（二）村民自治中存在的問題
村民自治製度在我國實施的時間不長，是一種正在成長中的新製度。它在具體實施時，與國家的行政管理體製存在一定程度上的張力，並受到原有的政治習慣及傳統文化的影響，從而在社會主義市場經濟條件下出現了一些問題。主要表現在以下五個方麵：
1.我國村民自治發展具有不平衡性，總體發展水平較低。目前，雖然全國大部分省市基本上都推行了村民自治，但是因各地的實際情況不同，發展狀況參差不齊，總體發展水平也比較低。有的地方隻是停留在形式上而無實際內容，農民缺乏參與的熱情。另一方麵，仍然有華南幾省沒有製定實施《村民委員會組織法》的地方法規，沒有按照《村民委員會組織法》的要求認真推行這項製度。
2.存在村民自治中製度創新的需求和國家製度供給不足間的矛盾。村民自治，在一定程度上是農民自發進行的探索和創新。在這一過程中，雖然也有政府行為的介入和國家宏觀政治環境的締造，但國家行為更多地集中在對成熟的製度安排予以法律確認，是一種被動的行為。村民自治的發展不僅需要自下而上的製度訴求，更需要國家自上而下的製度供給。但是，國家掌握著製度創新必不可少的製度資源，如憲法秩序、權力、權威和組織等，而且擁有進行製度創新的現實能力與技術手段。但現階段國家實行的是漸進式改革，把經濟體製創新作為突破口，相應的在農村中的製度供給重點也集中於經濟方麵，而作為促進農村基層民主政治發展的村民自治的製度供給卻相當薄弱。雖然目前已經基本建立了村民自治和基層民主的法律製度體係，但在法律法規的內容和形式等方麵，均有不完備之處。法律法規的內容還比較抽象，不便操作，有些很好的經驗還沒有被總結並上升為法律法規；有關村委會選舉的專門法規、規章還不健全，等等。這些問題的存在不利於提高村民自治和基層民主的發展水平。
然而，隨著農村社會體製改革和農村社會的日趨成熟，農村村民自治發展過程中出現的製度創新需求日益強烈。就目前實際而言，農民自發進行的體製方麵的探索和創新已經不能滿足村民自治的需要，而國家對農村製度創新的社會資源的直接控製，又使農村自發的創新能力受到了限製。在這種情況下，在進行村民自治的體製創新的同時保持農村社會的穩定，是一個仍然需要深人研究的課題。
3.政府的指導和促進工作缺乏力度。這方麵普遍存在的問題是人力和經費的支持不夠。許多地方政府的民政部門沒有專人負責這項工作，而更多的地方是缺乏專項的財政經費，影響了政府指導工作的正常進行。同時，在一些地方，指導村民自治工作的一些政府官員缺乏必要的專業知識、技能和經驗，給政府的指導工作也帶來了不利影響。另外，在實踐中，村民委員會與黨支部的關係，村民委員會與集體經濟組織的關係、村民委員會與鄉鎮政府的關係，還有不相協調、不相適應的問題，有待進一步研究解決。
4.鄉鎮政府管理與村民自治銜接不暢。鄉鎮政府是國家在農村地方的基層政權，對本轄區事務行使國家行政管理職能。鄉鎮以下的村建立村民自治組織，在黨和政府領導下，自主地管理基層社會事務。這樣，在現階段農村社會，管理體製中便存在兩種相對獨立的權力；自上而下的國家政權和村民自治權。這兩種權力在運作中存在一種此消彼長的博弈關係。當代表國家權力的鄉鎮政府和與村民發生利益衝突時，村委會往往處於進退兩難的境地，鄉鎮政府和村民委員會之間的協作就會出現問題。而且，在管理的權限和職責上，兩級管理機構之間也經常出現模糊的現象。從實踐情況來看，村委會更多的是以鄉鎮政府的代理機構身份運作，即村委會被國家權力行政化了。
5.村黨組織與村民自治組織之間的協調問題。村黨組織是中國共產黨在農村的基層組織，承擔著對農村社區的政治領導職能，它的領導核心地位是曆史形成的，是憲法規定的。而村民委員會是村民的自治性組織，其權力來源於本村村民的授權。盡管兩者的關係是明確的，但在實際運作中，村黨組織行使領導權和村委會行使自治權難免會出現意見分歧，使得兩者的矛盾在所難免。從實際情況來看，大多數村黨支部都處於強勢地位，黨支部與村委會合二為一以及村委會主任作為黨支部書記的助手兩種情況比較多見。這表明，村委會的自治功能在與鄉鎮政府和村黨支部的互動中很難得到實現。