五、創新管理體製
南水北調工程建設管理在政府宏觀調控下，嚴格實行“項目法人責任製、招標投標製、建設監理製和合同管理製”，建立項目法人主導的，直接管理與委托管理相結合的代建製管理的建設管理新模式，既符合改革的要求，也是由南水北調工程本身的特點決定的。在工程建設初期就組建項目法人，並由其全麵承擔起工程的建設管理責任，有利於統籌考慮工程建設與運行管理兩個階段，有利於責任權利統一。
南水北調工程沿線各省、市既是用水戶，也是工程投資的主體。各投資主體的出資人，利用股份製這一有效的資本組織形式，通過企業化管理的手段，實現所有權和經營權的分離，有效提高工程建設和運行管理的效率，提高資本的運作效率，從而最大限度地保障各投資主體的權益，充分體現了我國投資體製改革的方向和要求。
六、創新運行機製
工程項目采取何種建設管理模式與項目的特征、投資主體、實施環境等密不可分。南水北調建設管理模式確立，離不開南水北調自身特征和建設實際的需要。而南水北調工程屬於跨流域配置水資源的供水工程，工程既有公益性，又有經營性，其建設管理體製既不能沿用計劃經濟體製下的“政府建設，用水戶無償用水”，也不能采用完全市場化的“市場配置”的模式。要實現工程的良性運行，必須探索符合市場經濟規律的新思路，即用“準市場”機製指導南水北調工程運行。
南水北調工程將采用“政府宏觀控製、股份製運作、企業化管理、用水戶參與”的模式，在以國家投資為主的前提下，國家控股，統一調度，政府的宏觀調控作用是決定性的；地方根據出資額度占有股權並擁有相應的水使用權，體現“誰投資，誰受益”“誰用水，誰出資”的原則；通過授權經營建立的項目法人負責製，按照企業化管理，實現良性循環和國有資產的保值增值；作為直接受益的用水戶，將參與投資、管理、協調，享有知情權、監督權。
南水北調作為供水工程將形成一個大範圍的水交易“準市場”，合理的水價是促進工程效益、實現良性循環的經濟基礎。建立有關的供水公司，按企業化模式進行操作。工程將借鑒國內外成功經驗，按照供水成本分攤的方式，考慮用水戶承受能力等因素，所確定的完整水價由資源水價、工程水價和環境水價組成。通過水價機製改革，促進節水，提高水的使用率，防治水汙染和改善生態環境，實現水資源的優化配置，達到水資源可持續利用的目的。