多瑙河可分為3部分。上遊自河源至奧地利阿爾卑斯山脈和西喀爾巴阡山脈之間、稱為“匈牙利門”的奧地利瓦豪區內臨多瑙河的葡萄園峽穀。中遊自匈牙利門至南羅馬尼亞喀爾巴阡山脈的鐵門峽。下遊自鐵門至黑海的三角形河口灣。
上遊發源於德國黑森林的東坡，開始時為名叫布雷格(Breg)和布裏加赫(Brigach)的兩條小溪。這兩條源流在多瑙埃興根(Donaueschingen)彙合，並通過北有士瓦本(Swabian)山和法蘭克(Franconian)山、南有巴伐利亞高原的一條狹窄而怪石崢嶸的河床流向東北。
多瑙河在抵達其最北端雷根斯堡(Regensburg)時，轉而向南流經廣闊、肥沃而平坦的田野。就在它到達奧地利邊境帕紹(Passau)前不遠，河床變窄而底部多暗礁與淺灘。然後，多瑙河流經奧地利境內，切入波希米亞森林山坡，形成一條狹窄的河穀。為了改善航運，已在帕紹、林茨(Linz)和阿爾達格(Ardagger)附近建起攔河壩和防護堤。在帕紹，其上遊最大的支流因河(InnRiver)帶來比主流還多的水，使多瑙河水猛漲。其他上遊的主要支流有伊勒(Iller)河、萊希(Lech)河、伊薩爾(Isar)河、特勞恩(Traun)河、恩斯(Enns)河和摩拉瓦(Morava)河。
多瑙河中遊酷似平地的河流，河岸低矮，河床寬達1.6千米以上。它僅有兩段——在維謝格拉德峽(VisegradGorge，匈牙利)和鐵門峽——流經狹窄而峻峭的峽穀。中遊盆地呈現出兩個主要特征︰匈牙利大、小平原的平地，西喀爾巴阡山脈和外多瑙山脈的低峰。
多瑙河在斯洛伐克布拉迪斯拉發附近穿越匈牙利門峽穀後立即進入匈牙利小平原。在此水勢突然趨緩並失去運送能力，以致大量沙礫沉積河底。河床升高給航運帶來障礙並時而將河床分隔成兩條或兩條以上的岔流。在科馬爾諾(Komarno)以東，多瑙河被擠壓在西喀爾巴阡山脈和匈牙利外多瑙山脈的山麓丘陵之間進入維謝格拉德峽。峻峭的右岸之上有10~15世紀匈牙利阿爾帕德(Arpad)王朝的要塞、城堡和教堂。
而後，多瑙河流經布達佩斯，穿越浩瀚的匈牙利大平原，才抵達鐵門峽。
河床淤淺而多沼澤地，低矮的台地沿兩岸伸展。河泥淤積而形成許多島嶼，如布達佩斯附近的切佩爾島(CsepelIsland)。在這一長段流域中，多瑙河接納其主要支流德拉瓦河、提薩河和薩瓦河而水勢大變。平均流量從布達佩斯以北的每秒235立方米增至鐵門的5663立方米。這裏河穀極其崔巍，水深而流速變化很大。過去由於鐵門的湍流和暗礁不能通航，後來建成一條側航道和平行鐵路，這樣便可拖拉船隻逆強流而上。
出鐵門後，下遊流經廣闊的平原；河道變得寬而淺，水流趨緩。右邊，高陡的河岸之上伸展著保加利亞的多瑙平原台地。左岸為低矮的羅馬尼亞平原，在平原與多瑙河幹流之間隔著一條布滿湖泊和沼澤的狹長地帶。在這一段，支流較小，對多瑙河的總流量僅增加微弱。支流有奧爾特河、錫雷特河和普魯特河。此處河道又有許多島嶼形成障礙。就在切爾納沃德(Cernavoda)南邊，多瑙河向北流至加拉茨(Galati)，又突然折向東流。在離海約80千米的圖爾恰(Tulcea)附近，它開始擴張成為三角洲。
多瑙河分為三股岔流，即基利亞(Chilia)河、蘇利納(Sulina)河和聖格奧爾基(SfintuGheorghe)河。僅岔流蘇利納河已疏浚、拉直，可以通航。在三股岔流之間有一些橫七豎八、狹窄的長方形台地。多數台地宜種植並已被開墾，有些還長滿高大的櫟樹林。生長在淺水灘中的大量蘆葦，可用以造紙和製造紡織纖維。三角洲占地約4200平方千米，它的形成年代比較晚。約在6500年以前，三角洲還是黑海岸旁小小的淺水灣，後逐漸被河中淤泥填滿；現在三角洲仍在按每年24~30米的速度向海延伸。
阿爾卑斯山
歐洲中南部大山脈，是一條不甚連貫的山係中的一小段，該山係自北非阿特拉斯延伸，穿過南歐和南亞，直到喜馬拉雅山脈。阿爾卑斯山脈從亞熱帶地中海海岸法國的尼斯附近向北延伸至日內瓦湖，然後再向東-東北伸展至多瑙河上的維也納。阿爾卑斯山脈遍及下列6個國家的部分地區︰法國、意大利、瑞士、德國、奧地利和斯洛維尼亞；僅有瑞士和奧地利可算作是真正的阿爾卑斯型國家。阿爾卑斯山脈長約1200千米，最寬處201千米以上，是西歐自然地理區域中最顯要的景觀。