用水保障工程在山東天津用水規劃區內實施：2008年前以山東、江蘇用水區水質為目標，濟南、泰州建設2座城市汙水處理廠，1項截汙導流工程；2009～2013年以天津用水區水質為目標，建設3座城市汙水處理廠，2項截汙導流工程，輔以洪泥河、海河幹流底泥清淤、排水係統改造工程。
水質改善工程在河南、安徽規劃區內實施：以改善衛運河、漳衛新河、淮河幹流及洪澤湖水質為主要目標，到2013年，建設26個城市汙水處理廠，總規模166.5萬噸/日。
（五）重視汙水回用與資源化項目
治汙規劃以節水為前提，在治汙項目中，進一步落實汙水回用項目，從源頭和末端，同時加強節水措施。在輸水幹線規劃區內投資1.3億元，建設42個工業汙水回用項目；投資12.7億元，建設城市汙水處理廠回用項目49個，回用規模127萬噸/日。
五、治汙投資
南水北調東線治汙工程2013年前總投資為238.4億元，輸水幹線規劃區、山東天津用水規劃區、河南安徽規劃區分別需投資166.4億元、35.6億元、36.4億元。山東、江蘇、河南、安徽、河北、天津6省市規劃投資分別為86.9億元、49億元、19.8億元、16.6億元、35.3億元、30.8億元（不包括河南、安徽兩省的工業汙染治理項目投資）。
規劃2001～2008年完成投資148.2億元。輸水幹線規劃區、山東天津用水規劃區分別需投資133億元和15.2億元；山東、江蘇、河北分別需投資86.9億元、49億元、12.3億元。規劃2009～2013年完成投資90.2億元。輸水幹線規劃區、山東天津用水規劃區、河南安徽規劃區分別需投資33.4億元、20.4億元、36.4億元；河北、河南、安徽、天津分別需投資23億元、19.8億元、16.6億元、30.8億元。
按照治汙工程項目性質不同，規劃將南水北調東線治汙工程項目劃分為城市汙水處理廠建設、截汙導流、工業結構調整、工業綜合治理、流域綜合整治5類項目，其中河南、安徽規劃區隻列入城市汙水處理工程項目。
東線治汙投資主要集中於城市汙水處理廠項目。按規劃，2001～2008年間需投資96.7億元，新建、擴建城市汙水處理廠78座，具有378.5萬噸/日的處理能力。規劃2009～2013年間投資63.6億元，新建城市汙水處理廠57座，新增城市汙水處理能力290.5萬噸/日。合計2001～2013年期間投資160.3億元，共建城市汙水處理廠135座，實現處理能力669.0萬噸/日。
以上測算，考慮了管網配套能力和處理廠納容水平，為實際可實現的處理能力。城市汙水處理廠投資按2200元/噸估算，其中管網費用按照700～1000元/噸估算，為主幹管道費用。
治汙資金籌措情況如下：
（1）對於因南水北調東線工程的建設和實施所帶來的直接影響工程，即截汙導流工程，工程建設的直接費用全部納入主體工程投資。
（2）南水北調東線工程直接影響區域內沿線城市汙水處理廠、清淤等綜合整治項目所需投資按照國家投入、國債支持、銀行貸款和地方政府自籌等途徑進行資金籌措。
（3）南水北調間接影響區域內城市汙水處理廠等城市環保基礎設施建設項目采用淮河、海河等流域汙染治理同等的優惠政策，優先安排國債資金支持。
東線沿線江蘇、山東兩省分別落實地方政府責任，通過國家的資金和政策支持，充分發揮市場經濟的優勢，促進南水北調工程沿線區域的汙染源處理，大力推行清潔生產和汙水回用，確保調水水質。