在崇禎朝，錦衣衛和東廠都直接對皇帝負責。但吳孟明認為曹化淳畢竟是皇上的家奴，所以對曹化淳處處表示尊敬，不敢分庭抗禮。遇到有油水的大案子，他受賄多了，也不惜分給東廠太監。另外，東廠的把柄很多，瞞不住吳孟明，曹化淳也怕得罪了他，說不定什麼時候自己也會吃虧。因此他對吳孟明也很好，遇事互相維持。他聽了吳孟明談了皇上的密旨以後，也讚同吳的謹慎處理，並答應親自進宮去探一探皇上看過吳的回奏以後有什麼動靜，如果皇上對吳不滿，他就設法相救。
吳孟明的密奏恰恰打中了崇禎的忌諱。崇禎一心要讓後世稱他為聖君，為英明之主，像這樣命錦衣衛暗中害死兩個儒臣，載之史冊，確實不算光彩。可是昨天黃道周廷爭的倔強勁兒，實在使他痛恨，而葉廷秀竟然敢替他說話，公然偏黨，也不可饒。想來想去，不處死這二人他實不甘心。他正在沉吟，曹化淳進宮來了。平日，他把東廠和錦衣衛倚為心腹和耳目，但是對它們都不是完全放心，時常利用這兩個機構互相監視。現在他有點疑心吳孟明受了廷臣囑托，不完全是替他的“聖名”著想。聽曹化淳奏完了幾件事情之後，崇禎問他：
“曹伴伴，你同吳孟明常來往麼？”
曹化淳躬身奏道：“東廠與錦衣衛，一屬內臣，一屬外廷，隻有公事來往，並無私人來往。”
“朕想問你，吳孟明這個人辦事如何？”
“俗話說，知子莫若父，知臣莫若君。陛下天縱英明，燭照幽隱，自然對吳孟明十分清楚。據奴婢看來，吳孟明倒是個小心謹慎、肯替陛下做事的人。”
“你知道吳孟明受賄麼？”
曹化淳心中吃驚，說道：“曆朝錦衣衛使，不受賄的極少。自陛下登極以來，曆任錦衣衛使尚不敢幹犯法紀。奴婢也曾密飭偵事人暗中訪查，尚未聽到吳孟明貪賄情節。既然皇爺問起，奴婢再多方密查就是。”
崇禎沒有做聲。曹化淳也不敢多說一個字。他一走，崇禎就派原來給吳孟明送密旨的親信太監去把密旨要回，由他親自燒毀。
他決定把黃道周和葉廷秀的案子暫且撂下，讓他們在鎮撫司獄中吃苦，不殺也不放。想著近來他自己肝火很旺，在上朝時容易暴怒，有時對臣工拍案喝責，還有些事處置時不暇三思，事過不免後悔，所有這些，傳到後世都會是“聖德之玷”。左思右想，滿懷煩惱，不覺長歎。他把王德化叫到麵前，說道：
“你派人到翰林院去，把近兩年的《起居注》取進宮來，替朕好生看看。倘有記得不實之處，務必仔細改正，以存信史。”
王德化完全懂得他的意思，奏道：“皇爺是堯、舜之君，敬天法祖，勤政愛民，可為萬世人君楷模。倘史臣們有記載不實之處，奴婢自當謹遵欽命，細心改正。”
崇禎又想了想，說：“你替我傳諭史官們，國家大政，有內閣紅本及詔諭在，日後修實錄可為依據。從今日起，這《起居注》不用記了。”
王德化走後不久，劉宗周的奏疏就送到了崇禎麵前。同時送來的，還有一本是兵部題奏的陝西巡撫的緊急軍情塘報。崇禎先拿起劉宗周的本，在心中說：
“哼，這個本到如今才送進宮來！我倒要看看你怎樣回話！”
崇禎沒有料到，劉宗周在疏中不但不向皇帝引罪自責，反而批評了朝廷的許多弊政，甚至直接批評了君父。崇禎還沒有看完這封大膽的奏疏，已經怒不可遏，提起朱筆，想批交刑部從重議罪，但是忍一忍，將筆放下，繼續看下去。劉宗周批評皇上經常用詔獄對待臣民，每年親自斷獄數千件，失去了“好生之德”。在政事上不顧大體，苛求瑣屑末節，使政體挫傷。對地方官吏不問別的，隻看完不成錢糧的就予以治罪，於是做官的越發貪汙，為吏的越發橫暴，逃避田賦的情況越發嚴重。對百姓“敲撲”繁多，使民生越發凋敝。用嚴刑峻法和沉重聚斂苦害百姓，所以盜賊一天比一天多。在軍事上，他批評說：由皇上派遣太監監視軍務，使封疆之臣沒法負起職責。於是總督和巡撫無權，而武將一天比一天怯懦。武將怕死，士兵驕橫，朝廷的威令行到督、撫身上也無濟於事。朝廷勒限平賊，而軍中每日殺良冒功，老百姓越發遭受屠戮。他接著懇求撤銷監視太監，增加地方官的責任，征聘天下賢士，懲辦貪酷官吏，頒布維新的政令。他最後懇求說：
速旌死事督臣盧象升而戮誤國奸臣楊嗣昌以振紀綱。釋直臣黃道周以開言路。逮一貫殺良冒功之跋扈悍將左良玉以慰中原之民心。停練餉之征，下罪己之詔，以示皇上維新之誠。斷和議之念以示有敵無我。防關以備反攻。防通、津、臨、德以備虜騎南下。
崇禎看完奏疏，不覺罵了一句：“該死！”這一段奏疏中最刺痛他的話是要求他“下罪己之詔”。他想，國勢如此，都是文武諸臣誤國，他自己有什麼不是？難道十三年來他不是辛辛苦苦地經營天下，總想勵精圖治，而大小臣工辜負了他的期望？其次最刺傷他的話是關於同滿洲議和的問題。劉宗周像黃道周一樣在奏疏中竟然使用“和議”二字，這是有意刺他，而且不但替已經死去的盧象升說話，還想阻撓今後再同滿洲進行“議撫”，反對他的謀國大計。他在盛怒之下，在禦案上捶了一拳，一躍而起，在乾清宮中繞著柱子走來走去。他一邊走一邊恨恨地想：如今國事敗壞至此，沒有人肯助他一臂之力，反而隻看見皇親們對他頑抗，大臣們對他批評，歸過於他，老百姓不斷來向他“伏闕上書”，而各地文官武將們隻會向他報災，報荒，請餉，請兵，請賑！
他不管劉宗周對朝政的激烈批評正是要竭忠維護他的大明江山，決定對劉宗周從嚴處分，使臣工們不敢再批評“君父”。於是他回到禦案，提起朱筆，在劉的奏疏後邊批道：
劉宗周回話不惟無絲毫悔罪之意，且對朝廷狂肆抨擊，對黃道周稱為直臣，為之申救。如此偏黨，豈堪憲職？著將劉宗周先行革職，交刑部從重議罪！
閣臣們和刑部尚書、侍郎等進宮去跪在崇禎麵前替劉宗周懇求從寬處分，情辭懇切。隨後輔臣們也一起進宮求情，反複勸諫。崇禎的氣慢慢消了，隻將他“從輕”處分。
經大臣們盡力營救，次日早飯過後，劉宗周接到了削籍的“聖旨”。大臣削籍，本來可以一走了事，用不著去午門前叩辭皇帝，稱做“辭闕”。但是劉宗周盡管對朝政十分失望，對皇帝卻懷著無限忠心。他所屬的大地主階級和他這樣數十年沉潛於孔孟之道的儒臣，同腐朽透頂的大明帝國有著血肉關係，也是大明帝國的真正支柱。他想著自己以後很難再回朝廷，擔心自己的生前會遭逢“黍離之悲”，於是就換上青衣小帽，到午門前邊謝恩。他畢恭畢敬地跪在濕地上，向北五拜三叩頭，想著國事日非，而自己已是暮年，這次回籍，恐怕以後再沒有回朝奉君之日了。想到這裏，兩行熱淚奪眶而出，幾乎忍不住痛哭失聲。
朝中的同僚、屬吏、門生和故舊，知道劉宗周削了職，就要離京，紛紛趕到公館看他，還要為他餞行。他一概不見，避免任何招搖。在他去午門謝恩時，已經吩咐家人雇了一輛轎車在公館後門等候。這時他同夫人暗暗地走出後門，上了車，出朝陽門趕往通州上船。
運河上黃水暴漲，濁浪滔滔。幸喜新雨之後，炎熱頓消，清風徐來。他穿一件半舊的湖縐圓領藍色長袍，戴一頂玄色紗巾，像一般寒士打扮，坐在一隻小船上，悠然看著運河兩岸景色，對夫人說：“我常想回蕺山書院，今日蒙恩削籍，方得如願！”紹興北鄉蕺山一帶秀麗的山光水色，那些古老的寺院建築和王羲之的遺跡，從前師徒朋友們讀書論道的生活，曆曆地浮現在他的眼前。過了一刻，他想起來黃道周和葉廷秀尚在獄中，將來未知死活，十分放心不下。又想著自己一片忠心報主，原想對時事有所匡救，竟然削籍而歸，憂國憂民的心願付之東流，不禁心中刺疼。在離開午門時，他曾經於感懷萬端中想了幾句詩，現在他就磨墨展紙，提筆足成七律一首：
望闕辭君淚滿祛，
孤臣九死罪何如！
常思報主憂懷切，
深愧匡時計慮疏。
白發蕭蕭清禁外，
丹心耿耿夢魂餘。
蕺山去國三千裏，
秋雨寒窗理舊書。
他把這首詩琅琅地讀了兩遍，加上一個《謝恩口占》的題目，交給夫人去看。他心中明白：各地民變正在如火如荼，絕無辦法撲滅，楊嗣昌必將失敗，以後局麵更難收拾，他回到家鄉未必能過著著書講學的安靜生活，說不定會做亡國之臣。他也明白：倘若不幸國破君亡，他素為“綱常名教”表率，到時候隻能為國盡節，斷無在新朝苟活之理。他的階級感情和政治思想使他想到這地方好像預感到天崩地陷，既恐怖又傷心，默默不語。於是他手扶竹杖，獨立船頭，向著昌平十二陵一帶的山色凝望。本朝二百七十年的盛衰史湧現心頭，懷古思今，愴然泣下。
崇禎常常疑心臣下結黨，對劉宗周也很不放心。他想著劉宗周不僅在全國士林中聲望很高，而且在朝中故舊門生很多，又官居左都禦史高位，不會沒黨。他叫東廠和錦衣衛加緊偵伺，隻要查出京城中有人為宗周大事餞行，或說出抱怨朝廷的話，立即拿辦。所以當劉宗周走的這天，東廠和錦衣衛的偵事番子布滿了劉宗周的住宅附近以及從北京到通州運河碼頭。劉宗周從通州開船之後，曹化淳和吳孟明分別將他出京的情況麵奏崇禎。崇禎這才放了心。他向吳孟明問：
“薛國觀離京了麼？”
吳孟明回奏說：“薛國觀今天早晨離京，回他的韓城原籍，攜帶行李很多。他係因貪賄罪削職回籍，所以朝中同僚無人敢去送行，隻有內閣中書王陛彥前去他的住宅，在後門口被守候的錦衣旗校抓到，下到鎮撫司獄中。”
崇禎說：“要將這個王陛彥嚴刑拷問，叫他供出薛國觀的納賄實情。凡平日與薛國觀來往較多的朝臣，都須暗中偵明他們是不是也通賄了。近兩三天中，京師臣民中有何議論？”
吳孟明知道：皇親們聽說薛國觀削職回籍，暗暗稱快。士民中有各種議論，有的批評朝廷無道，摧殘敢言直臣，有的批評黃道周和劉宗周都是書呆子，不識時務，隻懂得“愚忠”二字，還有的批評皇帝剛愎任性，不講道理，今後國事更不可為。東廠和錦衣衛在這兩天內已經抓了十幾個妄議朝政的士民，將有的人打得半死，有的人罰了款，有的人下到獄中。但是所有百姓們議論朝政的話和抓人的事，吳孟明都不敢向崇禎奏明，反而胡謅說京城百姓都稱頌皇上英明，對國事有通盤籌劃，可惜黃道周和劉宗周隻憑書生之見，不體會皇上的治國苦心，當麵歸過君父，受處分是理所當然。崇禎聽了吳孟明的胡謅，心中略覺輕鬆，叫孟明退出。但他怕受吳的欺瞞，等曹化淳進宮時又向化淳詢問京城百姓的議論。曹、吳二人原是商量好的，所以曹的回奏幾乎同吳的話完全一致。崇禎很喜歡曹化淳的忠誠，心裏說：“內臣畢竟是家奴，比外臣可靠！”他重新考慮著軍餉問題，繞著乾清宮的柱子不停走動，自言自語地說：
“軍餉，還得用借助辦法。李國瑞的家產已經抄沒了，下一次叫哪一家皇親開頭呢？”