老營大門外的一陣白刃混戰完全出官軍將領們意料之外。按照左良玉和劉國能事前估計，官軍一旦大隊擁進瑪瑙山寨，義軍驚恐失措，縱有抵抗，也必定是零零星星，一觸即潰，四散逃命。沒有料到，正要殺進張獻忠老營時候，突然從左邊附近院落中衝出的一小股人竟是那樣勇猛頑強，寧死不退。劉國能親自指揮眾人圍攻這一小股人，不期看見張定國正在狂呼奮戰，左衝右突。他隔著一些人，向定國大聲招呼：
“寧宇侄，不認識你劉叔麼？趕快投降，愚叔保你不死！”
張定國連劈死撲到身邊的兩個敵人，才有機會看是誰向他呼喚。一看見是劉國能，對於山寨如何被劫的事，心中恍然清楚。他衝到劉國能麵前，罵了一句：“叛賊休逃！”猛向國能刺去。劉國能用刀格開他的寶劍，轉身便走，卻由他的將士們將定國等幾個人圍住廝殺。
當張能奇率領一起人奔出老營大門時，定國身邊的弟兄們已經傷亡殆盡，他自己也帶了兩處輕傷，退到老營大門的台階下，但是他仍舊鼓勵左右奮力殺賊，不使敵人順利地殺進老營。一看見能奇出來，他格外勇氣百倍，隨在這一起生力軍中向敵人猛烈衝殺，同時對能奇大聲說：
“三哥，劉國能在這裏，莫饒他！”
轉眼之間，張獻忠也率領一起人殺奔出來，同兩個養子會合，竟將多於他們幾倍的敵人趕出了打穀場，還救出了定國手下的幾十名弟兄，那是駐紮在另外兩座院落中的三百名經過混戰僅存的勇士，大半都掛了輕重不同的彩。
天已經大亮了。擁進瑪瑙山寨的官軍已經占據了各個路口、各處寨牆和重要宅院。徐以顯的宅子已經被官軍點著，火光與濃煙衝向天空。老營的後門已被攻破，雙方繼續在院中混戰，一部分人從大門奔出，一部分人爬上房去向院中的敵人射箭和投擲磚瓦。敵人從四麵向獻忠圍了上來，大呼要“捉活的”。徐以顯已經帶傷，身邊隻剩下五六個人，殺開一條血路奔到獻忠身邊，大聲說：
“大帥快走！不可遲誤！”
獻忠說：“走，殺出去！”
張定國在前開路，獻忠和徐以顯在中間，能奇在後，一邊同敵人廝殺一邊向西撤退。西寨上已有官軍占領，人數雖不很多，卻是左良玉的精銳部隊，奉命等在這裏。他們中間沒有劉國能的士兵，所以不認識張獻忠。他們攔住了登城的路，為首的軍官大聲威脅說：
“快投降！你們已經跑不脫了。倘若有獻賊混在你們裏邊，趕快交出投降！”
張獻忠將定國向旁一推，昂然上前，舉刀大叫：“八大王來了！”那軍官猛一驚駭，同時舉刀一擋。隻見兩道白光同時一閃，碰在一起，鏗然一聲。獻忠因見手中的大刀折斷，虛砍一刀，一躍上寨，迅速飛起一腳向敵將襠中踢去。敵將向旁一閃，隨手一刀砍來。獻忠剛用半截刀格開，敵將就被張定國一劍刺死。寨上的官兵在片刻間大部分被殺死，剩下的驚慌逃散。張獻忠看看半截斷刀，見刃上帶著幾處缺口和血跡，說聲：“去你媽的！”拋到寨下；彎腰拾起來敵將的寶刀，拿眼一看，滿意地點點頭，隨即又解下敵將的刀鞘掛在自己腰間。這時差不多有七八百官軍從三個方麵包圍上來，距離在一箭之外，呼叫著活捉獻忠。獻忠向敵人掃了一眼，嘴角閃出一絲嘲諷的微笑。
三天以後，張獻忠輾轉到了名叫水右壩的小鎮上駐下來，身邊有一千六七百人，大部分是從瑪瑙山潰散出來的，陸續集合到他的身邊，隻有五百人是張可旺派來為他護駕的。雖然瑪瑙山老營被劫，但西營的主力由獻忠的兩個養子張可旺和張文秀率領，駐軍距瑪瑙山有二十裏以上，未受損失。獻忠的重要軍需、金銀珍寶也多在可旺和文秀營中。他們當時因隔著大山，不知老營被劫；等天明以後很久，才得消息，已經來不及出兵援救。第二天，左良玉、劉國能、賀人龍和李國奇的人馬在瑪瑙山附近集結得很多，使張可旺和張文秀無力向官軍進攻，而官軍也無力消滅他們。雙方在緊張的局麵中保持著停戰狀態。
張獻忠在水右壩駐軍兩天，對於他在瑪瑙山的損失才大體清楚。偏裨將領有曹威等十六人陣亡，另有偏將掃地王張一川和小校三百多人被俘或投降。騾馬損失一千多頭。他的九個妻妾，隨老營守衛將士突圍逃出的隻有二人，高氏和敖氏等五人被俘，其餘一個姓張的被殺於亂軍之中，還有一個是新野丁舉人的妹妹，抱著不滿兩周歲的、曾被王又天稱為“貴不可言”的嬰兒，在逃上寨牆後因被追兵包圍而投崖自盡。張大經在突圍時被官軍殺死。潘獨鼇突圍後不知下落。獻忠當時隻帶著二百多將士翻過瑪瑙山寨，趁著晨霧未散，潛行於崖穀密林之中，脫險出圍。官軍搜山三天，沒有搜到他，反以為他已經死了。
為要安定軍心、鼓舞士氣，並決定今後去向，張獻忠在水右壩小鎮上召開軍事會議。張可旺、張文秀、白文選、馬元利等重要將領都從駐地趕來參加。他不許將領們多談瑪瑙山的失敗，特別是不願聽到有誰提到他的幾個妻妾的被俘和死亡。雖然他心中為這次挫敗感到痛苦，但是他用滿不在乎的口氣說：
“他媽的，這點損失算得雞巴大事！別說是這點損失，就是全部打光了，老子也要從頭再來！”他隨即換成了嘲笑的口吻接著說：“哼哼，我以為左良玉王八蛋有多大本領，原來是用叛賊劉國能賺開寨門！老子在山下設的那道關，派三百人把守，也是上了劉國能的當，沒有動一刀一槍給王八蛋龜兒子們吃掉啦。咱這一回虧吃得好，有意思。咱老子一向慣使人扮作官軍賺城劫寨，這一回卻叫別人學咱的拳路搗咱的心窩。吃過這回虧，下回就學乖啦。這次輸，下次贏，勝敗兵家之常嘛。”
正在商議時候，細作回營稟報：左良玉和劉國能的人馬進到瑪瑙山寨之後，除全部殺死因負傷不能逃出的西營將士外，寨中原來留下的百姓，十二歲以上和五十歲以下的婦女都被輪奸，有的因輪奸致死，有的奸淫後被擄入營中帶走，有的被殺，青壯年男子都被殺光。山中本來人煙稀疏，未逃走的百姓幾乎被殺光了。左良玉上報“斬賊”三千三百多級，請監軍道檢驗。有的首級下頦溜光，耳垂上帶有小孔，明是婦女首級，但無人敢說破。張獻忠聽到這裏，罵道：
“哼，明朝將軍們都有一個傳家本領：拿老百姓的首級邀功！”
細作又接著稟報說：“聽說左良玉和劉國能兩家將士為搶奪瑪瑙山老營婦女和財物，互相打架，殺傷了二十幾個人。劉國能及時趕到，把自己的將士喝退，將搶到的一顆金印、八麵令旗和八支令箭、兩個卜卦金錢和一根鏤金纏龍棒，還有大帥常用的那口‘天賜飛刀’都獻給左良玉，才算沒事。要不的，左良玉還要怪罪他哩！”
獻忠罵道：“操他娘，射塌天投降以後的日子也不好過。奴才不是好當的！”他轉望著徐以顯笑著說：“老徐，這個劉國能你不認識，他王八蛋替自家起個諢名叫射塌天，卻總想受朝廷招撫。我當麵罵過他：‘老劉，咱老張看你不會射塌天，遲早會落進人家的褲襠裏！’瞧瞧，老子的話應驗了吧！”
徐以顯向細作問：“你探聽出潘先生的下落麼？究竟是被俘了還是死了？”
細作回答：“回稟軍師，潘先生的下落仍然不明。人們都猜他並沒有死但不知他逃出後藏匿到什麼地方。”
命細作退出以後，張獻忠繼續同眾將商議軍事。這時明朝的湖廣軍張應元和汪之鳳兩部正在向水右壩靠近，川軍老將張令的部隊在川、楚交界處把守隘口。獻忠的西營將士陸續集結在水右壩一帶的約有兩萬人，力量仍然雄厚。獻忠想著倘若打張應元和汪之鳳兩軍，左良玉必然會前來相救，不如專力殺敗張令，打開一條入川之路。他命令張可旺和張文秀先走，白文選和馬元利護衛老營後行。徐以顯、張能奇和張定國都在瑪瑙山負傷未愈，隨著老營醫治。
十七日，明軍到水右壩時，獻忠已經退走，殿後部隊與明軍發生戰鬥，小有損失。十九日，獻忠的前鋒部隊在川、楚交界處的岔溪和千江河一帶與川軍張令的部隊相遇，小有接觸。時天色已晚，互相不知虛實，各自後退。張令一麵發塘馬向督師輔臣和四川巡撫報捷，一麵退守靠近四川的重要市鎮柯家坪。
閏二月二十七日，西營大軍突然向柯家坪發起猛攻，彌山漫野，將張令全軍包圍。另一個川軍將領方國安在張令的後邊，一看義軍勢盛，沒法抵禦，便扔下張令，從艱險的小路逃脫。七十多歲的張令在當時是一位有名的悍將，手下的五千川軍也很能打仗，沒路可逃，戰鬥得非常頑強。柯家坪缺少泉水，也缺乏溪流，恰巧下了一場大雨，解決了被圍川軍的吃水問題，並使義軍的進攻增加了困難。獻忠將張令圍困了十二天，到了三月初八，眼看就要攻破柯家坪，官軍數路援軍齊到，隻好解圍而去。第二天，獻忠的一部分人馬同官軍在寒溪寺相遇，雙方都略有傷亡。初十日，獻忠在鹽井打個敗仗，損失了一千多人。跟著，獻忠又向木瓜口和黃墩進攻，都未得手，白折了一些人馬。他怕受秦、楚官軍合力包圍和追擊，打算轉移到興歸山中度夏，休息士馬，收集散亡，補充軍需，和駐紮在巫山和大昌境內的曹營靠近。
秦、楚、川各路明軍集結在三省交界處的雖然有六七萬人，但經過瑪瑙山戰後，被獻忠放在眼中的隻有左良玉一軍人馬。他知道川軍以保境為主，不會遠出川境以外；秦軍也隻想保境，不肯入湖廣作戰；至於楚軍，隻有左良玉是真正戰將，實力也比較雄厚。聽說楊嗣昌正在催促良玉進兵，而左營人馬也確實在日夜向平利集中。他擔心左良玉奉楊嗣昌之命追趕不放，使他在興歸山中休息士馬的打算落空。於是他在竹溪縣境內同徐以顯、張可旺和馬元利密商之後，把一個離間敵人的計策決定了。
當晚，獻忠叫徐以顯替他寫一封給左良玉的信。寫成之後，獻忠仔細聽聽，搖搖頭說：
“老徐，這樣寫不行。咱老張沒學問，他老左不識幾個字，更不如咱。給他的書子，不要太文，也不要太長。太文啦他聽不懂，還得旁人講解；太長啦他不耐心聽，反而會漏掉要緊的話。咱們把書子寫得簡短一些，沒有閑話，不繞彎子，槌槌打在鼓點上，句句話的意思都很明白，叫他龜兒子把咱的話細細嚼，品出滋味。夥計，你說對麼？”
徐以顯笑著點頭說：“甚是，甚是。還是大帥所見英明。”
“來，老徐，我的好軍師，你雖然是秀才出身，可是這封書信的大意你得聽我說。我說出來的話，你把字句稍微弄順就行啦。書信的頭尾都用你剛才寫的那個套套子，中間的話用我的。來，咱倆寫吧。”
徐以顯挑大燈亮，把紙攤好，膏好羊毛筆，按照獻忠口授的大意將書子寫成，略加潤色，自己先看一遍，忍不住微笑，頻頻點頭，心中越發佩服獻忠的聰明過人。他添了一個漏字，抬起頭來問道：
“我念給大帥聽聽？”
“念吧，念吧。連你那前後套套子都念出來！”
徐以顯隨即念出了書信，全文如下：
西營義軍主帥張獻忠再拜於昆山將軍麾下：瑪瑙山將軍得勝，已足以雪羅猴山之恥，塞疑忌將軍者之口。不惟暫消楊閣部奪印之心，且可邀朝廷之厚賞。將軍目前可謂躊躇滿誌矣。然有獻忠在，將軍方可擁兵自重，長保富貴；獻忠今日亡，則將軍明日隨之。縱將軍十載汗馬功高，亦難免逮入京師，斬首西市，為一貫驕玩跋扈、縱兵殃民者戒。故獻忠與將軍，貌為敵國，實為唇齒。唇亡齒寒，此理至明，敬望將軍三思，勿逼獻忠太甚。且勝敗兵家之常，僥幸豈可再得？倘將軍再戰失利，能保富貴與首領乎？不盡之意，統由馬元利代為麵陳。謹備菲儀數事，伏乞哂納。倚馬北望，不勝惶恐待命之至！張獻忠頓首。
獻忠聽過之後，又自己看了一遍。看到那句“不勝惶恐待命之至”，笑了笑，心中說：“咱老子惶恐個屌！”但是他懂得這是文人書信中的一句“成套”，沒有叫軍師改掉。
當下，馬元利趕快將隨行士兵和一應需要帶的東西和偽造的文書準備好，四更以後，同隨行將士們飽餐一頓，悄悄地出發了。同一天，張獻忠將人馬分成數股，偃旗息鼓，向興歸山中開去。盡管他斷定馬元利去見左良玉無危險，但有時仍不免在心中自問：
“老左這龜兒子會不會對他下毒手？”
張獻忠在穀城屯兵時候，曾仿刻和仿製了湖廣巡撫衙門的關防、印信、箋紙、封套，以備使用。這些東西同另外一些重要文件和貴重軍需都放在張可旺營中，尚未運往瑪瑙山，所以未曾損失。如今馬元利喬扮做官軍偏裨將官，隨帶一名親信小校和二十幾名弟兄，一色穿著湖廣巡撫標營的號衣，騎的馬也烙有“湖廣”二字。這些戰馬和號衣，都是過去在戰爭中獲得的。馬元利的身上帶著偽造的湖廣新任巡撫宋一鶴致左良玉的一封緊急文書，一封致巴東守將的文書，還有一個文件是證明他去左良玉軍前和巴東、荊州一帶軍前“公幹”，類似近代的所謂護照。前兩封文書所用的封套都有一尺二寸長，六寸寬。由於他們的裝扮和文件都十分逼真，加上馬元利儀表堂堂，遇事機警、沉著，應對如流，所以在路上穿城過卡，常遇官軍盤查，都沒有露出馬腳。