2009年擬開工建設劉老澗二站工程，泗陽站工程，皂河一、二站工程，泗洪站工程，淮安二站改造工程，以及高水河整治、裏下河水源調整、駱南中運河影響處理工程，共9個設計單元工程。其中劉老澗二站工程已於2009年6月底正式開工；同時，治汙工程中剩餘5項綜合整治項目全部建成，全麵建成江都、宿遷市截汙導流工程，基本建成淮安市截汙導流主體工程，全麵實施徐州市截汙導流工程。
2010年擬開工建設金湖站、洪澤站以及金寶航道、洪澤湖抬高蓄水位影響處理、徐洪河影響處理、管理設施專項、血吸蟲北移防護工程，共7個設計單元工程；同時，全麵建成淮安市截汙導流工程，完成徐州市截汙導流工程主體工程。
2011年擬開工建設邳州站工程、睢寧二站工程以及沿運閘洞漏水處理、下級湖抬高蓄水位影響處理和調度運行管理係統工程，共5個設計單元工程；同時，全麵建成徐州市截汙導流工程，正式投入運行。
根據以上安排，運河線工程可於2011年完工，其他工程在2013年底前全部完工。
四、征地拆遷安置工作計劃
南水北調東線江蘇境內征地拆遷安置全線實物量已完成調查和複核工作，國土資源部已完成一期工程用地預審。三陽河潼河寶應站、劉山站、解台站、藺家壩站、淮安四站、駱馬湖水資源控製工程已向國土資源部辦理先行用地手續151.9公頃。已開工的三陽河潼河寶應站、劉山站、解台站、藺家壩站、淮陰三站、淮安四站及輸水河道、駱馬湖水資源控製、南四湖水資源控製工程的拆遷工作已經完成，累計完成永久征地1390公頃，臨時占地330.7公頃，搬遷人口9654人，拆遷各類房屋295639平方米，安置生產人口9265人，拆遷各類企事業單位105個，專項設施918處。未開工項目征地拆遷安置工作計劃如下：
2009年開工項目移民安置計劃共有9個設計單元工程，包括劉老澗二站、泗陽站、皂河二站、皂河一站改造、泗洪站、淮安二站改造、高水河整治、裏下河水源調整工程、駱南中運河影響處理工程，移民安置投資約114442萬元。
2010年開工項目移民安置計劃共有5個設計單元工程，包括金湖站、洪澤站、金寶航道、洪澤湖抬高蓄水位影響處理工程、徐洪河影響處理工程，移民安置投資約47663萬元。
2011年開工項目移民安置計劃共有5個設計單元工程，包括邳州站、睢寧二站、沿運閘洞漏水處理工程、下級湖抬高蓄水位影響處理工程，移民安置投資16194.7萬元。
五、投資安排
（一）分年投資安排
按照工程總體可行性研究及已經預審的初步設計投資，南水北調東線一期江蘇境內工程總投資約102億（元南四湖水資源控製、水質監測工程為江蘇省與山東省分半計列投資）。截至2008年底，累計完成投資約29億元。其中2003～2004年累計完成7.3億元，2005年完成4.5億元，2006年完成7.0億元，2007年完成5.5億元，2008年完成5.0億元。工程剩餘投資約73億元，根據工程總體實施計劃安排，2009年計劃完成投資10.0億元，2010年計劃完成投資22.8億元，2011年計劃完成投資21.4億元，2012年計劃完成投資13.5億元，2013年計劃完成投資7.5億元。