時由中線幹線工程建設管理局改製而成的南水北調中線幹線有限責任公司）正式成立後，銀團按照資金規劃，分別與4個項目法人簽訂貸款合同，發放貸款。
（2）根據貸款銀行間框架性合作協議，目前銀團貸款期限暫定為25年，貸款的利率按照中國人民銀行規定執行。南水北調工程將實行容量水價（容量水價以各地多年平均調水量為基礎計算）和計量水價（計量水價以各省每年實際用水量為基礎計算）兩部製水價。其中容量水價所得和南水北調工程建設基金將用來還貸付息，計量水價所得滿足運行成本。至於貸款的質押擔保，銀行方麵使用容量水費收費權和南水北調工程建設基金來當擔保。以容量水價可以實現並簽定照付不議為條件，25年期限之內還清南水北調工程貸款本息是有保證的。