毛利輝元的攔截還是來晚一步，眼睜睜看著織田信長攜帶八千餘眾逃入京都，匪首脫逃使得戰事的收尾顯得不太完美，不過攔截軍還是攔住幾條大魚，織田軍的主力大將柴田勝家、佐久間信盛、羽柴秀吉、瀧川一益、池田恒興等人皆沒有來及逃走，在大軍圍困下值得束手降伏。
織田軍先陣大將森可成很不幸的戰死，隨他一起戰死的還有稻葉一鐵、氏家卜全、安藤守就，以及中川秀政、津田盛月兄弟二人，此外西軍戰死的大將還有波多野秀治、遊佐信教、池田勝正，無家可歸的朝倉義景不出意外的兵敗被殺。
三好義繼仗著靠近木津川的優勢，帶著萬餘殘部拚命的向澱川靠攏，憑著淡路水軍參與的內河水軍眾接應，還就真的讓他給逃脫出去，不過逃脫總是要付出代價的，斷後的人選被三好家一門眾一致投給鬆永久秀與鬆永久通父子。
這父子倆被織田信長派來作為與力，時常在三好義繼麵前拿捏腔調，若不是畏懼織田信長財雄勢大兵精糧足，他早就把這可惡的兩父子給清理掉，這次逃跑很顯然不需要這個吃裏爬外的家夥跟隨，於是這父子倆就帶著本部的三千殘部留在木津川“斷後”，他們倆所要麵對的是來勢洶洶的本莊秀綱，這對父子到死的那一刻都沒來得及提出自己的降服代價。
三好義繼短暫的逃脫並不會給他想要的逃出生天，澱川出海口早就被東軍掌握在手裏，攝津國原本也已經被東軍控製著，即便此刻東軍離開攝津放鬆掌控力，可當地的國人領主又怎麼會聽從這群敗兵的指揮，果然剛逃入攝津國沒幾天，就被攝津國人設計擒下扭送到陣前。
二十餘萬大軍圍困京都，嚇的京都城內的町民攜家帶口的往城外避難，織田信長隻得帶著八千軍勢封鎖大內裏及左京，為的是防止京都的天皇與公卿們轉投城外的東軍帳下，他的這一做法激起朝廷上下的激烈反對，隻可惜他們的反對和風評已經影響不到織田信長了。
當天傍晚，東軍從京都七口攻入城內，織田信長下令丹羽長秀、明智光秀各率三千軍勢抵擋，而織田信長本人則帶著兩千本陣離開本能寺，進入二條禦所挾持足利義昭做負隅頑抗，看著丹羽長秀與明智光秀在分別向南北兩個方向離去，織田信長能夠暫時放下信眾的憂慮，回到二條禦所裏進餐。
這是二條禦所很普通的一頓晚餐，一碗白米，一疊醃蘿卜，一條魚，還有一碗味噌湯，廚師們還別出心裁的準備楊梅數粒作為佐餐食物，織田信長叫嚷道：“有宴豈能無酒，餘知道禦所裏準備了清酒！拿出來吧！”
織田信長有滋有味的喝著酒品著菜，足利義昭卻自始至終沉默不語，直到宴會臨近結束的時候，才問道：“織田宰相殿！我們還有翻盤的希望嗎？”
“公方殿下以為呢？我信長今天可是飽食一頓，明日若死去也無憾了！”織田信長沒有再看足利義昭絕望的眼神，一如既往的大步的走出房間。
當天入夜時分，二條禦所裏燈火通明，禦所外隱約可以聽到痛苦的呻吟和鐵炮的聲響，織田信長在禦所裏拿著手鼓跳起著名的《敦盛》，濃姬親自為他彈奏三味線助興，一群妾侍子女嚶嚶的哭泣著。
“人間五十年與天地相比……”織田信長被哭煩了，嗬斥道：“哭哭啼啼有何用處！既然此身注定赴黃泉，那就坦然一些勇敢的麵對吧！”
一場奏樂持續二更方歇，織田信長還特意沐浴更衣，摟著多年沒有臨幸的夫人濃姬安穩的睡下，這一覺無夢一解多日來寢食難安的苦症，隻可惜睡到半夜三更時分，禦所內忽然傳來一陣喊殺聲把他給吵醒了。
織田信長悚然一驚，立刻坐起來喝問道：“東軍攻進來了嗎？這可是兩千軍勢把守的二條禦所，東軍到底是怎麼攻進來的，又左何在？”
“主公，不好了！是桔梗旗印，明智日向守率領東軍殺入禦所裏來了！”
織田信長大驚失色：“原來是光秀嗎？竟會在這個時候帶領東軍殺入二條禦所……”
得知明智光秀率軍反叛，織田信長立刻披上衣衫手持弓矢殺出房間，此刻漆黑的禦所裏四處是熊熊燃燒的火焰，在烈火的照耀下音樂可以看到木瓜紋旗與桔梗紋旗糾纏在一起，遠處還有源源不斷的白旗飛速趕來，那是東軍的主力。
織田信長親率小姓眾死戰，所過之處大呼道：“請諸君奮戰到底！為了武士尊嚴也絕不能後退！”
前田利家聞聲大驚，急忙呼喊道：“主公快走！”
“砰！”的一聲，不知從哪裏噴射出的鐵炮擊中前田利家的後背，這位勇猛的織田軍大將便中槍倒地，周圍武士救之不及隻得咬牙切齒的衝向明智軍，他們是如此的痛恨明智光秀，沒有他的變節和惡毒行為，織田家或許還有一線生機，而眼下的局勢顯然不會有任何生還的機會。
織田信長穿著白色單衣手持弓箭迎敵，他的箭術水平相當可觀，即便是黑夜裏光線不足，相隔三十步開外依然十中七八，身邊的小姓背著兩壺箭矢供他使用，才一會兒功夫就被他把一壺箭矢用光，倒在他箭下的武士已經超過十餘人。
待第二壺箭矢還剩下兩三根羽箭之時，強韌的弓弦終究吃不住蠻力而崩斷，而此刻東軍的武士依然闖入禦所中心區域，附近的織田軍死傷殆盡，小姓們持刀衝過去阻擋，三兩下就被東軍的武士殺的一幹二淨，為首那白甲大將殺氣騰騰威風凜凜，讓見者無不為之側目讚歎。
織田信長大笑道：“好本事！來著何人！我信長不斬無名之將！”
“越後武士柿崎義家是也！”
織田信長聞言一愣旋即大笑一聲，隨手取出一杆去鞘的十文字槍，持槍躍下回廊與柿崎義家廝殺起來，左右的武士還欲趕來馳援卻被一聲嗬斥止住，轉身一看四麵白旗湧入城內，隻見一名身著金甲的高大武士緩緩走進來。
“參見主上！”明智光秀連忙見禮，明智軍諸將士也隨之跪伏於地。
“諸君免禮！”源義時目不轉睛的盯著場上的戰鬥，隻見織田信長與柿崎義家惡鬥七八合竟然不落下風，隻可惜他的槍法路數被年輕的柿崎義家一旦適應便不複神奇之處，十合一過峰回路轉變成織田信長節節敗退，每一槍格擋都是險象環生。
戰到十五合，柿崎義家突然發力，手中的澤瀉大槍陡然加速三分，轉眼間刺中織田信長的腹部，劇痛使他丟下手中的十文字槍，捂著受傷的小腹緩緩向房間裏退卻，此刻房間裏濃姬驚慌的走出來扶住受傷的夫君，用一種哀求的目光望著源義時，她雖然沒見過阿犬和阿市的夫君，可是那麵足利上総三郎義時的旗幟還是認識的。
源義時搖頭說道：“傳令下去，女眷可以走，兄弟子嗣不可以走，家臣小姓更不能走！”