依據南水北調工程總體規劃，在南水北調工程建設資金中，有30%是政府注入的資本金，這充分體現政府對重大基礎設施建設的主導，也從而確立了南水北調工程的公共服務性。
目前南水北調工程進展順利。截至2009年10月底，南水北調工程已累計完成投資614.7億元（含初步設計工作投資13.7億元），其中中央預算內投資165.7億元，國家重大水利工程建設基金106.5億元，南水北調工程基金82.4億元，銀行貸款260.1億元。中央資金（中央預算內投資及國家重大水利工程建設基金）所占比例為44.3%。2009年南水北調工程建設全麵加速，全年計劃投資213億元，其中中央資金65億元，南水北調工程基金20億元，銀行貸款128億元，中央政府投資所占比例為30.5%。另外，南水北調工程基金也是由政府征收使用，屬於另一種形式的政府投資。以上表明：政府是南水北調工程的投資主體。另外，國家資本金投入也是政府對南水北調工程的肯定，可以吸引社會資金的投入，起到投資導向的作用。因此，國家資本金的及時到位是南水北調工程順利進行的保證。
（二）國家資本金的投入有利於政府宏觀調控
南水北調工程將為國家實施可持續發展戰略服務，不僅有利於合理調整生產力布局，增強經濟發展後勁，而且有利於生態建設和環境保護。因此，作為投資主體的各級政府，要在規劃、建設和管理如此重大的水利基礎設施項目中，充分發揮他們的宏觀調控的作用，以便製定水資源合理配置方案，協調調水區和受水區的利益關係，處理調水與防洪減災的關係，妥善安置移民，製定合理的水價政策，促進節約用水和防治水汙染。
二、重大水利工程建設基金投入
2002年，黨中央、國務院批準了南水北調工程總體規則，東、中線一期工程開工建設。2006年，東、中線一期工程總體可研報告編製完成。由於政策調整，物價上漲以及計入價差預備費、建設期貸款利息等原因，可行性研究階段工程投資比規劃階段有較大幅度的增加，出現投資缺口。為彌補這一缺口，中央新增了一個投資渠道——重大水利工程建設基金。
鑒於三峽、南水北調等重大水利工程對國家的發展具有全局性、戰略性意義，三峽基金自1992年開始征收以來，已有穩定的征收渠道，基本為社會接受，但增發國債、發行企業債券等籌資方案不可行，按照全國一盤棋，集中財力辦實事的原則，國家最終確定利用三峽基金2009年底停收後騰出的電價空間，設立國家重大水利工程建設基金，主要用途是解決南水北調工程資金缺口問題，解決三峽庫區遺留問題，加強中西部重大水利工程建設。
用於南水北調工程建設的重大水利工程建設基金，由南水北調工程項目法人根據工程建設進度提出年度投資建議，報國務院南水北調辦公室審查，並由國務院南水北調辦公室報國家發展改革委審核後，納入國家固定資產投資計劃，全部作為中央資本金管理。同時，國務院南水北調辦公室要編製重大水利工程建設基金年度支出預算，報財政部審核。財政部根據批準的年度投資計劃、基金收支預算和基金實際征收入庫情況安排資金。