四位明使在日羈留三載，朝鮮並未派一使前往日本，而四使中的‘劉爺’已然病故，為避免釀成‘本幫之罪’，故報請了國君秀賴，差人送歸其餘三使。
而四月十八，寧波的衛所報告一艘倭船來泊，船上還插大旗一麵，上書‘平倭奏凱’，正是送毛國科等人歸朝的大船，隨船的還有刀槍、馬甲、金盔、俱用箱盛以及日本王帶給刑經略、金學曾書信各一封。
毛國科簡單彙報了他使日前後三年的情況，之後，浙江巡撫劉元霖、經理萬世德，及經略刑玠都曾在奏疏中轉引了毛國科的彙報。
毛國科是四月十六搭乘至日本貿易的福建烏尾商船回國，但奇怪之處在於，他回國之後，因‘全無牌票可憑’，故使日之事遲遲得不到認定。劉元霖就在其上疏中寫道：毛國科等執稱二十六年十一月初五奉差宣諭，全無牌票可憑……但浙自壬子被倭以來，民不通番，倭不輕人……是以嚴防痛絕。
到了九月十日，兵部亦覆刑玠、萬世德《倭奴解送華人疏》——用間之法，兵家不廢，下海之禁……毛國科自稱宣諭，初無文憑，既解至閩，應聽審明真偽，酌議功罪……但奸商高光國等人航海年利，宜從重究。
高光國是徽商，手中有一麵倭國給予貿易權的白絹旗，上有番號及年月，因他被重究，遂一並追解入官。
直到十二月五日，兵部會審最終結果是：除了書、器進納外，毛國科仍送經、撫兩臣備查真偽，奏上定奪。另外，沿海省直移文督撫，嚴禁奸商闌出，以防窺伺勾引，並谘朝鮮國王提備釜山一帶，毋令狡奴複覘（窺視）。
朱翊鈞允了兵部會審結果。但毛國科之事，曆時半年多還未認定下來，其實他的事情本來明白無誤，隨同他一道回來的還有日本人喜右衛門和小大勝門兩人，他們的口供也能作為旁證。實際處理起來卻是一波三折，禮部尚書馮琪，前任尚書餘繼登卒於任上後，由禮部侍郎升任，他與刑玠同為山東老鄉，朝中關係密切。
就曾寫信說道——初聞毛國科等返回，必自侈（自我炫耀）其遊說之功，恐忌者且借以為辭。比見士夫都未有言及者，蓋公論已定矣。軍中間使，自是常事，貴如李宗誠，效如沈惟敬，尚不能止倭之不來，毛國科輩何能為？即使能為，酈生亦不損淮陰之功耳？
刑玠對於毛國科之事頗有顧忌，在年初到四月間，毛國科等人回國之際，也正是和、戰雙方爭鬥最激烈的時候，再加上有心秉持公論的監軍禦史陳效突然身死朝鮮，他的回國，又恰好暴露的東征軍高層曾經乞和談之事，這對標榜‘東征之役專注剿’的刑玠來說，就是他親口說過的‘如果臣有講和用賄實跡，即斬臣於市，以證欺君辱國之罪’這不啻為一記重錘，故他寫信給馮琦詢計問策。
到了朝鮮之戰的後期，刑玠轉而尋求和談，因和談是秘密進行，他雖報與了沈一貫，但仍然是瞞著萬曆皇帝。
丁應泰第三次彈劾，彈劾刑部尚書蕭大亨與科道張輔之、姚文蔚等人朋謀欺罔，經略刑玠賂倭賣國，及朝鮮的陰結日本。若是做實了毛國科的事跡，不就間接證明丁應泰之彈劾是對的。
當時中路軍的董一元和西路的劉綎接連吃了敗仗，刑玠的壓力不可謂不大，而這個壓力就來自朝堂之上，主和與主戰是朝廷兩個陣營的標的，同樣也是攻擊對方的利器。
楊鎬、刑玠身後是以張位、沈一貫為主的主戰派，丁應泰身後是以趙誌皋為主的主和派，而和、戰之爭實質就是為黨派謀利益，刑玠需要證明自己路線正確，來爭取東征功罪的話語權。
但這中間也不能忽略毛國科這麼一個人，他在朝堂大佬的眼裏，或許就是一白丁，但對於一介平民來講，‘平倭奏凱’就是他人生當中的巔峰，是一段可歌可泣的生涯，就算不被當局承認，但草民的自我認定，也是需要通過別人的看法乃至當局的裁定才能確定標杆。
直到十二月五日的兵部會審，最終結果依然是未能定下，也說明和、戰之爭依然沒有最後結果。
回過頭來再看朱翊鈞，他最後選擇了息事寧人，不再追求真相。無論如何，日本已經撤軍了，而朝堂需要安寧，他需要耳根子清淨，所以，他采取了‘功疑為重，罪疑為輕’的法子，選擇支持了刑玠，這樣也維持了朝廷的體麵。
但是，朱翊鈞固然不再追求真相，不代表別人也不對真相感興趣。
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