“那你還不……”
“但是，死罪可免，活罪難饒！殺兄弑母，背主弑君者當為萬世唾罵！餘決定廢黜你的苗字，繼續用你的法名覺慶自稱吧！你將幽閉於此地，餘會在這二條禦所的廢墟上建立一座神社，名字就叫二條神社，供奉死在二條禦所裏的光源院與慶壽院，還有二條禦所裏慷慨赴死的那些幕臣們，而你就做神社的別當，為枉死祈福吧！”
源義時一揮手將如喪考妣的足利義昭拉走，想當初他也曾廢掉源義時的苗字，到如今他也來一次以彼之道還施彼身，把足利義昭的苗字廢黜，將他打回僧籍做二條神社的別當，每天隻能在愧疚和懊悔中為自己死去的兄長和母親祈福，還要麵對神社裏來來往往的武士、町民的唾罵，會有武士專門保護他的安全，監視他的行止，禁止他結婚生子，直至他老死為止。
隨著二條禦所的之戰的結束，西軍崩壞覆滅已成定局，兩位總大將足利義昭與織田信長以一囚一死收場，餘者四散奔逃早已不足為慮，幾路偵騎在忍軍的指引下飛奔出京，向畿內各領國的隱秘角落撲去，清剿搜拿西軍的殘兵敗將。
就在西軍崩滅，鬆永久秀、鬆永久通兵敗被殺，首級掛在四條河原之後不久，東軍水軍眾眾攻陷淡路島擒殺安宅信康、安宅清康兄弟，順勢西進宇多津港攻入四國，源義時的命令是三好一族不論嫡庶所有男丁擒拿至京都問罪。
隨著西軍崩潰讓四國的國人眾損失慘重，麵對東軍聲勢浩大的龐大陣容，阿波讚岐的果然呢種忙不迭的把三好家的親族捆縛起來扭送到東軍陣前，三好長治、十河存保便被家臣送了過來，龜縮在四國的三好一族很快被押解到京都。
八月二十八日，秋風颯颯陽光明媚，又是一個開刀問斬的好時節，六條河原上裏裏外外圍著數萬民眾，無數雙眼睛仔細盯著法場上跪著瑟瑟發抖的人群，這些人便是來自阿波的三好氏一族，三好一族親族子嗣一門譜代共計一千三百餘口全部被押到法場上，為首的正是三好義繼和三好三人眾。
真田義幸咳嗽一聲，高聲朗讀道：“阿波三好氏本出自小笠原氏後裔，配屬阿波細川氏被官多年，食君之祿本該忠君之事為主盡忠，未料想三好氏常有虎狼之心，妄興刀兵圍禦所殺將軍滅幕府，罪惡滔天罄竹難書，今度附西軍逆賊而敗為義兵所擒於京師六條河原夷滅三族，明正典刑，以儆效尤！”
京都的民眾一陣嘩然，多少年來沒有見過夷滅三族的重罪，有人低聲說道：“據說朝廷下達綸旨，指三好一族為朝敵了。”
“依我看呐！這就是殺將軍的報應，當年赤鬆家殺惡禦所也被滅族，何況光源院殿還是位心慈良善的好將軍，前些年畿內的年景不好，不少農民就是靠光源院免稅役活下來的，這麼好的將軍被惡賊給殺了，領來一位惡公方險些壞了京都的千年基業。”
“是啊！還好右大將殿回來了。”源義時在京都的名聲相當好，這是他多年如一日苦心經營的，即便時隔二十年不是白幹的，從市井町民的風評裏鮮有對他不利的言辭。
“不過，上天有好生之德，即使爾等身犯謀逆重罪，餘也不會對爾等的女眷動手，你們可以安心的去了。”源義時一揮手，數十名刀斧手舉起太刀將一顆顆腦袋砍下，三好一族上到八旬老叟下到三尺蒙童皆遭屠戮，場麵血腥卻無人憐憫。
弑君是十惡不赦的死罪，不論三好家是否有殺將軍的動機，隻要他付諸行動並造成將軍的死亡就可以判定為弑君，足利義輝在京都經營十餘年深得人心，三好家則京都卻是名聲狼藉，源義時在京都的名聲也非常好，而且這次上洛打著的旗號之一就有為足利義輝報仇。
所以他履行承諾斬殺三好一族，於情於理都是可以被理解的，京都的町民隻需權衡一下就知道該支持誰，他可以允許三好一族的女眷存活任意嫁娶已是最大的寬恕，沒人會責怪他殺性太強做法太理解。
京都被東軍完全掌控，東軍的各路兵馬卻沒有在京都帶著擾民，而是被源義時分排出去繼續攻略西國，八月三十日，源義時任命上杉謙信為總大將，並委任嫡長子足利義泰作為副將，真田幸隆為軍奉行，武田信繁、北條時政為兩翼大將，統兵十八萬，大小舟船一千五百艘，分別向山陰、山陽、四國，九州發起攻略。
說是攻略，到不如說是掃蕩，丹後、丹波、播磨、攝津、和泉等近畿諸國的西軍武士死的死殘的殘，隻要大軍一到緝拿西軍殘黨就一幹二淨，上杉謙信率領八萬主力走播磨進入備前，走投無路的浦上宗景隻有躲在城裏做困獸之鬥。
浦上宗景到是想投降，無奈源義時不接受西軍赴逆者的輸誠，西軍的幾路大將死的囚的囚，餘下的殘黨總阿姨是喪家之犬，留之無益不如緝拿歸案押送到京都判決，作為浦上宗景配下有力國人眾的宇喜多直家便看到這一點，假援助浦上宗景之名將其擒住扭送到東軍陣前。
備前國崩潰，備中國最大勢力三村元親又先一步討死在宇治川合戰裏，上杉謙信幾乎不費吹灰之力掃蕩兩國，一路狂飆猛進殺入備後國毛利家的領地，山陽一路隻用七八日的功夫，就數萬大軍徹底打穿，到底是西國霸主的盛產地，西國武士的骨頭比東國武士軟的多，東軍一到望風而降者比比皆是。
武田信繁在山陰的進攻也是順風順水，但馬守護山名祐豐被捕捉，這位西軍的醬油眾見勢不妙早早的腳底抹油，這次也難逃被擒拿扭送京都的命運，但馬一破因幡國也危在旦夕，因幡守護山名豐國被有力國人眾武田高信反叛，籠城死戰失敗被殺。
這位武田高信是若狹武田氏的族裔，看見宗家的宗家武田信繁熱切的很，攀親戚敘故舊好不容易混進東軍序列，頓時把因幡國的土鱉國人眾給鎮住，間接的影響臨近伯耆國的動向，伯耆國人眾南條宗勝、小鴨元清、山田重直見勢不妙商量一下趕忙降服，這樣一來除去稍有點礙事的尼子複****，山陰也被一口氣橫掃而過。
北條時政不太高興，自己跟進的稍微慢一點就連口湯都沒喝到，當得知尼子複****在出雲國負隅頑抗的時候，就鬆永武田信繁一起合力絞殺尼子軍，正當武田信繁有些意動的時候，卻發現情況不對，尼子氏久、尼子勝久、尼子通久三兄弟開城降服。
原來是尼子家大將山中鹿之介幸盛秘密前往京都，帶著家督尼子家再興的效忠血書向右大將降服，尼子勝久等三兄弟願以死換取右大將的寬恕，並懇請右大將著毛利家釋放安芸円明寺內幽閉的尼子義久重興尼子家，隻要宗家的家督能重新複歸，即便他們兄弟切腹自殺也沒有遺憾了。