在司法方麵，香港特別行政區享有獨立的司法權和終審權。特別行政區法院除繼續保持香港原有法律製度和原則對法院審判權所作的限製外，對香港特別行政區所有的案件均有審判權，終審權屬於香港特別行政區終審法院。在中央人民政府協助或授權下，香港特別行政區政府可與外國就司法互助關係作出適當安排。
（2）特別行政區自身行使的特別權力。
香港特別行政區不實行社會主義製度和政策，保持原有的資本主義製度和生活方式，50年不變。這是迄今為止，隻有香港才享有的特殊自治權力。
香港特別行政區政府與中央所屬各部門之間，沒有隸屬關係。內地從中央到地方各級政府機關，都不得幹預香港特別行政區依《基本法》自行管理的事務。例如，國家公安部不領導香港特別行政區的警務處；國家海關總署也不能管理香港特別行政區的海關。香港的教育、科技、文化、體育等方麵的民間團體和宗教組織，同內地相應的組織和團體，也互不隸屬，互不幹涉，隻能是互相尊重的關係。
香港特別行政區政府有權審議中央各部門、各省、市、自治區在香港設立的機構。1997年香港回歸之後，中央各部門，各省、市、自治區需在香港設立機構，須征得香港特別行政區政府同意並經中央人民政府批準。如果香港特別行政區政府不同意，中央不批準，任何部門都不能在香港設立機構或派人駐港。
香港特別行政區在經濟方麵保持財政獨立，實行獨立的稅收製度，不實行外彙管理政策，保持自由港地位，實行自由貿易政策，還可以“中國香港”的名義參加《關稅和貿易總協定》、關於國際紡織品貿易安排等有關國際組織和國際貿易協定，包括優惠貿易安排。香港特別行政區所取得的和以前取得仍繼續有效的出口配額、關稅優惠和達成的其他類似安排，全由香港特別行政區享有。
香港特別行政區政府對進入香港的人口實行嚴格限製。《基本法》規定：“中國其他地區的人進入香港特別行政區須辦理批準手續，其中進入香港特別行政區定居的人數由中央人民政府主管部門征求香港特別行政區政府的意見後確定。”香港雖是自由港，但一直實行入境管製，以控製境內人口。1997年回歸祖國後，內地人去香港仍有嚴格限製。但考慮到1997年中國恢複對香港的主權後，必然會有很多人要求去香港參觀，有關部門將有計劃地增加一些去香港的參觀旅遊團，由旅行社進行組織。
（2）香港特別行政區享有的其他特別權力。
在使用語文方麵，《基本法》規定：“香港特別行政區的行政機關、立法機關和司法機關，除使用中文外，還可使用英文，英文也是正式語文。”這既是對曆史和現實狀況的尊重，也是香港特別行政區的一項特別權力。
在懸掛標誌方麵，《基本法》規定：“香港特別行政區的行政機關、立法機關和司法機關，除使用中文外，還可使用香港特別行政區區旗和區徽。香港特別行政區的區旗是五星花蕊的紫荊花紅旗。香港特別行政區的區徽，中間是五星花蕊的紫荊花，周圍寫有‘中華人民共和國香港特別行政區’和英文‘香港’。”這是香港特別行政區有別於內地各省、市、自治區的又一特殊權力。香港特別行政區使用區旗、區徽，既是“一國兩製”、“高度自治”的體現，又是香港特別行政區對外交往的需要。香港回歸祖國後，自行處理的對外經濟事務十分廣泛，沒有區旗、區徽，會帶來許多不便。區旗為紅旗，代表社會主義祖國，白色紫荊花代表香港，其旗麵寓意為香港是祖國不可分離的一部分，香港將在祖國懷抱中興旺發達。花蕊上的五星象征香港同胞熱愛祖國，心向祖國。花、旗分別采用紅、白不同顏色，象征“一國兩製”。區徽的寓意與區旗相同。
總之，《基本法》規定的香港特別行政區與中央政府的關係，既體現了香港回歸祖國，中國恢複對香港行使主權，又體現了香港特別行政區在“一國兩製”的構想下的高度的自治權力。香港特別行政區作為中央人民政府直轄的行政區，又具有保持穩定繁榮的自治權力，必然更加發揮其世界大都會的作用。