南水北調東線工程的運營管理活動不僅包括調水生產活動（如用水戶需求分析，可供水量預測計算，調水生產過程實時監管，水量、水質優化調度，生產成本控製等），還包括經營管理活動（如建立企業戰略規劃，製定市場營銷策略，調水合同談判，企業內部資本、財務和人力資源管理，企業效益綜合評價等）。運營過程中還將受到國家產業政策變動、大氣環境變化、區域城鎮化和工業化發展等多種易變且不可控因素影響，造成運營管理流程十分複雜。因此，探索新的運營方式是十分重要的。
第一節 東線工程運營機製
南水北調東線工程的總體運行機製是“國家控股，授權運營，統一調度，公司運作”。當前東線工程運營還屬於探索階段，把握東線運營思路，探索東線運營方式對中線、西線的工程運作具有重要意義。南水北調東線工程的準公益性決定了對其運營必須采取雙重運行機製，充分發揮市場和政府共同配置資源的作用。
一、南水北調工程的市場化運營
市場配置資源的有效之處在於通過市場無數隻“看不見的手”來實現資源的合理分配，生產者根據產品邊際收益等於邊際成本的基本原則決定私人產品的供給數量，消費者根據自身偏好和消費者剩餘最大化來決定消費數量，通過產品市場價格的變動以及價格機製傳導信息的作用，從而達到產品供給與消費的均衡。
二、南水北調工程運營中的政府宏觀調控
調水工程的公益類項目產品的消費不具有消費排他性和收益獨享性，存在消費的“搭便車”行為，在市場上很難找到資源的最有效配置途徑，相反還會出現“格雷欣法則”即“劣幣驅逐良幣”的現象，無法通過市場供求關係來影響價格（或收費標準），不能通過市場自動調節達到資源配置的帕累托最優，消費者對公共品具有過度需求，市場“失靈”，因此供給和消費都需要政府的介入和調節，通過行政或計劃的手段實現公共品的生產和配置，實現社會效益的最大化。
隨著市場經濟的不斷發展和完善、水資源有效供給矛盾的愈發突出以及政府對南水北調工程的管理力度的不斷加大，站在公共利益和公共服務的高度，成立類似管理委員會的協調機構，統籌各方利益，明確管理原則，將會更有效地保證南水北調工程預期效益的實現和服務經濟社會發展及民眾生產生活的需求。
第二節 江蘇段供水運營機製
南水北調東線江蘇段工程對現有工程係統進行優化配置並向北延伸。新建工程、現有江水北調工程共同組成的南水北調東線一期江蘇段工程，若要實現南水北調一期工程供水目標，必須統籌考慮江蘇省內、省外供水的需要，建立有效地運營機製。
一、省際供水運營機製
（一）實行合同供水
江蘇水源公司與山東幹線公司作為買賣雙方簽訂供水合同，實行合同供水、計量供水。淮委會組建的省界（際）供水管理機構作為供水合同第三方，負責計量工作。供水合同的內容包括水量、供水過程、交水斷麵和方式、計量方法、兩部製水價、水費收繳辦法、違約責任等，明確雙方的權利、責任、義務。工程通水後水價按照國務院價格主管部門與有關部門會商後製定的價格執行。
基本水費按山東承諾的調水量13億立方米確定，計量水費按照當年需求計劃和實際供水量確定。
每年9月份簽訂下一年度供水合同。
計劃外供水應及時簽訂補充供水合同，明確水價和水費，補充供水作為定額外用水，水價實行累進加價，在補充供水合同中明確。
（二）交水計量
江蘇向山東供水在藺家壩站和駱馬湖水資源控製閘實現省際交水，交水水量按照合同供水水量以及南四湖江蘇需用水水量確定。