至此，中路軍全麵敗北。
作為敗軍之將的董一元，先是逃到了晉江北岸的三嘉，之後又一路北遁，原先一同運來的糧草也在逃亡途中盡數棄於路旁。最後逃到了大後方的星州，星州距董一元南下時的前哨陣地晉州足足有五天的路程。
泗川慘敗之後，茅國器還曾勸董一元固守望津山這一要害地，但董一元卻不這麼認為，此地孤立，若固守最要擔心的是固城的立花宗茂聯合島津義宏並力來攻，後才決定撤兵到了大後方的星州。
十月十二，董一元清點中路軍剩餘人馬，查出來當時陣前先逃引發混亂的四名騎兵，董一元怒不可遏，立斬其中二人，另二人杖責一百軍棍。接著又令祖承訓、藍芳威重整兵馬六千，與朝鮮將領高彥伯、鄭起龍共同防守三嘉。
不過有一件事，董一元心裏門清，就是爆炸起火明明出自茅國器營，但事後卻被很多人說成出之彭信古營，連協同作戰的朝鮮將領也是一致口徑。
這彭信古與丁應泰是同鄉，如今丁應泰二次入朝，所為何來，中朝兩方誰人不知？朝鮮人對丁應泰恨之入骨，連明軍中也對他怨聲載道。恨屋及烏人之常情，即便彭信古真被冤枉了，董一元自然也不會主動為其辯解。
這場戰役，明軍損失不可謂不大。
後來慶尚道觀察使鄭經世向國王李昖啟報：“初十那天，有逃跑回來的明軍俘虜，皆被剃了發，後詳問敵情，則言道：生擒三四百人，除茅國器營的俘虜不剃發，其餘皆被剃發，還欲送至日本。那些被繳獲的物資有銃筒、弓矢、刀槍、馬匹、衣物等，其中刀槍還被熔了打造炮彈。被斬之人大都削鼻取頭，置於東門外，數不下四五千……”
申欽道：“賊追至望津峰，步軍死者三千餘，騎兵亦多墜崖死。提督欲收散卒下營，而諸軍已皆奔潰，不能軍。遂留祖、茅、楊、藍、彭、秦六將於三嘉，冒夜馳還陝川……”
倭軍陣亡人數近三千人，涵蓋了晉州、昆陽、永春寨、泗川舊城、倭城著一係列戰役，但絕大部分陣亡都在最後一場戰役當中，也就是明軍陣營起火之後。
也從側麵證明，其實明軍陣中突變後，並未立即潰逃，而是雙方廝殺了很久，彼此傷亡相當。
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朝鮮，自楊鎬走後，再一次迎來丁應泰。
雖說上回他與朝鮮交道不多，但其事後所作所為，攪得朝鮮君臣上下不寧，對他無不痛很萬分。李元翼所上辯疏朱翊鈞在十月已經批複：朕已另遣萬世德前去經理，近總督刑玠奏目下分兵三路進兵，刻期攻剿。爾國亦當振飭將士，協助共期蕩平，毋得專恃天朝，自諉積弱。
朱翊鈞並非偏聽偏信丁應泰，而是十分了解自己的臣子。雖然軍中亦有將領如彭有德、黃應陽、許國威等為其上疏辯解，楊鎬於此事也隻上了一份自辨疏，但私底下為了對抗丁應泰的彈劾，卻是從內到外做足了準備。李元翼是清楚的，楊鎬曾麵見國王李昖，以茶為端，並贈送國王茶葉，後李昖還說：“此非為茶言之……”推測楊鎬應是暗示上疏為其辯解。
所以無論東征將領也好，朝鮮君臣也好，誰又敢說他們不是經楊鎬的授意安排呢？
丁應泰自九月再入朝鮮，他官不大，但氣焰十分囂張，在明軍裏亦是作威作福，其行為也頗為他人所不齒。入朝之後，他並無公心，首先就拿許國威開刀。
因遊擊許國威等人是帶頭上疏為楊鎬鳴不平，故而丁應泰一到朝鮮就抄了許國威的家，拿究其家丁，而且百端構捏，無所不至。
除此，還令家丁將各營的寫子（寫字兵）拘來，令他們從實開錄自今年正月起，各營陣亡軍士名單，重新搜集對楊鎬不利的材料。而在他的強行逼供之下，多個文書隻得虛報數目，為其所用。
與此同時，丁應泰也知道了朝鮮國王李昖兩次上疏為楊鎬辯駁，他十分惱火朝鮮這般‘不配合’。於不久之後，他亦再次上疏朝廷，彈劾朝鮮國王。
其疏曰：“臣行次夾江中州，見豆忝豐茂，詢之遼人在途者，曰‘此膏腴之地，收獲數倍西土。先年，朝鮮與遼民爭訟之，都司屢經斷案，鮮人不平。萬曆二十年，遂令彼國世居倭戶，往招諸島倭奴，起兵同犯天朝，奪取遼河以東，恢複高麗舊土’等語，臣不勝駭異。臣行次定州，而臣從役，以布數尺，換鮮民舊書包裹食物，書名《海東紀略》，乃朝鮮與倭交好事實也……”
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