南水北調東線工程是我國水資源合理配置的重要工程措施，而水價調控是水資源管理最有效的經濟手段之一。南水北調工程運營的核心問題就是水價。按照《南水北調總體規劃》要求，南水北調將通過製定合理水價，建立成本回收機製，實施準市場化運作，其中城市供水水價按成本加合理利潤、稅金的方式製定；農業供水隻計成本，不考慮稅金和利潤。南水北調總體規劃將南水北調工程定位為“準市場”運作，即需要在政府調控與市場需求之間尋找一個平衡點來製定工程水價。東線工程供水將采用兩部製水價，在分析各類用水戶承受能力的前提下，製定合理的供水價格，以保證工程的良性運行。
第一節 “準市場”運營
20世紀80年代，英國牛津大學沃爾伏德教授（Walford）在教育改革的中心議題——擇校問題分析過程中，從理論層麵上將這種改革總結為“準市場機製”的運作，指出“準市場”機製是政府機製與市場間自由運作的“中間道路”。水資源方麵，麵對傳統的指令配置模式所帶來的“失效”問題，“準市場”機製是以糾正政府失靈和市場失靈為目的，給相關利益主體提供一種激勵或約束的機製，是麵向水資源可持續發展，用於調節人與人之間的利益關係的一種水權交易的社會機製。從政治經濟學的角度來看，“準市場”分配水資源的思路是：將流域水劃分為生態水、基本用水和多樣化用水三部分，其中部分多樣化用水進入市場交易；“準市場”的實施主要是由“政治民主協商製度”和“利益補償機製”等輔助機製來保障，協調各利益主體，兼顧水資源使用和配置的效率、公平目標。
對於關係國計民生的水資源問題，水權交易“準市場”運作更符合我國國情，而作為國家重大的水資源配置工程——南水北調工程，建立“準市場”的運營管理機製是可行的，也是必須的。南水北調總體規劃將南水北調工程定位為“準市場”的配置機製，認為南水北調屬於跨流域配置水資源的供水工程，其建設與管理體製，既不能沿用計劃經濟體製下的“指令分配”，也不能采用完全市場化的“市場配置”，即在行政與市場之間找到一條通道來協調管理與配置水資源，這就是“準市場”機製。“準市場”運作，一方麵，工程不能將水完全作為商品，政府在資源配置中要進行宏觀調控，工程必須達到調水的建設目標，實現資源優化配置，不能完全按照市場調節來運行，追求利潤最大化；另一方麵，工程要良性運行，建設管理體製要適應市場機製。為保證南水北調工程建成後的良性運行，需建立“還貸、保本、微利”的水價形成機製，實施兩部製水價製度。
南水北調工程是一個係統工程，工程的建設管理與運行管理是一個連續的經濟過程。要用新思路、新機製、新方法，按照市場經濟規律來建設和運行。應按照現代企業製度的基本要求，根據工程的具體特性和“準市場”的要求，實行企業化管理和公司運作，逐步培育水市場，完善水法規，並為工程建成後的良性運行打好基礎。“準市場”的運行管理模式、項目法人組建和管理機製的南水北調新體製必將推動福利水走向市場水，形成科學的水權、水價等水市場體係，有助於強化全民節水的觀念，促進經濟結構的調整，推動工業節水、農業節水、生活節水。
第二節 供水成本測算
南水北調工程水價與其他商品的價格構成相同，包括成本、稅金和利潤三部分。成本包括工程運行維護必需的費用和貸款利息；稅金是按國家規定應繳納的有關稅金；利潤按資本金利潤率1%計算。水價是南水北調運營的核心內容，南水北調工程能否良性運行的關鍵就在於製定合理的水價，而合理製定水價的關鍵就是進行成本測算。