南水北調具有公益性和經營性雙重功能，必須多渠道籌集建設資金。規劃的南水北調工程主體工程的建設資金主要通過中央預算內撥款、南水北調基金和銀行貸款3個渠道籌集。在此基礎上，南水北調工程也積極探索其他的融資方式，江蘇和山東率先本著“投資主體多元化、運營主體企業化、運行管理市場化”的原則逐步嚐試與本地實際相適應的BOT或公司托管等方式，以解決建設資金來源和運行機製等問題。南水北調工程投資巨大。為規範南水北調工程的投資管理，確保工程質量、安全、進度和投資效益，南水北調工程投資管理采取了多級管理模式。
第一節 動靜結合，投資管理新體製
南水北調工程是我國繼三峽工程之後的又一特大型水利基礎設施，工程規模空前，建設工期長，投資數額巨大。根據南水北調東線、中線一期工程可行性研究總報告批複，按照建設期物價上漲指數2.5%、貸款利率6.84%計算，東線一期工程靜態投資383億元，動態投資114億元，合計497億元；中線一期工程靜態投資1435億元，動態投資388億元，合計1823億元。另外，按照2008年1月1日實施的耕地占用稅暫行條例，東線、中線一期工程分別增加耕地占用稅36億元和190億元。以上合計，東線、中線一期工程可行性研究階段總投資為2546億元。
南水北調工程順利開展的前提是要保證資金的及時到位。經過多種方案分析，綜合考慮工程兼有防洪和生態環境等效益，南水北調工程建設委員會規定南水北調工程投資實行“靜態控製、動態管理”的投資管理體製。南水北調工程投資靜態控製是指以國務院批準的可行性研究報告為目標，以批準的初步設計概算總投資為依據，通過編製並嚴格實施項目管理預算進行投資控製。動態管理是指在工程實施過程中，以批準的項目管理預算為基礎，對由價差（包括價格變動、國家政策調整、稅費變動、建設期貸款利率及彙率變化）引起的初步設計概算總投資以外的投資變動，通過審批年度價差報告進行有效管理。通過建立規範的投資管理製度和投資激勵約束機製，使南水北調工程建設投資控製在國家批準的可行性研究總投資（包括價差預備費和建設期貸款利息）範圍內。項目法人是南水北調工程實行投資靜態控製、動態管理的責任主體，對南水北調工程建設全過程投資控製負責。各級建設管理單位對工程建設投資控製承擔相應責任。
為保證加強資金管理，保證資金專款專用，建立了資金使用管理責任製，明確單位領導責任人和資金各環節責任人的責任。資金的管理使用嚴格按基本建設程序的要求進行，注重從源頭抓起，實現對資金流轉各個環節的有效控製。資金使用嚴格執行批準的計劃和工程概算和規定的開支標準，未經批準不得增加建設內容、提高建設標準。工程經費專款專用，專戶存儲，專賬核算。
第二節 資金籌措
經過多種方案分析，綜合考慮工程兼有防洪和生態環境等效益，南水北調主體工程的建設資金通過中央預算內投資（國家重大水利工程建設基金）、南水北調基金和銀行貸款3個渠道籌集。
一、國家資本金的投入
（一）國家資本金是南水北調工程順利進行的根本保證