楊應龍雖然死了，但身後事卻未了盡。
未了盡，隻因是生前結下的種種因果，但終究還是楊應龍太過天真，不了解這個權、利世界的生存法則。
一個安逸了八百年的家族，有什麼理由‘造反’？無外乎想報複名義上歸他播州管轄，但實際上早已不受控製的五司七姓。
但朝廷才不管什麼他與五司七姓之仇，隻會認為他是造反，既已選擇了造反，又何必再心存僥幸？要是當初在拿下綦江後，聽從軍師孫時泰之言，進而攻重慶，再克成都……容易嗎？四川那時的駐軍才區區一萬左右而已。
克成都，把蜀王擄為人質，割據一方，然後靜待天下風雲之變……又何嚐不是一位亂世梟雄？而不是兒戲一般的去立什麼新的播州界碑，以證明他不是造反。喪失最後那點戰略機遇。
此時，恐怕最該感謝他的人就是李化龍，若那時他真聽取了孫時泰之言，則必為大患。
一將功成萬骨枯，以夷製夷之策，取得巨大成功，播州大患即除，李化龍是大大鬆了一口氣。
隨後，李化龍拿楊應龍之‘敗家身亡’來警告各大土司，將發給各參戰土司的炊用銅鍋盡數收回，改鑄鼎器，上刻銘文——惟星拱北，惟水朝東。惟天王禦極，八方會同。惟西南夷，各世其封。惟敬天法祖，庶以不墜闕宗。順天者吉，逆天者凶。以為不信，視楊應龍。
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五月二十四，沈一貫就收到李化龍的信劄，內言：腹心盡潰，父子相疑。四麵攻之，不自焚即當為人所執，不能逃矣……
沈一貫截取數言奏報與朱翊鈞，以寬君心。另外又言川貴之地本為窮敝之地，又經戰火，更為疲敝，應著意安撫，且要破格賞賜官兵。
但同時也上疏奏請朱翊鈞下令搜捕楊應龍賄賂過的朝臣、地方官員。
至六月，播州事定，朱翊鈞又傳諭沈一貫，“逆賊楊應龍已就天落，此實仰賴天地洪庥，祖宗估助，大小文武將士溽暑之時，成此大功，朕心嘉悅，其赦宥無辜，撫安地方事宜，卿可傳示該部議擬其奏。”
隨後，他便將此諭傳示諸臣。李化龍因惦記著丁憂，又跟著上疏言播州善後事宜十二條，待善後事了便能回家守製。禦史李時華也建言：選留大帥、更置郡縣、清理疆界、優恤驛站、修築城池、府官移鎮、議歸楚地。兵部則結合了這些意見，亦上了善後條議：宥無辜、禁豪強、夷險隘、明功罪等事。
其中最重要的還是點用新的川貴總督，雖然播事結束，西南形勢並不容樂觀。朝臣舉薦京營尚書王世揚接任總督一職，又按慣例以郭子章陪推。
沈一貫卻認為，楊應龍死，而土司水西安氏氣勢正熾，郭子章不宜輕調，遂奏請點用王世楊為總督。
不過朱翊鈞的考慮卻是管轄京營亦是重任，王世揚雖然堪用，但不宜調動，郭子章繼續任貴州巡撫。另外，他又命沈一貫傳諭兵部，會推兩名忠實才望的官員，以滋選用。ＨＴtρδ:\/\/wωw.ξＷΧs9.Ｏrg
很快，吏部便會同九卿科道推選，以陝西巡撫賈待問、宣府巡撫王象乾為人選，奏請點用。
隻是這一次，朱翊鈞卻遲遲沒有批複。
久未得到回複，又告病在家的沈一貫內心憂慮，不得不上揭貼催促，彼處日夜望新督臣早至，情甚急也。伏祈即賜點用，令兵部馬上傳發，刻期到任，以圖善後長策，紓西顧之憂。
沈一貫之所以要盡快選出川貴總督，還是出自對西南局勢的擔憂。播州與周邊土司、州縣犬牙交錯，戰爭過後，重新勘定地界已經擺在明麵，而且兵部已在商議將其改土歸流。
自戰爭之後，播土舊民僅存者十之一二，又存在大量的無主田，四川巡按早就致信沈一貫談及此地情形：播州素稱沃野，人人垂涎。當下鼎革之時，原有地土者思欲奪占，原無地土者亦思妄認，四方流民充斥其間，皆來占籍。而各土司指以楊應龍侵奪為名，紛紛告爭邊界……
這恰是他的擔憂，所以再三奏請：任此以往，到時川貴定是漫無統紀，至相爭殺，黔既不敢問，蜀又不複言，還望早日選任川貴總督，前往播州勘定邊界。
無論沈一貫怎麼催促，但朱翊鈞對於處理國事依然散漫而不積極。
而軍餉的開支，李化龍另外提交朝廷一份銷算軍餉疏，對四川布政司的軍餉籌措、開銷、結餘做了詳細說明。貴州巡撫郭子章同樣提交了貴州布政司在此役中的籌措、開銷、結餘等。
疏中記錄，四川布政司自萬曆二十七年六月起，到萬曆二十八年九月止，綦江、南川、合江、永寧四路與所屬府衛州縣總計發戶兵二部，並本省、外省、蜀府義助、及派征未完地畝、夫價等銀，共二百四十七萬五千八百零六兩。