馬尾藻海最明顯的特征是透明度大，是世界上公認的最清澈的海。一般來說，熱帶海域的海水透明度較高，達50米，而馬尾藻海的透明度達66米，世界上再也沒有一處海洋有如此之高的透明度。所謂海水透明度，是指用直徑為30厘米的白色圓板，在陽光不能直接照射的地方垂直沉入水中，直至看不見的深度。
但是，在航海家們眼中，馬尾藻海是海上荒漠和船隻墳墓。在這片空曠而死寂的海域，幾乎捕撈不到任何可以食用的魚類，海龜和偶爾出現的鯨魚似乎是唯一的生命，此外就是那些單細胞的水藻。在眾口流傳的故事中，馬尾藻海被形容為一個巨大的陷阱，經過的船隻會被帶有魔力的海藻捕獲，陷在海藻群中不得而出，最終隻剩下水手的累累白骨和船隻的殘骸。而百慕大三角作為這一海域上最著名的神秘地帶，則將這些傳說推向了極致。
在海洋學家和氣象學家的共同努力下，馬尾藻海“詭異的寧靜”和船隻莫名被困的原因被找出來了。原來，這塊麵積達300萬平方千米的橢圓形海域正處於四個大洋流的包圍中。西麵的灣流、北麵的北大西洋暖流、東麵的加納利寒流和南麵的北赤道暖流相互作用，使馬尾藻海以順時針方向緩慢流動，這就是這裏異乎尋常“平靜”的原因。正是因為這種原因，才會使古老的依賴風和洋流助動的船隻在這片海域踟躕不前。由此，馬尾藻海鹽分偏高、海水溫暖、浮遊生物眾多的問題，也都紛紛迎刃而解。雖然馬尾藻海中的海藻被證實了並非是阻擋船隻前進並吞噬海員的魔藻，但籠罩在它頭上的神秘光暈卻並未因此而消失。
世界上的海大多是大洋的邊緣部分，都與大陸或其他陸地毗連。然而，北大西洋中部的馬尾藻海卻是一個“洋中之海”，它的西邊與北美大陸隔著寬闊的海域。其他三麵都是廣闊的洋麵。所以它是世界上唯一沒有海岸的海，因此也沒有明確的海溝劃分界線。馬尾藻海的位置大致介於北緯20毅~35毅、西經30毅~75毅，麵積約有幾百萬平方千米，由墨西哥暖流、北赤道暖流和加那利寒流圍繞而成。
在馬尾藻海的海麵上，布滿了綠色的無根水草——馬尾藻，仿佛是一派草原風光。在海風和洋流的帶動下，漂浮著的馬尾藻猶如一條巨大的橄欖色地毯，一直向遠處伸展。除此之外，這裏還是一個終年無風區。在蒸汽機發明以前，船隻隻得憑風而行。那個時候如果有船隻貿然闖入這片海區，就會因缺乏航行動力而被活活困死。所以自古以來，馬尾藻海被看做是一個可怕的“魔海”。1492年8月3日早晨，意大利航海家哥倫布率領的一支船隊，就在那裏被馬尾藻包圍了。他們在馬尾藻海上航行了整整三個星期，才擺脫了危險。
馬尾藻海遠離江河河口，浮遊生物很少，海水碧青湛藍，透明度深達66.5米，個別海區可達72米。因此，馬尾藻又是世界上海水透明度最高的海。
馬尾藻海中生活著許多獨特的魚類，如飛魚、旗魚、馬林魚、馬尾藻魚等。
它們大多以海藻為宿主，善於偽裝變色，打扮得同海藻相似。最奇特的要算馬尾藻魚了。它的色澤同馬尾藻一樣，眼睛也能變色，遇到“敵人”，能吞下大量海水，把身軀鼓得大大的，使“敵人”不敢輕易碰它。