此外，跨流域調水具有涉及麵廣、全過程長的特點，一些無序的水資源開發行為，將可能產生不可逆轉的生態災難。在跨流域調水中還應把按政府的行政管理與按水係管理協調起來，政府的行政管理要從法律和內部機製上明確將供水運營管理的行政、事業、企業職能在實質上劃分開，責、權、利要相互對應。水係管理則應強化水資源的統一管理和科學管理，要加大統一規劃管理的力度，對水資源的開發利用進行總量控製，提出並執行切合實際的流域分水方案，因此必須對稀缺的水資源進行有效管理，為使南水北調東線工程的供水管理真正走向市場化，行政管理與水係管理對運營的調控應符合市場運行機製。
五、實行企業化管理
南水北調東線工程管理體製實行國家宏觀調控下的市場運作，是一種國家宏觀調控、公司市場運作、用水戶參與管理的新體製，南水北調東線工程供水經營應充分考慮國家和政府的相應政治社會目標，並將其融入市場運行機製。南水北調東線工程運營管理還必須明確政府、投資者、經營者以及用水戶各自的權利和義務，特別是要注意將政府職能與資產運營、企業經營分開。
南水北調東線工程供水實行企業化管理，供水公司之間、供水公司與用水戶之間應通過合同界定供需雙方的權利和義務，保障供需雙方的利益。結合南水北調東線工程建設投資分攤與供水利益及責任劃分，可以通過核定基本供（用）水量等方式，利用供水合同保障南水北調東線工程的基本效益，實現水資源配置的目標。從有利於供水運營管理、合理調配水量的角度看，供水總公司應擁有全部或適量的水權，並保留相應的水量調配權，以利於更有效地通過合同管理，在水資源合理配置的前提下，充分發揮作用。
六、建立現代化供水調度管理體係
南水北調東線工程屬長距離調水工程，從運營管理的技術手段看，必須建立現代化的有效的供水工程調度管理體係，實現安全穩定供水。
南水北調東線工程取水水源來自長江、淮河兩大水係，輸水利用原有河道，輸水幹渠全長超過1000千米，對水汙染控製和輸水水量監測要求極高。因此，南水北調東線工程必須結合工程建設，建立先進、快捷、準確的水量水質調控測係統。同時，為了進一步提高供水的穩定性，還需提高工程沿線設備的自動化調度水平。與自動化調度相匹配，還必須加強調水工程的工程安全預警係統。此外，為了保障運營安全，還應建立手段先進、機動快速的工程維護機製。現代高科技手段在南水北調東線工程運營管理中的運用，不但可以提高運營管理水平，保障供水合同管理的經濟效益，也可以在一定程度上減少運營管理人員，當然這也對運營管理人員的素質提出了更高要求。另外，在前期應將“節水愛水”的宣傳做到位，提高用水地區群眾的節水及水資源保護意識；在工程實施過程中，緊扣技術環節，把某些重要工程建成高質量的優秀工程，大力提高工程的供水效率，節省供水費用。