一向一揆下狠心要奪取水尾山城，甚至不惜放棄其他幾座城堡的攻擊，就是要拿下水尾山城全殲守軍，按照光德寺乘賢的理論，隻要殲滅水尾山城的守軍，其他幾座小城根本不足為懼，失去保護的鬆倉城也能夠頃刻之間奪下。
不得不說他的看法是正確的，水尾山城聚集著守軍的六成主力，當六萬大軍一門心思猛攻水尾山城，而且這座山城的大手門早已被打破，守城就變成一個極為艱巨的任務。
一向一揆軍攻的很急，越中坊官全部披掛上陣，在手持步楯的足輕掩護下向三之丸發起進攻，三之丸依然是一道石塀外有土堀內置箭櫓，幾道虎口被三日月堀的複雜構造給輕鬆擋住，想越過三日月堀不但需要填土還需要挖土，這個工作量對於時間不足的一向一揆軍來說幾乎是不可能完成的。
守軍的主力屯駐在幾道虎口內，把這裏打造成一個無法逾越的鴻溝，狹長的步道僅供兩個人並排通行，周圍密布著如利劍高聳的箭櫓，一向一揆軍試著派出幾隊足輕衝進去沒堅持一刻鍾就全軍覆沒，他們很明智的放棄繼續強攻虎口的打算，轉為強行填平堀切翻牆闖入三之丸。
山本時幸站在天守閣的露台上側身眺望城下的籠城戰，時而響起的鐵炮聲讓他的眉頭緊緊皺起，舊式鐵炮雖然有這樣那樣的問題，但是在無風幹燥的天氣射殺二十米以內的無甲敵軍還是毫無問題的，城內守軍的大量傷亡基本都來自鐵炮的齊射擊殺，隻需要二十支鐵炮一起集火就足以對箭櫓裏的弓箭足輕造成傷害，這樣持續十幾個輪次，箭櫓上基本站不住人。
守軍的應對之法很有趣，幹脆把竹束扛到箭櫓上當作防禦搶，六七紮厚厚的竹束之間有兩三道僅供射擊的狹小縫隙，這樣的應對就讓舊式鐵炮完全失去作用，對於鐵炮足輕來說命中率就像天邊的浮雲不可捉摸，偶爾僥幸打中縫隙中的弓箭足輕，就像中大獎那樣可一而不可再。
填土的隊伍運作的非常快，僅用一天的功夫就在犧牲幾百條性命後填出一條翻越石塀的通道，闖進三之丸的少數一向一揆武士立刻遭到大群弓箭足輕的集火，還沒跑出幾步就被射成人形刺蝟。
陸續翻過城牆的足輕越來越多，城內守軍又一次祭出新的戰術，準備已久的油料用陶罐擲向闖入三之丸的一揆軍，破損的油罐飛濺的全身都是油汙，弓箭足輕換上準備已久的火箭對著油料齊射，一簇簇火焰憑空點燃，火人們掙紮著翻滾著，撕扯著身上的胴丸鎧甲試圖把自己解救出來，很快他們化作一灘分辨不清麵目的爛肉。
三天裏，一向一揆軍經曆一次又一次的失敗終於完全掌控三之丸，但三之丸裏兵糧軍械全部被轉移到二之丸裏，守軍在付出幾百條生命之後從容的撤到二之丸繼續堅守，下一步將迎接他們的是二之丸的石塀外有土堀內置箭櫓。
無論填土之法還是鐵炮集火，都沒能給一向一揆軍帶來勝利，秋收已近不但越中國人的強烈要求停止無謂的攻勢，就連加賀一揆內部也頗有怨言，原本說五、七日就能破城，後來完成半個月，再後來變成一個月，最後說秋收前一定攻破，現在秋收要到了什麼都沒撈到，連跟毛都沒有自己就搭進去一萬多條性命，光德寺乘賢背負著巨大的壓力。
經曆持續整整一夜的激烈爭執之後，第二天一大早一向一揆軍內部單方麵宣布撤退的坊官多大數十人，一天的功夫六萬大軍走的隻剩下加賀國殘餘的兩萬兩千人，一個月前拍馬屁拍的最響的越中坊官走的也最堅決，既然你不能給他們帶來利益就理所應當的被拋棄，不管你是誰都一樣。
不是加賀一揆軍不想走，實在是他們聽從總大將超勝寺実照的命令前來助陣，此時若跟著撤退回去也沒辦法交差，人沒走不代表還有繼續戰鬥送死的心，加賀一揆軍的坊官們聯合起來勸說光德寺乘賢及時收手，這次打不破就下次打也是一樣的。
光德寺乘賢再不服氣又能如何？胳膊扭不過大腿，他手裏就百十來個僧兵是親信，還是留在西光寺裏作威作福，真正打仗送死的是那些坊官，最後值得恨恨的瞪了水尾山城一眼，怏怏不樂的率軍撤退。
此時水尾山城就像經曆過一場浩劫，大半敷屋被被破壞的支離破碎，三之丸的石塀被砸出幾道深深的缺口，土堀被填成幾個土堆，戰死者的屍體隨處丟棄，許多屍體上麵爬滿蠅蟲，整條街道彌漫著一股難掩的惡臭。
城內的守軍戰死兩千八百人，剩下的足輕幾乎個個負傷掛彩，戰歿的士兵裏椎名軍與吉良新軍各占一半，吉良新軍死這麼多還是因為頂在第一線承擔最大的傷亡，每三個被鐵炮打死的足輕裏就有兩個是吉良新軍的成員，守的多死的自然也就多。
椎名軍死傷較多的原因是不熟悉吉良家的軍令，發出撤退的信號毫無反應，或者他們開始撤退時行動緩慢造成無謂的損失，這種號令不齊的毛病在初期手忙腳亂讓椎名軍無謂的損失增加很多。
與此同時魚津城的防守戰也成功堅持到最後的勝利，來到魚津城沒多久沼田祐光就明白那兩個命令的特殊含義，勝興寺芸承、神保長職都不是簡單人物，攻城的節奏把握恰到好處，時而用上聲東擊西的策略讓他每天疲於應付根本無力去想什麼出城偷襲。
好在他帶來的四千國人軍與一向一揆有深仇大恨，總體士氣保持的不錯，外加城內原本的守軍以及吉兩市均對海灣和早月川的威懾，堪堪把這場艱難的籠城戰堅持到最後的勝利。
在得知光德寺乘賢領軍撤退的消息後，堵著一口氣非要搶先奪城的勝興寺芸承也鬆了口氣，三萬一向一揆軍圍著一座平城攻擊一個月，損失三千多人最後沒攻下來是有點醜陋，不過比起光德寺乘賢個大草包還是好太多，他可是死了一萬六千多人，即便其中一大半都是普通信眾也不能掩飾他的草包本質。
兩場籠城戰的勝利不能讓他們輕忽大意，重新返回鬆倉城的山本時幸嚴令大軍不可出去收糧，更不可隨意出擊，一向一揆軍想去搶收早月川以西的糧食就讓他們去收，不要去冒生命危險收那一點點糧食。
越中大部分土地因為這場戰爭而荒廢幾個月，田地的主人不是逃荒到鬆倉城就是被擄掠的連褲衩都沒有，最後也被迫選擇加入一向一揆或者繼續逃荒，沒人看顧的農田能出產多少糧食還是個問題，冒風險去搶那點糧食也不太明智。
好在魚津城一線還有糧食可以收一些，不死心的部分一向一揆坊官帶著自家的兵丁，越界侵入魚津城附近試圖搶收糧食，被當地的國人憑借地利的優勢打了幾次埋伏吃了不少虧，想大肆報複又沒有底氣麵對高牆深壘的阻擊，沒有一向宗的大和尚們主持收糧他們也不敢胡亂行動，衝著魚津城吼兩嗓子便匆匆撤退。