眾人聞言這才放心，不過看看日益準備物事，卻覺得這比打仗還要繁複一些。
九月中，北風起，三艘大福船組成的船隊帶著各種工具、農具、軍械，以及從菜農到副教授的各色人等，啟航出海，漸漸將天津港拋在身後。
對於這次意義非凡的遠航，方書琦親自到了天津，代表皇帝為考察隊送行，頓時就將這次看似平常的考察行為升華到了國史的高度。
海船在海上乘風南下，隻有路過登萊時才看到陸地，其他時間走的都是最近航程。這正是宋應星隨手發明六分儀對人類航海史的貢獻。
十月初，船隊到達台灣北端的基隆縣，略加休整之後，許多人選擇了從陸路前往台南，順道可以緩解對土地思戀，對某些博物係的師生而言還可以做一次台灣考察，
采集的樣本也方便送回北京。
李寄原本的目的就是考察蠻夷人文，探討地理環境和人文環境的相互作用，自然不可能為了貪圖早幾日到達台南而繼續坐船。
福建水師派來接應的船隊由大小百餘艘艦船組成，讓人以為南洋界麵不太平。實際上卻是福建水師鍛煉實習水手，順便進行拉練而已。
真正不太平的是陸路。
秦昌才受命擔任台灣知府後，一方麵從大陸移民，開墾台灣肥沃土地，種植甘蔗、水稻、玉米等作物。一麵又大量征用當地原住民作為勞動力，承擔運輸、修路等重體力勞動。這些原住民都是部落戰爭的失敗者，如果不接受秦昌才的奴役，就要麵對其他原住民的獵頭，日子苦不堪言。
一國之內，若是漢人占絕大多數，或是蠻夷占絕大多數，都不會有內亂。最怕的就是華夷持平，互不買賬。而且漢人的生產力遠高於台灣土著，直接導致了生產資料和土地的爭奪。又有一些原住民村社不講規矩，對漢人展開獵頭，由此產生了仇隙。
就連之前相信閩台同祖的大肚王國，都從熱忱歡迎漢人的到來轉為態度冷漠的中立。
如今還能在原住民村落中自由通行的隻有身穿道袍，頭戴冠巾的道士了。這些道士在原住民村落中施醫贈藥，頗受人尊敬，以至於現在許多村社的祭祖方式都在不自覺中發生了道教化的改變。
三清四禦、海神媽祖，種種神像也走進了原住民的祭祀場所，不獨獨漢人信奉。
李寄在結識了幾個道人之後，終於成功走進了土著村落之中，零距離觀察這些蠻族的生活。通過道士和當地土著的講述，李寄也意識到自己正在觀察一個文明的誕生和成長，雖然說不清這有何重大意義，但他還是將點點滴滴都記錄下來，整理成文。
考察隊的日程上並沒有在台灣停留太久的計劃，但是博物係和地理係的學者學生們發現了許多閩台一體的動植物證據，成日裏鑽山溝，進程很慢。李寄也樂得跟土著在一起，並不著急趕路。
意外的是，一直將任務視作生命的胡鶴上校也沒有催促，同樣以蝸牛般的速度前進，每日裏固定操練，同時教授土著民玩棗核球。
眾人開始以為是要候風，但現在刮的北風，正適合南下，一旦風向轉變，反而不能走了。考察隊一路磨蹭到了台灣府府治台南縣，又休息了數日，才知道原來船隊等的是大樹巨木。
台灣島上的山脈中多有原始森林，數人環抱的千年大樹比比皆是，是大明新開辟出來的木材產地。而且
有些船材樹種隻能在台灣找到，也緩解了浙江、福建、廣東一帶對船材的需要。
要想在海外大島上建立營寨和一個能夠堅守一年的基地，木材自然更不可少。又因為那裏是化外之地，從未有人到過，誰知道是否有合適的木材？為了穩妥起見，自然也是從台灣砍伐樹木，做成木排，然後帶過去。