回到北海後，對楊奉的能力十分佩服的孔融也趁此時機把北海軍權交給了楊奉，就這樣，在平定張角之亂後，年僅二十二歲的楊奉開始了在北方的立足。孔融放下了軍權之後，每日卻也隻是處理一些政務，閑時則在家看看書，有時也外出體察一下民情。
楊奉則是每日和太史慈、趙雲、武安國等將切磋武藝，操練軍隊，同郭嘉、田豐探討天下大勢，等待時機，逐鹿中原。並且楊奉又將自己在這裏的情況寫了封信讓人送到漢中，囑咐閻圃等人暫時全力發展漢中、武都兩郡的經濟，自己短期之內不會回去，會在北方繼續發展。
楊奉還另外給王綿、褚蘭也寫了一封情意綿綿的長信，大意是說現在各地盜賊紛起、黃巾再現，甚是不大太平，而且自己在青州還沒有真正立足，一旦等黃巾之亂完全平定，自己也在青州有了立足之地，自會接二人前來，要二人不必太過牽掛。
張角之後的各地叛亂雖然分布較廣，但是基本上都是各自為戰，沒有一個統一的領導，並沒有形成太大的氣候，雖然如此，這次的叛亂也持續到了中平五年。但是，這次的各地叛亂雖然最終也是被鎮壓了下去，然而足足持續了四年的黃巾之亂對漢室的衝擊卻是致命的，使得本就被張角之亂抨擊的已經不太穩當的大漢的基石變得更加脆弱，再也經受不住任何輕微的碰撞了。
同時，許多地主豪強以黃巾之亂為由，紛紛擴充自己的私人武裝，到中平三年的時候，最多的私人武裝已經超過了萬人，已成尾大不掉之勢，並且還有的冒充黃巾餘孽不斷侵擾百姓，奪取財物，令各地百姓苦不堪言。
而且，在黃巾之亂基本被平息的時候，朝廷之中發生了一件事情，也就是這件事情的出現徹底瓦解了大漢的獨裁統治。
事情是幽州刺史劉焉引發的，中平五年，也就是公元一八八年，此時任太常的劉焉見這些年大漢朝的變故較多，便上疏靈帝：“四方之所以出現這些叛亂，是由於各州刺史的權利太小，而且所用非人，以致於離叛。建議朝廷將刺史改成州牧，並選清名重臣以居其任。”
劉焉本為太常，也想謀一個州牧之位，便選擇了大漢新開辟的交州。但是，侍中廣漢人董扶私下對劉焉道：“京師即將大亂，益州之地卻有天子之氣，君可去之。”於是，劉焉便改成求益州牧一職。
原本的益州刺史是張喬，但是張喬卻在中平三年平定馬相之亂之後便得重病死了，之後的益州刺史郤儉卻是向靈帝花錢買的官，但是郤儉此人無任何能力，賦斂煩擾，謠言遠聞，於是朝廷聽從了劉焉的建議，從選列卿、尚書為州牧，各以本秩居任，並且罷免了郤儉，以劉焉為益州牧。
這樣，州牧不僅掌管監察，還集各州行政、軍事、財政大權於一身，地方的監察官演變為行政長官。剛剛開始的時候確實收到了一定的成效，許多真假黃巾餘孽被各地有了軍權的州牧剿滅了，片片捷報飛到洛陽，靈帝感到十分滿意。
黃巾起義短短幾年之中，不但對漢朝是個致命的打擊，同時也就了一批英雄人物，除了楊奉之外，曹操、劉備、孫堅、公孫瓚等一些英雄在黃巾之亂中也逐一地嶄露頭角，展示了非凡的軍事才能。
黃巾之後，一些在黃巾之亂中卓有戰功的，都被封了官，例如曹操被封為都校尉，領東郡太守，但，一個月後曹操棄官歸隱，兩個月後，曹操又被朝廷征召為議郎。劉備則是平原縣令，孫堅也被封為封為都校尉，領長沙太守，其餘各有封賜，楊奉的姨父丁原也因平定並州黃巾有功，被靈帝封為騎都尉領並州牧。
三國曆史上的並州牧應該是董卓，但是曆史卻發生了一些變化，使得丁原終於徹底占據了並州，而董卓卻被封為了涼州牧，其他的各州的州牧分別是冀州牧王芬、青州牧龔景、益州牧劉焉、荊州牧王荊、揚州牧劉繇、豫州牧黃琬、徐州牧陶謙、袞州牧劉岱、雍州牧楊彪（楊賜之子）、幽州牧劉虞。
八月的時候，靈帝為了增加京師的力量，又在洛陽設了西園八校尉，以小黃門蹇碩為上軍校尉，新任的虎賁中郎將袁紹為中軍校尉，屯騎校尉鮑鴻為下軍校尉，議郎曹操為典軍校尉，趙融為助軍左校尉，馮芳為助軍右校尉，諫議大夫夏牟為左校尉，淳於瓊為右校尉，各校尉皆統歸於蹇碩。
靈帝自黃巾之起，便可是不得不留心戎事；蹇碩此人頗為壯健，而且武藝高強，靈帝親自任命此人，即便是大將軍何進也不能直接命令蹇碩，自此禁衛軍的大半都歸蹇碩統領，已隱隱能與何進分庭抗禮了，何進受此之挫後也學會了韜光養晦，暗中卻在積聚力量，準備在適當的時候奮力一擊。
就在這些事情逐一發生的時候，遠在北海的楊奉也開始暗中思量，現在距離何進被殺，董卓進京的日子應該不遠了，天下即將大亂，青州糧草雖多，然地處偏僻，人口稀少，兵員不足。再說，現在的曆史已經發生了重大變化，本不該成為並州牧的丁原搶了應該是董卓的並州牧，並州看來不會脫離丁原的掌控了。
倘如兩州相連，實力將會大增，但事實並非如此，青並兩州中間隔了一個偌大的冀州。冀州牧雖然現在是王芬，董卓進京之後就會落到韓馥手中，最終還會落到頗有雄才的袁紹手中，到時兩州首尾不得相連，彼此無法救應，如何能與曹操、劉備、孫堅等人爭雄天下。
而且，如按果按照原來的曆史進展，丁原將會在和董卓的爭鬥中被呂布殺害，雖說自己早已經寫信告訴過丁原千萬不要進京任執金吾一職，同時要防備呂布，隻是不知道丁原會不會聽從自己這在他看來隻是毫無根據的猜測。
正在頭痛之時，楊奉又想到公元一九三年六月，黃巾大將管亥將會兵困北海城，那時的管亥已是無處可去，以自己目前的實力，加上上次的恩惠，應該可以招降管亥，便可坐領精兵十萬，這樣就可與天下群雄一較高下。楊奉想到此處，更是信心百倍。
這一天，孔融忽然得了一場重病，來得極為迅速，眼看就不行了，以楊奉如此高超的醫術也無法完全治好孔融的病（其實就是現代醫學上的癌症中晚期），隻能暫時將病情壓抑住。一旦過於勞累，病情再次複發後，就連楊奉也沒什麼辦法。孔融也知道自己的病情不再適合擔任北海相這樣過度操勞的職位，於是，孔融便向朝廷上表請辭，並推舉楊奉繼任北海相。
奏折到了洛陽之後，幾乎沒有費任何周折，靈帝便欣然同意了。
當然，在孔融的奏章到達洛陽之前，楊奉先行給何進去了一封信，在信中楊奉推薦徐榮為漢中太守。因為楊奉已經是漢中太守，所以不可能再成為北海相，唯一的辦法就是辭去漢中太守的職務，接替的人自然必須是楊奉的心腹了。
楊奉曾是靈帝金口所舉的方正，並且在黃巾之亂中以弱勝強打退了進攻北海的黃巾軍，從而保全了整個青州。而且何皇後、大將軍何進以及太尉袁槐都是一力讚成，靈帝便下令讓徐榮接替楊奉的漢中太守，而楊奉則成為了北海相。
現在由於楊賜的去世，“清流”一派的勢力大不如以前，現在何進和張讓集團的鬥爭卻是日趨激烈，再加上蹇碩新一派的異軍突起，何進兩麵受敵，形勢大不如以前。所以現在何進自然要大力扶植自己的勢力，尤其是現在各地權利加大，他日一旦何進一聲令下，命令他們率領大軍進京勤王，張讓、蹇碩豈可擋其鋒銳。