長江、黃河兩大河流出河源後各有一段位於青海巴顏喀拉山兩側，長江在南麓，黃河在北麓，從長江上遊河段引水到黃河，需穿越巴顏喀拉山，並非易事，但畢竟水平距離較近，自然成為選擇的對象。長江流域中下遊與華北平原毗鄰，也是有利於調水的自然條件，這就是長江的區位優勢。
三、調水對長江水資源影響較小
長江流域水資源豐富，水資源總量約9600億立方米，長江的入海水量占天然徑流量的94%以上，可利用水資源量豐富。對於南水北調工程來說，調用長江水量相對很少，南水北調工程全部建成後，總的調水量是448億立方米，隻占長江徑流量的5%。目前長江水資源利用率約為20%，加上南水北調的5%利用率，仍遠低於國際公認的健康江河湖泊水資源開發40%的上限，因此長江的可開發利用程度存在較大的富裕空間。
南水北調東線一期工程調水規模增加抽引江水100立方米/秒，年調水量僅占長江最枯月流量的1.3%和長江多年年平均入海水量的0.4%，對長江口鹽水入侵基本無影響。當2030年抽引江水達到800立方米/秒時，調水量占長江多年平均入海水量的1.6%，影響也不大。當遇到長江特枯年份，可采取“避讓”措施，減少抽引江水流量或暫停抽引江水，可將長江河口鹽水入侵影響降到最低限度。南水北調中線工程的調水對長江的水量影響不大，調水總量不及長江水量的1.4%。但占漢江總水量的約20%，雖未達到河流健康開發40%的上限，但對漢江流域也會產生一定影響，如航運問題、工農業取水問題等。為彌補這些不足，南水北調中線進行漢江下遊補償工程的實施，可以很好地解決這一問題。南水北調西線工程調水屬於“三江聯調”，從長江上遊的支流金沙江、雅礱江和大渡河調水，西線完工後三條江河總調水量170億立方米，分別占長江幹流宜賓站徑流量的6.8%、占宜昌站水量的3.4%。西線三條河位於高原山地待開發區，工農牧業用水量很少，富餘水量較多，西線對長江水資源的影響不大。南水北調西線調水對於長江的影響主要表現在減少水力發電量上，但西線調水增加了黃河梯級的發電量，西線調水總體上對水力發電的影響不大。綜上所述，南水北調從長江調水，處於合理開發水資源範圍內，對長江水資源不會造成大的影響。