曾英削提督銜，貶為順慶總兵，其部下於大海、李茂春也因誣陷反坐，貶為副將，文安之還趁機調整曾英兵馬，給他編額戰兵三千，輔兵一千零八十,鎮守順慶一府。
四川總督王應熊也被文安之記過一次，其督標也被削為三千，原提督王祥同樣貶為總兵，而且是督標總兵，統領四川總督的三千標營，其部駐防播州。
這位原是王應熊家仆的猛將，十幾歲時就能扛起幾百斤的石墩子,能舞起百多斤大刀，號稱小霸王,他年輕時被王應熊送去考了武生，後在四川為軍，屢立戰功，十分勇悍有名，王應熊當初能保遵義不失，就全憑這個舊仆。
弘光時曾授王祥掛征討將軍印，王祥勇悍，但也十分跋扈，完全把遵義當成私人地盤，之前就不怎麼聽經略之令。
這次文安之也是不客氣的把他由提督降為總兵，還是王應熊的標兵，等於兩人才剩下三千戰兵兵額。
要知道，這王祥之前在遵義那就是個軍閥，他到處招兵買馬，甚至招募那些賊匪等，連搖黃賊土暴子都去招攬，他還給招來的這些賊匪、軍頭等授總兵、掛印,麾下號稱三十六掛印總兵官。
掛印總兵在早前，那是隻有公侯伯們才能擔任的重臣大將，雖說明末時不值錢了，但那也是頂級武將名銜，結果王祥自己原是弘光朝的掛印總兵，現在自己私下任命了三十六個總兵，還俱掛印。
這事文安之當然知道，也屢次讓他改過，但沒當回事。
這次文安之直接就把王祥貶為總督標營總兵，他麾下的那些亂七八糟三十六掛印總兵，被文安之全部罷撤，要求解散歸農。
緊接著，文安之也把樊一蘅斥責，記過，並將其督標削為三千，其麾下倚重的大將甘良臣貶去提督銜，降為督標總兵。侯天錫、屠龍、馬應試，皆貶為副將。
忠勇鎮總兵官秦翼明升四川提督，遊擊馬萬春升提標參將，兵額三千，駐宜賓。
原石柱總兵馬萬年改為忠勇鎮總兵，兵額三千，駐石柱。
鬆潘副將朱化龍升為鬆潘總兵，兵額三千，駐鬆潘。
原雲南提督楊展，調為統領五省經略提標營五千人馬，駐奉節。
原忠孝軍的曹勳升建昌鎮總兵官，兵三千，駐建昌。
四川巡按禦史兼五省監軍禦史張岱被文安之授為四川巡撫。
李乾德為雲南巡撫。
範文光仍為貴州總督。
·······
原來川中有幾大主要勢力，分別是總督王應熊和王祥，他們駐遵義。
然後是巡撫馬乾和總兵曾英、於大海、李茂春等，他們在川東一帶。
還有總督樊一蘅，以及總兵甘良甘，副將侯天錫、屠龍、馬應試等，另外還有如範文光、曹勳、楊展、譚弘譚詣譚文等部明軍。
上次的整編，各部都沒有怎麼遵守，如王祥甚至公然私自任命了三十六掛印總兵等。
這次文安之決心借機大力整頓，把最不聽話的巡撫馬乾送去南京，然後削奪諸將的兵額，重劃駐地。
王應熊、王祥諸部，總共保留三千兵馬，駐遵守。
樊一蘅、甘良臣等也隻保留三千兵馬，駐地更是直接劃到昆明，現在四川，屬於客軍。
馬乾被踢出局後，曾英部削減為三千兵，駐防順慶。
原範文光的部將劉道貞和黎神武，則都編為範文光的標營中，隨他調去貴州。
貴州最大軍頭皮熊，這次也隻給了三千兵額，與總督同駐貴陽。
原範文光大將曹勳，升授建昌總兵，楊展和朱化龍原來都是小軍頭，與王應熊樊一蘅馬乾關係一般，之前也較尊奉文安之的命令。
這次也都升職，朱化龍升鬆潘鎮總兵，楊展仍為提督銜，統經略標兵。
一番調整後。
四川實際保留了四鎮省營，分別是鬆潘總兵朱化龍、建昌忠孝鎮總兵曹勳、順慶總兵曾英和石柱忠勇鎮總兵馬萬年，皆是各三千兵。
然後秦翼明的四川提督標營，五千兵。
五省經略文安之的經標，五千，提督楊展統領，
總統秦良玉的統標，五千，總兵秦拱明統領。
四川總督王應熊督標三千，總兵王祥統領。
就剩下這些番號兵額。
樊一蘅是雲南總督，甘良臣是他的督標總兵，他們的三千人在四川屬於客軍，同樣範文光是貴州總督，劉道貞是他的督標總兵，黎神武是副將。
至於皮熊，是貴州提督，三千提標，也屬於客軍。
另外禦營川貴行營五千，駐重慶，這不在地方軍序列。
四川的省營一萬二，加提標五千，總共才剩下一萬七的戰兵，以秦翼明為首。