從河源到匈牙利門(西喀爾巴阡山脈和奧地利阿爾卑斯山脈之間的峽穀)為上遊，長約966千米。它的源頭有布列蓋河與布裏加哈河兩條小河，從茂密森林中跌宕而出，沿巴伐利亞高原北部，經阿爾卑斯山脈和捷克高原之間的丘陵地帶流入維也納盆地。上遊流經崎嶇的山區，河道狹窄，河穀幽深，兩岸多峭壁，水中多急流險灘，是一段典型的山地河流。上遊的支流有因河、累赫河、伊紮爾河等，河水主要依靠山地冰川和積雪補給，冬季水位最低，暮春盛夏冰融雪化，水量迅速增加，一般，6~7月份達到最高峰。上遊水位漲落幅度較大，例如，烏爾姆附近的平均枯水期流量僅有40立方米/秒，而洪水期流量平均竟達480立方米/秒以上。在這段河流上，還有多瑙河上遊最大的城市——累根斯堡。累根斯堡是座美麗無比的城市，它到處是古老的教堂、達官貴人的邸宅和備有佳肴美酒的古老酒肆。
現在機器製造、電子工業也初具規模。
藍色的多瑙河緩緩穿過奧地利的首都維也納市區。這座具有悠久曆史的古老城市，山清水秀，風景綺麗，優美的維也納森林伸展在市區的西郊，鬱鬱蔥蔥，綠陰蔽日。這裏都要舉行豐富多彩的音樂節。
漫步維也納街頭或小憩公園座椅，人們幾乎到處都可以聽到優美的華爾茲圓舞曲，看到一座座栩栩如生的音樂家雕像。維也納的許多街道、公園、劇院、會議廳等，都是用音樂家的名字命名的。因此，維也納一直享有“世界音樂名城”的盛譽。
站在城市西北的卡倫山上眺望，淡淡的薄霧使她蒙上了一層輕紗，城內陽光下閃閃發光的古老皇宮、議會、府第的圓頂和聖斯丹芬等教堂的尖頂，好像她頭上的珠飾，多瑙河恰如束在腰裏的玉帶，加上蒼翠欲滴連綿的維也納森林，使人們想起在這裏孕育的音樂家、詩人……他們著名的樂曲仿佛又在耳邊回響。
多瑙河的中遊流域從“匈牙利門”到鐵門為中遊，長約914千米。它流經多瑙河中遊平原，河穀較寬，河道曲折，有許多河汊和牛軛湖點綴其間，接納了德拉瓦河、蒂薩河、薩瓦河和摩拉瓦河等支流，水量猛增1.5倍。中遊地區河段最大流量出現在春末夏初，而夏末秋初水位下降。隨後，多瑙河切穿喀爾巴阡山脈形成壯麗險峻的卡特拉克塔峽穀。
卡特拉克塔峽穀從西端的臘姆到東端的克拉多伏，包括卡桑峽、鐵門峽等一係列峽穀，全長144千米，首尾水位差近30米。峽穀內多瑙河最窄處約100米，僅及入峽前河寬的1/6，而平均深度則由4米增至50米。
陡崖壁立，水爭一門，河水滾滾，奔騰咆哮，成為多瑙河著名天險，並蘊藏著巨大的水力資源。羅馬尼亞和南斯拉夫兩國合作，於1972年在鐵門峽勝利建成水利樞紐工程，裝機容量為210萬千瓦。1976年羅、南兩國決定建設第二座鐵門水電站。鐵門二號水電站，坐落在一號水電站下遊80千米的地方，其中第一台機組已於1985年4月12日開始發電。
在多瑙河中遊斯洛伐克境內這一段，由於地勢低窪而形成內陸三角洲，河道寬而淺，有些地段涉水可過，一年隻能通航5個月。而在汛期，河水又會左奔右突，給兩岸居民的生命財產造成嚴重威脅。為此，早在20世紀50年代，捷克斯洛伐克和匈牙利就一起商議過如何馴服這條美麗而又任性的大河，並於1977年簽定了合作興建水利工程的條約。從那時起，捷克和斯洛伐克人民，在匈牙利的協助下，經過艱苦努力，費時14年，耗資8億美元，於1992年建成了加布奇科沃水利工程，主要包括上遊長約25千米、原設計總容量近兩億立方米的水庫，總長約兩千米舊河道攔河堤壩，把河水從舊河道引至斯洛伐克領土上長17千米、寬267~737米的引水運河，裝機容量72萬千瓦的水電站和兩條各通過約1.4萬噸級船隊的航道，把水再引回舊河道8千米多寬的排水運河。
這項在多瑙河上進行的大型水利工程被稱為“第三個年工程”。斯洛伐克這一水利工程竣工3年多，在防洪、發電、航運、供水、灌溉等諸方麵發揮了顯著效益，並使其成為旅遊熱點。
多瑙河中遊平原，是匈牙利和塞爾維亞兩國重要的農業區，素有“穀倉”
之稱。多瑙河中遊流經地區，都是各國的經濟中心，其重要城市有布拉迪斯拉發、布達佩斯和貝爾格萊德等。
布拉迪斯拉發，位於摩拉瓦河與多瑙河彙合處，自古以來就是北歐與南歐之間的重要商道，所以古羅馬時此地就是要塞。
現在，布拉迪斯拉發是斯洛伐克地區的政治、經濟中心。有造船、化工、機器製造、紡織等工業。此外，還是多瑙河航線上最大的港口之一。
布達佩斯，被稱為“多瑙河上的明珠”。它是由西岸的布達和東岸的佩斯兩座城市，通達多瑙河上8座美麗的橋連為一體的。城內許多古跡多建於城堡山。城堡山是麵臨多瑙河的一片海拔160米的高崗，13世紀時修建的城堡圍牆至今保存完好。著名的漁人堡，是一座尖塔式建築，結構簡練，風格古樸素雅。