三陽河潼河寶應站采用肘形進水流道、虹吸式出水流道，真空破壞閥斷流。2002年，工程建設局委托揚州大學水利科學與工程學院對寶應站出水流道進行了優化設計和模型試驗研究，借助於PHOEMICS流動計算軟件，同時以CAD軟件為平台通過自編程序解決了水流道三維實體動態模型的問題，實現虹吸式出水流道三維紊流流動的數值模擬，據此建立出水流道水力優化的目標函數和三維實體動態數學模型，根據模型試驗研究的結果逐步改進和完善虹吸式出水流道優化水力設計方法。寶應站在新材料、新工藝、新技術研究應用等方麵同樣取得了重要突破，大型水泵液壓調節關鍵技術、電機絕緣在線監測技術率先應用於寶應站，並經國家“948”項目辦公室正式確認。
在整個建設過程中，寶應站共申報科技合同15個，其中“大型泵站虹吸式出水流道優化水力設計及模型試驗研究”獲“江蘇省水利科技優秀成果一等獎”“江蘇省科技進步三等獎”。科技創新為提升寶應站科技含量、樹立良好工程形象發揮了重要的支撐和保證作用，也為南水北調東線後續工程建設進行了有益的探索。工程建成後，寶應站工程采用公開招標方式，擇優選定運行管理單位。這既是南水北調工程中第一個采用委托管理的泵站工程，也是對大型泵站采取所有權和管養權分開的成功探索。
二、江都站改造工程
江都水利樞紐地處江蘇省江都市境內，位於京杭大運河、新通揚運河和淮河入江尾閭芒稻河的交彙處，工程始建於1961年，至1977年建成。它既是江蘇省江水北調的龍頭，也是國家南水北調東線工程的源頭，集泄洪、灌溉、排澇、引水、通航、發電、改善生態環境等多項功能於一體，4座抽水站共裝有大型立式軸流泵機組33台套，裝機容量5萬千瓦，抽引江水流量400立方米/秒，是目前江蘇省乃至遠東地區規模最大的電力排灌工程。江都站改造工程主要包括江都三站、四站更新改造，江都變電所更新改造，江都西閘除險加固，東、西閘之間河道疏浚，江都船閘加固等6項工程。工程於2005年12月開工建設，工程總投資2.53億元，建設工期3年。
江都站改造工程建設處始終遵循“工程建設必須服從工程調度運行，工程運行兼顧工程施工”的原則，采取有效措施，通過優化施工方案，控製節點工期，建立安全度汛網絡，使改造工程建設與泵站調度運行之間的矛盾得以妥善解決。在保障工程建設與運行管理的同時，江都站還將城市文明與和諧環境理念融入建設之中。水利樞紐地處江都市城區，又是國家水利風景區，為減輕施工對周邊環境和居民生產、生活的影響，江都站調動各參建單位的積極性，積極推進文明工地建設，使施工現場整潔有序，管理規範高效，安全生產措施到位，既保證了良好的施工質量，又營造了文明和諧的施工環境。2006年度和2007年度，江都站改造工程和建設處分別榮獲“文明工地”和“文明建設管理單位”稱號。
江都站改造工程中創新特色鮮明，推廣應用新技術、新材料和新設備，對改造過程中的難點和重點，有針對性地進行專題技術研究和應用。一是從提高江都三站裝置效率出發，利用國家“十五”水利重大技術裝備研製項目——立式軸流泵及裝置研製專題，為江都三站更新改造水泵選型提供設計依據。同時，通過數學模型計算，對進水流道進行改造。二是在4座抽水站的引河口增設了Y形導流墩和矩形導流底檻相結合的整流設施，改善4座抽水站在不同工況下的進水流態。三是率先在江蘇省水利行業利用先進的檢測技術對混凝土結構基礎情況進行無損檢測。四是應用自流平密實混凝土進行改造，取得了良好的效果。五是積極推進工程監控自動化建設，為實現“少人值守、遠程監控”的現代化管理模式奠定基礎。江都站的科技創新為改造工程的順利實施提供了保障。