由於李登輝力挺郝柏村，“立法院”投票時以81%以上的選票順利通過對郝柏村的任命。
在郝柏村當“行政院長”之初，李登輝的“台獨”麵目還沒有十分暴露。李登輝在1990年5月20日的“總統”就職致詞中，明確表示堅持“一個中國”原則：“台灣與大陸是中國不可分割的領土，所有中國人同為血脈相連的同胞”，“中國的統一與富強是所有中國人共同的期盼”。
台灣媒體指出，“李登輝把郝柏村調去當‘行政院長’，是相當厲害的一招。如果郝柏村有要反抗的跡象，就能製造岀‘外省院長欺負本省總統的故事’”。在當時，李登輝是作為“本省人”的代表出任“總統”，是台灣政權“本土化”的標誌，而郝柏村則擺明了是一個從大陸到台灣的“外省人”。
郝柏村在出任“行政院長”時，堅持一個中國。在他任內，海峽兩岸的關係進入轉變期。台灣逐步改變了多年堅持的“不接觸、不妥協、不談判”的“三不政策”。
前已述及，在郝柏村出任“行政院長”期間，1990年9月中旬，海峽兩岸紅十字組織代表韓長林、陳長文等在金門就雙方海上遣返事宜舉行工作商談，簽訂“金門協議”。這是1949年以來海峽兩岸分別授權的民間團體簽訂的第一個書麵協議，是海峽兩岸和解的先聲。
接著，1990年11月21日，台灣方麵批準成立了與大陸聯係與協商的民間性中介機構——海峽交流基金會，出麵處理官方“不便與不能出麵的兩岸事務”。為便於與海基會接觸、商談，大陸方麵在1991年12月16日成立海峽兩岸關係協會，並授權以堅持一個中國原則作為兩會交往和事務性商談的基礎。海峽交流基金會與海峽兩岸關係協會的成立，使海峽兩岸有了交流的途徑和平台。
再接著，1992年10月28日至30日，兩會在香港舉行會談，如何表述堅持一個中國原則問題。後經兩會函電往來，至11月16日，達成各自以口頭方式表述海峽兩岸均堅持一個中國原則的共識。雙方都表明堅持一個中國原則、追求國家統一的態度。對於“一個中國”的政治涵義，海基會表示“認知各有不同”，海協會表示“在事務性商談中暫不涉及”，做了求同存異、擱置爭議的處理。
此後，台灣“行政院大陸事務委員會主任委員”蘇起（中國國民黨籍立法委員）把兩會在1992年達成的這一共識，稱之為“九二共識”。
“九二共識”是海峽兩岸關係的基石。
作為“本土派”首領的李登輝，後來“台獨”麵目日益暴露，提出“兩國論”，即海峽兩岸是兩個“國家”，成了“台獨之父”。李登輝曾經一而再、再而三強調說，從來沒有什麼“九二共識”。李登輝說，在曆史檔案裏，找不到“九二共識”四個字。
郝柏村則依據事實予以反駁。1992年他是“行政院長”，擁有最具權威性的發言權。郝柏村說，雖然曆史檔案找不到“九二共識”，但是“九二共識”的事實是存在的，而且現在海峽兩岸的和平穩定與台灣的繁榮就是“九二共識”帶來的良好成果。
郝柏村說，台灣與大陸的關係，不管大家歧見有多深，隻要沒有軍事衝突，我們可以從事政治的、經濟的、社會文化的各種競爭。隻有一個中國的原則才能維護和平競爭。
郝柏村不同意某些人把兩岸統一的問題與德國、朝鮮相比，他表示：第一，中國是因為內戰而分裂，兩德、南北朝鮮是國際因素造成其分離；第二，台灣與大陸的麵積比例過於懸殊，和兩德、南北朝鮮截然不同。
郝柏村說，比“九二共識”更重要的是兩岸停火。國共打了幾十年不再打了，憑的是什麼？這就是共識。
郝柏村認為，兩岸關係是“具國際因素的內政關係”，國民黨與共產黨、台灣與大陸，“基本上是製度問題、內政問題”。他所謂的“國際因素”，是指國際強權政治對兩岸關係的影響，兩岸關係“不光是台北與北京，還有與華盛頓的關係”。但是海峽兩岸絕不是“國與國的關係”。
郝柏村堅持一個中國，反對“台獨”，在他擔任“行政院長”時，腹背受敵，上有李登輝，外有民進黨，對他進行夾擊。
民進黨反對郝柏村，曾經組織萬人遊行，口號是“反對軍人幹政”、“打倒強人政治”。郝柏村坦然答曰，我不是“軍人幹政”，而是“軍人參政”，何況已經“提前除役”，放棄了一級上將的軍銜，不再是職業軍人。當時擔任“立法委員”的陳水扁，則在“立法院”質詢郝柏村時當場掀桌子。民進黨還列出郝柏村所謂的“八大罪狀”。