雖然世界各國每年為各種名目繁多的指數投入了極大的財力和物力，傾注了極大的熱情和精力，然而經濟學大師馬歇爾在其專著《貨幣、信用與商業》中卻為此提出警告：“人們當前往往非常大膽地利用指數作一些極為重要的估算和計算”，如果將物價指數用於不適當的目的，“我們從可靠的指數中獲得的東西，也許比僅僅根據常識，根據眾所周知的事實獲得的東西更不可靠。”如今看來，這句在一個世紀以前提出的忠告仍然具有很強的啟發性。
其實，真正能夠反應經濟全貌的物價指數隻存在於概念之中，各種各樣的指數對經濟運行情況的反映並不真實，並不是經濟運行的“真值”。指數中人為的“痕跡”太明顯，使這些指數無論在理論上還是實踐中，一些梳理不清的問題始終在困擾著經濟學家與統計學家們。
首先，指數統計過程中存在著樣本與總體之間的矛盾。考慮到采集樣本的成本，任何指數的編製都隻能采用抽樣的辦法，就是用少量的商品來代表所有的商品。在我國國民經濟統計中，統計的工業部門隻有37大門類，而“工業品出廠價格指數”僅統計其中的9個類別；居民消費價格指數於2001年進行了修訂，擴充了統計範圍，將與人們生活關係越來越密切的服務類費用也計入價格指數，共統計8大類13小類的商品和服務項目，統計的範圍從原來的325種商品增加到550種商品和消費。這是兩種統計範圍最大、應用範圍最廣的價格指數的統計，但是也僅是成千上萬種商品的一小部分而已。以如此之小的樣本來代表浩如煙海的商品總體，其準確程度可想而知。
其次，新商品層出不窮也是物價指數研究中遇到的另一個難題。隨著現代科學技術的飛速進步，消費者需求偏好的千差萬別，在物價指數的報告期統計的商品，基期可能已經不存在了；基期存在的商品，有一些在報告期則退出市場。新商品的出現與原有商品的退出，使基期和報告期的商品種類、商品價格出現“真空”，導致物價指數統計出現難以解決的問題。以手機為例：2000年我國手機消費熱潮尚未啟動，因而手機價格的因素並未列入居民消費價格指數的統計之中。曆經5年的發展，我國已經成為世界第一手機生產和消費大國，而且，手機的種類與功能較2000年而言也有了根本性的變化，而手機價格因素卻仍然被排除在消費者價格指數統計之外，這就難免有失偏頗了。
第三，商品消費結構變化也導致物價指數統計的困難。商品消費結構的變化有兩個方麵：一是供給方麵，如技術進步帶來的產品真實成本的改變，這也包括由於擴展新的市場帶來的規模效應使成本降低；一是需求方麵，消費者收入或者偏好的改變、因從眾行為而導致“流行趨勢”的變化、國家經濟政策的調整等都可能影響商品消費結構的變化。商品消費結構的變化使得不同商品在支出中的比例發生改變，而統計過程中的權數卻不能隨之進行及時的調整。這一方麵最典型的例子是恩格爾係數的變化，隨著收入的提高，恩格爾係數不斷下降，食物在人們消費支出中的比例不斷減少，糧食價格水平對價格水平的影響力也相應下降。從2001年我國采用國際通用做法，逐月編製並公布以2000年價格水平為基期的居民消費價格算起，2000年至2009年，我國農村居民家庭恩格爾係數從49.1%下降至43%，城市居民家庭恩格爾係數從39.4%下降至37%，降幅分別達到12.4%和6.1%，總體上已經進入小康居民消費階段。在商品結構差異較大的情況下，結構的變化對物價指數的的影響也是極大的。
還有，物價指數加總問題的理論基石並不牢固。加總問題是現代主流經濟學遇到的一個不可逾越的難題。所謂的加總問題是指從微觀經濟個體（如廠商、個人等）行為結果通過直接的或間接的方法得出宏觀經濟總量。而新古典經濟學已經證明，無法得出一個標準的同質總量進行加總。討論這個問題將涉及極為複雜而深奧的經濟學理論，在此筆者用一個簡單的例子予以說明。比如，一個普通的修鞋工1小時可以修5雙鞋，賺20元錢，而一個電影明星拍一小時的代言廣告可以獲得多高達7位數的收益，將這兩種截然不同的商品和勞務簡單地相加，勢必得到一個含混不清的綜合體，其實際意義並不顯著。
由此我們可以清楚地看到，物價指數無論在統計過程中還是在使用過程中都存在著很多無法解決的難題。然而長期以來，人們對物價指數無比熱衷，人們往往忽略了編製物價指數遇到的這些困擾，仍然津津樂道地將其為我所用。因為人們根本無法反映經濟運行的“真值”，那麼在這種情況下我們也隻能勉為其難了。