對倭之戰與和，朱翊鈞有自己的看法，朝鮮與遼東一衣帶水，又能在貿易上牽製東虜，倭侵朝鮮，勢必影響遼東安危，而遼東安危關係京師安全，這不得不讓他慎重以待。
幾日後，太仆寺發馬價銀二十五萬七千兩，作為水陸各兵三月的糧餉，及防倭官的犒賞。
不日，戶部尚書楊俊民又上疏，遼東所積米豆及朝鮮見報糧數隻有二十餘萬石，恐經用不足，請行山東發公帑三萬兩，委官買糴運至登萊海口，再令淮船運至旅順，遼船運至朝鮮，又偕臨、德二倉米各二萬石運至登萊轉運。
朱翊鈞批準，另諭旨事關軍機不許延誤。
即使出高價買糧，好歹初期的糧餉算是有了著落，至五月下旬，刑玠抵達遼東，之前，他已命麻貴率一萬七千宣大兵向鴨綠江進發。
就在六月，日本已有上千艘艦船停靠在釜山，刑玠抵達遼東之後，探知倭軍在建城堡，貯淡水，為大戰做準備。
七月丙辰，刑玠即呈上用兵方略：“臣謂一取釜山，則行長擒，清正走，自是奇著。楊元、吳惟忠甫至王京，擬遣二將分屯全羅之南原、慶尚之大丘，慶州大將軍駐王京，居中調度。
已聞南原城圮盡，慶尚一道半為賊據，孤單難入。乃檄楊元趲餉整理南原，吳惟忠姑往忠州。
入夏雨住，麻將軍七月初始至碧蹄館，王京去釜山千四百裏，而南原、忠州乘相去數百裏，勢難趨搗。
且行長營釜山，清正營西生浦，如破釜山，陸路必由梁山，梁山西北有峻嶺，南有三浪大江，直通金海、竹島二處，皆咽喉地，倭並伏勁兵，不可不防……んτtρs:\/\/Μ.Ｌωxδ9.org
倭水陸各一隻在梁山東西扼險，我後無應援，再益以機張等兵自東來，益不可當。如破清正，陸路自西而東，則由東萊、機張，自北而南，則由慶州、蔚山，此路東南大海，西北山嶺稻田，隻可用步兵。
水路必自東而西，有長髻、甘浦、開雲，而長髻水兵極單弱，故雖有奇著，而勢未可乘。臣以為倭所依者稅，而水戰不利正兵，須東西各水兵一支牽其回顧，陸兵方可衝突，仍一軍屯南原捍全羅，一軍屯大丘扼慶尚，一軍屯全慶，中如晉忠宜寧為中堅，然後分向釜山、機張，兩陸路、水兵東西四麵齊發，此正著而兵糧不齊難輕動，請持久以老之。”
朱翊鈞收到刑玠的奏疏，即刻批複：與經理總兵密圖進止，朝廷信任自專，惟求全勝，不論遲速。
此時已是七月仲夏，京城一派夏日炎炎之景，但就在上個月還經常是大雨如注，晝夜不止，尤其十九日那晚，電閃雷鳴，身在啟祥宮的朱翊鈞再次從夢中驚醒。
醒來那刻，朱翊鈞心髒猛的一跳，一種不好的念頭無端從心裏漸漸冒出。就在剛才，他在夢裏還遇見一個哭泣的女人，他不知道她是誰，又為何哭泣？隻是驚詫她怎麼那麼多淚水。
沒過多久，宮裏似乎已亂成了一片，太監們高亢刺耳的聲音響徹大殿：“走水了…走水了……”
乾清宮近侍很快來到朱翊鈞身邊，一臉驚慌失措：“爺，不好了！皇極殿走水了。”
朱翊鈞聞言神色一緊，道：“怎麼回事？”
近侍回道：“是天火先引燃了歸極門，後來延燒到了皇極殿，然後文武二閣也跟著起火，一時俱燼。”
朱翊鈞聽了久久沒有說話，又想起去年三月的那場大火，他同樣是在夢中驚醒，隻是那次夢裏遇見的人是楊汝常。
“因果報應……難不成真應了是因果報應？”朱翊鈞口中喃喃道。
幾日後，三殿受災的消息也登上了邸報，同朝鮮戰事並列。用了百十來字，卻並未描寫受災的慘狀，隻是列舉了自有明以來，曆次宮廷火災：永樂十九年，三殿災；正統十四年夏，南京宮殿災；弘治十一年，乾清、坤寧災；正德九年，乾清宮災；嘉靖二十年，九廟災；三十六年，三殿及午門俱災；四十年，萬壽宮災……自永樂辛醜，到萬曆丁酉，俱是已酉醜午，戍丙丁戊年月，宮殿俱災，國朝以來之所未有之。
這邸報讓人看了都覺得晦氣，字裏行間透著一股王朝末路的頹廢。
就在三殿受災的前幾日，即六月十四，楊元親領三千兵馬進入了南原城。
同樣是六月，駐守在竹島的鍋島直茂部將豐茂守得知明軍已進入朝鮮，感到十分憂慮，他思前想後，想出一計。不過要先吸引朝方的人過來……沒多久，朝鮮兵道使金應瑞便派鄭承憲前往竹島與之會麵，想看這豐茂守意欲何為？
豐茂守說的很直白：“關白已令諸將出戰，你們朝鮮有把握取勝嗎？我軍會先擊慶尚、全羅兩道，之後還兵沿海，欲奪濟州島。此時三國（道）百姓，必定死於刀口之下，我不勝憤懣。你們朝鮮為何不立即講和，以至開啟戰端？不過，現在講和還來得及，尚可免兵戈之禍。”