呂惠卿卻沒想到自己這番話，在神宗心中產生了一連串的反應。首先是不悅，他批準王安石的辭官，實屬無奈之舉，麵對王安石堅定的態度，他無法挽留，再加之皇奶奶和母後的勸說，認為王安石樹敵太多，不利於新法推行，他便隻得暫時放王安石離京，是權宜之計。誰料呂惠卿竟是虎狼之輩，一上位來，便用雷霆手段連鏟數人，速度之快，手段之狠，讓他大為吃驚，對待呂惠卿，便逐漸防備起來。其次是不安，呂惠卿這樣的手段，究竟對新法的推行是不是有利，這幾個月來，他無時無刻不在思考這個問題。今日聽得呂惠卿一番話，他突然醒悟過來，才發現呂惠卿的瘋狂，竟已經將整個局勢扭轉了過去，讓整個朝廷陪他冒險，這讓他感到深深的不安。最後便是濃濃的思念，他思念王安石在朝時的情景，那時的他心中是如此的堅定，王安石當政的朝廷，沒有陰謀詭計，有的隻是一心為民造福百姓的誌向，眼看著呂惠卿漸漸增長起來的勢力逐漸不好控製，他這一刻，一心想要王安石回京，當即修書一封，加急送往江寧，力勸王安石複位。
經過幾個月的休養，王安石的身體也漸漸恢複，整日過著閑雲野鶴般的生活，但對天下蒼生，還是掛念著的。對皇帝的怨恨，漸漸也減少了，收到神宗的書信，言辭懇切，直言朝廷已經到了一個很危險的地步，呂惠卿把新法拖到懸崖的邊上。王安石心中大為悲痛，新法是他畢生的心血，絕不能如此敗壞，當即收拾行囊，日夜兼程，不出七日，便抵達開封。
很快，王安石複相，舉朝震驚，呂惠卿審時度勢，立馬又變了嘴臉，衝到王安石麵前去表忠心，安心處在王安石之下，做著他的二把手，但兩人之間的感情，早已不複當初。
王安石不計較個人恩怨，不代表別人也不計較，王雱向來就害怕呂惠卿的野心，對他無法信任，這次呂惠卿的背叛，更是讓他對其充滿了敵意。他知道父親一心為天下，此時不計前嫌重新接納呂惠卿，他心中卻過不了這個坎。眼看著父親與呂惠卿又越走越近，他看著呂惠卿虛偽的嘴臉，實在忍不住了，便聯合眾人，彈劾呂惠卿。
消息傳到王安石耳朵裏，讓他大為震怒，這樣公然彈劾，與之前呂惠卿所做之事有何區別？雖然他清楚此次回京，早已不同之前，他身邊已經沒有多少人可以信任，呂惠卿表麵上雖對他言聽計從，背地裏卻有著另一派做法。隻是眼下正是推行新法一致對外的時候，他絕不會選擇窩裏鬥，王雱這樣魯莽的行動，讓他惱怒。他當即便衝到王雱院中，將其狠狠數落一番，王雱心高氣傲，當即便深受打擊病倒，從此，再也沒有爬起來過。熙寧九年（1076），王雱病逝，給了王安石致命的一擊。
此番複相，時移世易，王安石早就有力不從心之感，眼下愛子的離世讓他一下子無法接受。他想著因為變法，自己這些年來遭受了多少背叛，失去了多少親人、朋友，突然感到前所未有的厭倦。眼下政局太平，他再次萌生了強烈的退意。遼國虎視眈眈，神宗因為嚴重的恐遼情緒毅然割地，不聽勸誡，他感到一種徹頭徹尾的無力感。熙寧九年十月，他第二次罷相，去意堅決，再次回到故鄉金陵江寧府。
這是一次真正意義上的隱退，王安石此時已經和尋常老人沒什麼兩樣，他不再是那個權傾天下的首相，不再是那個指點江山的變法領袖，但依舊是那個心懷天下的人，他的時代已經過去，他心滿意足，回歸田林。
元祐元年（1086），王安石病重，彌留之際，他回想自己的一生，了無遺憾，終其一生，他都在為百姓做事。在他執政的時候，國庫充裕，政令更新，民生改善，軍隊強大，熙河收複……他感到深深的欣慰。他這一生，雖然碰到很多困難和陷害，但擁有一個心愛的女子，一位賢惠的妻子，幾個可愛的子女；擁有一個支持他、信任他的皇帝；同時也擁有一些真心實意的朋友。呂惠卿雖背叛他，終究也曾是一個很好的戰友。他沒有怨恨，感到由衷的幸福，就在這種安詳的氛圍中，閉上了他的雙眼。
消息傳來，神宗悲痛欲絕，淚眼婆娑間，他仿佛看到那個熟悉的背影，王安石孑然一身，朝百姓中走去，微笑著和每一個人打招呼，越走越遠，最終消失不見。他明白，王安石的時代已經過去，剩下的路，要靠他自己一個人走下去……