南水北調東線一期工程90%的輸水河道是利用現有河道，水質保護任務艱巨。治汙關係到東線工程的成敗，治汙自然也是東線工程的重中之重。自2002年東線工程開工以來，東線工程治汙力度不斷加大，取得了喜人的成績，國務院南水北調辦公室李津成副主任用“壯士斷腕”來形容東線工程的治汙力度。身為東線源頭的江蘇在治汙工作方麵更是身先士卒，全麵開展工作，確保源頭的一江清水。當然在肯定成績的同時，也得清醒地認識到治汙工作的嚴峻性。南水北調東線工程線路複雜，湖泊眾多，在以後的建設運行中難免會受到水質汙染的困擾。因此，建立南水北調東線工程供水水質安全預警方案，加強汙染事故應急處理，對東線工程的水質安全具有重要意義。
第一節 東線治汙
為落實朱鎔基、溫家寶同誌關於南水北調東線工程治汙規劃的有關指示，體現“先節水後調水，先治汙後通水，先環保後用水”的“三先三後”原則，保證東線工程調水水質，江蘇、山東按照國家有關要求，認真製定和嚴格實行治汙責任製，針對南水北調東線工程水汙染現狀，采取綜合措施，實施產業結構調整和截汙、禁排、清汙分流，積極推行清潔生產，堅持生態保護與汙染防治並重，依法加強統一監督和組織協調，削減汙染負荷，確保實現地表水環境質量Ⅲ類水的水質標準。
一、東線治汙工程措施
2004年10月，曾培炎副總理主持召開了淮河流域水汙染防治現場會，對淮河流域水汙染防治的指導思想、目標要求、政策措施等提出了明確要求，對促進淮河水汙染治理及南水北調東線治汙工作起到了巨大推動作用。列入淮河治汙的東線治汙項目在淮河流域治汙“十五”計劃中被優先安排實施，工業點源治理項目也被列入國家發展和改革委員會組織編製的《淮河流域工業廢水治理規劃》，將結合淮河治汙一並實施，進一步推動東線治汙工作。
（一）調整水環境功能區劃，確定水質目標，實施汙染物排放總量控製
以確保南水北調調水沿線水質達到地表水環境質量Ⅲ類標準為基點，確定調水區域允許納汙量，分配到沿線各市（地）、縣及各控製單元的河流入河排汙口，並根據目標-總量-項目的相應關係，製定削減方案和計劃，確定治汙項目，提出保障措施。根據水質模型和設計參數，采用近10年的水文、水質監測資料，按控製單元、控製斷麵計算，整個供水沿線允許納汙量為COD10.04萬噸/年。2008年南水北調調水沿線輸入受納水體的COD負荷量為21.61萬噸/年，相比調水水質目標，仍高出COD11.57萬噸/年。
（二）實施產業結構調整，從根本上解決汙染問題
高汙染、低產出的不合理工業結構，是造成調水沿線水質汙染的重要原因，為盡快削減汙染負荷，必須下大力氣調整產業結構，實行清潔生產，對重點汙染源實行關、並、轉、遷。為此，關閉向調水幹線排汙的2萬噸及以下造紙廠，關閉向調水幹線彙水河流排汙的2萬噸及以下草漿生產線。另外，禁止在調水沿線興建有汙染的企業，在沿線劃定生活飲用水地表水源保護區，一級保護區內禁止興建、擴建與供水設施和保護水源無關的建設項目，二級保護區內禁止興建、擴建化工、造紙、釀造、冶金等汙染嚴重的建設項目。
（三）落實城市汙水處理設施建設，采取有效措施確保水質安全
1.增建多座汙水處理廠
主要城市汙水處理廠到2003年底前已經增加脫磷、脫氮工藝。調水沿線城鎮均要建設汙水處理設施。凡是屬於城市汙水管網覆蓋範圍內的企業，其排放的工業廢水達標後，必須進入城市汙水處理廠，經二級處理後實行汙水資源化。
2.禁止向調水幹線排汙
對向地表水環境質量Ⅲ類彙水河流水體直接排放工業廢水的企業，均執行一級排放標準，未能做到穩定達標的一律“關、並、轉、遷”。禁止企業向南水北調東線工程調水沿線江水河流水體排放汙水。
3.截汙、清汙分流
本著因地製宜、分類指導的原則，對南水北調東線工程調水沿線部分河段采取截汙、清汙分流措施。
（四）加強調水沿線生態保護區建設，保護和改善調水沿線生態環境
在南水北調東線工程調水沿線和湖區劃定生態保護和建設區域，通過改進施肥技術，改造灌溉設施等措施控製農村麵源汙染；禽畜養殖場建立廢棄物無害化處理及綜合利用工程；控製網箱養魚，減少人工投餌對南四湖、東平湖營養物質的貢獻；機動船隻必須持有許可證方可進入湖區，嚴格限定機動船隻在兩湖的活動區域，進入湖區的機動船隻必須有隔油、防汙設施；在沿岸船民生活區建設汙水和垃圾集中處理站，船隻定期到處理站處理船上汙水和垃圾；建設環湖堤外的綠化工程，以及堤內的濕地淨化與生態恢複工程；控製湖濱帶餐飲業等單位的汙染源；在調水沿線嚴格管理散裝水泥、油碼頭，避免造成水質汙染；禁止生產、銷售、使用含磷洗滌劑；建設農業、林業生態建設項目等。