衛所自己耕種的糧食，大部份入衛所倉庫成了衛所的軍糧，部份則發給軍戶成為他們的口糧。當年朱元璋曾經很得意的說過，吾養百萬兵，不費國家一粒糧。
不過到了後期，衛所腐敗，屯田多被軍官們侵占，軍戶淪為軍官佃農，武備不修，戰力不堪。最終朝廷不得不在邊地實行營兵製。從衛所或者地方上招募青壯從軍，守衛邊疆。如此一來，就得給軍餉。
邊軍營兵的軍餉並不高，大約在每月一兩左右，但邊軍的軍餉並不隻有薪水，他們的軍餉由薪水、月糧、行糧、賞賜四大部份組成。除了拿工資，還有口糧，一旦要出兵，還得另發一份行糧，並且多數情況下，還得有開拔銀子，一打仗，往往還會有賞賜，以鼓舞士氣。
邊軍如果隻是駐守，那麼花費還少些，一旦要出兵打仗，甚至是遠距離的援遼、或者是勤王或者是南下平叛，那就會大大增加開支，許多邊軍就因為出征之時得不到糧餉的支付，就在外嘩兵、兵亂，直接打回老家去。
在崇禎時，衛所製已經完全崩潰，基本上沒什麼作用了。邊軍全靠招募士兵作戰，邊軍的士兵後來也基本分為三類，本鎮者為主兵，其它鎮來援者為客兵，還有招募的本地民壯為土兵。
一開始是主兵不支行糧，客兵不支月糧，但到後來，戰事頻繁，為鼓舞士氣是月行並支，還要加鹽菜銀。
當初朝廷耗費最大的就是這些客兵，客兵軍餉三倍於主兵。
崇禎去世前整編兵馬，全麵裁撤了衛所，編練新軍，招募士卒，也不再有主兵客兵之分，甚至軍餉也不再有行糧、月糧、鹽菜、草料、薪水等等各種，而是統一折色以銀元發放。
原來邊軍薪水本色相折，大約在二兩左右。兵頭軍官要高些，京畿兵馬糧餉也較高。整頓之後，各鎮兵馬的薪水分為三等，遼東、遼西、京畿的十一個鎮和北洋水師列第一等，平均每兵本色相折後，是五塊銀元，山西、陝西、山東三大軍區九鎮，做為邊軍列第二等，每兵平均每月本色相折是四塊銀元。
然後是其它各鎮兵馬，每兵每月本色相折三塊銀元。
雖說當初定的是本色相折，軍中供應夥食，不再發行糧、月糧、鹽菜錢等，也統一發銀元，不再折色，但賞賜、撫恤這些還是要算的，另外馬騾供養，軍械補充等也要不少錢。
但是。
再怎麼花費，也是有限的。尤其是京畿和五大軍區去年到今年，都一年多沒打仗了，沒打仗軍費自然就不會太多，隻是基本的糧餉開支而已。
劉鈞都不用腦袋，隻需要拿腳算，他都算不出，僅僅是四個月的欠餉，京畿就有了八百多萬塊的軍費積欠。
就算全按第一等的軍餉算，每兵每月五塊，京畿九鎮，二十七萬人，才一百三十五萬塊餉銀，就算十八萬匹加上馬騾，也不會超過百萬。
全加起來，頂多二百萬左右，兵部卻報了個八百多萬。
何況，劉鈞早已經對京畿九鎮摸了個底，說是九鎮都滿編，實際上九鎮就是原來的三大營基本上加了一些其它鎮抽來的兵整編成的。
而京營早就腐爛不堪了，清軍幾次入關，京營連京師都守不住，還靠邊軍勤王。京營的兵許多都是有名無實，名額上是滿編，實際上軍官們吃了很大一部份空餉，然後剩下的那些，還有好多是注名支糧，買人雇役，什麼意思呢？
就是花錢買通軍官，然後就可以在花名冊上登記個名字，然後每月領薪水月糧，但實際上，根本就不支操練，也不值守。遇到要操練檢閱的時候，就花錢到大街上雇傭個閑人或者叫花子什麼的，送去營裏代他糊弄。
空額加上這些注名的就占了大半，剩下京軍中，也有大部份的老弱，他們什麼都幹不了，就是混吃等死的。再剩下部份，則都是被京城的各皇親國戚、勳貴大臣們招去看門、護衛，或者直接拉去做工去了。