另外，不同的變速箱油對於變速箱的性能也會帶來不同的影響。一般來說，手動變速箱的潤滑油粘度較高，因為它需要較好的吸附性。但粘度過高的潤滑油會加大變速箱中部件的運轉阻力，因此選用粘度更稀的潤滑油有利於降低這些阻力。因此兩者時矛盾的，但高品質的全合成齒輪油能做到兩者性能的兼顧。
“打齒”是毀壞變速箱的舉動，我們要盡可能的避免掛擋時打齒。在車輛行駛進行換擋時，有時會聽見哢哢的打齒聲，這種聲音主要來自於同步器環兩邊的棘齒與斜齒內側的直齒在咬合時發出的金屬撞擊聲，如果長期發生頻繁的打齒現象，就會損傷同步器環上的棘齒。很多人換擋的時候圖省事，離合器還沒有踩到底就掛擋，這樣會導致離合器分離不徹底，也就是一軸與發動機動力之間切斷得不徹底。
變速箱內的同步器環損壞，也會造成打齒。在同步器上有錐麵的磨擦片，它的原理有些類似於膜片式離合器，都是靠金屬片與金屬片之間的滑動磨擦來達到轉速的同步、如果錐麵磨擦片損壞，或者錐麵本身的性能不佳，都會使升擋或減擋過程中，齒輪間形成比較大的轉速差，由於缺少金屬磨擦片的柔性連接，而造成打齒。當出現輕微打齒時我們可以在入擋前稍停頓一下，讓同步器有一個反應的時間，以減少齒輪間的轉速差，但出現比較頻繁的打齒，或打齒聲比較大時我們就要到維修站檢查了。
未將車停穩就直接掛倒擋，同樣會造成打齒。大多數車型的倒擋是沒有同步器的，擋位與擋位之間通過直齒切換。當我們日常掛倒擋時，通常會把車停穩後再掛，當我們踩下離合器以後，一軸會與發動機動力斷開，之前本身一軸的轉速就很低，斷開後一軸會很快停止轉動，而此時二軸是靜止的，因此這時輸入軸與輸出軸之間沒有轉速差，這樣才能比較容易的掛入倒擋，也不會出現打齒聲。
日常駕駛中有許多駕駛者的不正確操作，也會對變速箱造成不必要的損壞，我們要做到了解變速箱，善待變速箱，這樣變速箱才能更好更久的為我們服務。比如我們在不需要換擋時手卻扶在排擋杆上，長此以往，手部的壓力通過變速杆撥叉傳遞到變速箱內的齒輪上，這樣會造成齒輪磨損。還有在駕校學車時師傅要求對沒有同步器的車，減擋時要轟一腳油，以提高輸入軸的轉速，減少輸入軸和輸出軸之間的轉速差，這樣可以換擋更容易，避免打齒發生。