直隸：穀鍾秀
奉天：吳景濂
河南：李，陳景南 丁廷謇 張啟與 李載賡
山東：史澤鹹 於洪起 陳命官 彭占元 劉星楠
山西：李 素 劉懋賞
陝西：趙世鈺
湖南：彭允彝 劉 彥 歐陽振聲 覃 振
湖北：田 桐 劉道仁 胡秉柯 歐陽啟勳
安徽：胡紹斌 常恒芳 淩 毅
江蘇：楊廷棟 陳陶怡 淩文淵
江西：文 群 湯 漪 王有蘭
浙江：王正廷 殷汝驪 黃 群
福建：林 森 潘祖彝
廣東：錢樹芬 金 章 趙士北
廣西：鄧家彥 曾 彥 劉 崛
四川：黃樹中 李肇甫 熊成章
雲南：張耀曾 席聘臣 殷宇清
貴州：文崇高 平 剛
議長：林森；副議長：王正廷。審議長：李肇甫。外交審查長暫未舉。審查員劉彥、錢樹芬、劉星楠、吳景濂。請願審查長暫未舉，審查員李，劉懋賞、鄧家彥、曾彥、劉崛。法律審查長王正廷，審查員王有蘭、彭允彝、穀鍾秀、趙士北、平剛、湯漪、熊成章、張耀曾。財政審查長潘祖彝，審查員李肇甫、歐陽振聲、文群、殷汝驪、席聘臣、黃樹中。再參議院法已由本院議決谘送，其第四章第二十六條載任委員分設法製、財政、庶政、請願、懲罰五部。各提任審查本部事件雲雲。此次所開尚係院法未經議決以前暫時規定，應俟本院移至北京後再行查照院法分部另舉，合並聲明。元年四月初六日等語。儀。虞。印。
袁不肯把陸軍總長一職給黃興，可是卻又不能不予黃興有一安頓，因為當時黃興的聲望，僅次於孫中山。袁遂於3月30日發布命令：“任命黃興為參謀總長。此令。”當時的參謀總長既無人事權，又無指揮權，純粹一個幕僚長，因此黃堅決請辭。其辭職電雲：“袁大總統命以興繼任參謀總長，已複電力辭。至兩江一帶軍隊，維持整理，刻不容緩，興縱懷歸隱之誌，斷不敢置經手未完事宜於不顧，以負我軍界同胞。已商請唐總理妥定辦法，務使南方各軍隊，布置得宜，各安其所。俟布置大定，始行告退，以遂初誌。”南方民軍麇集，如果不妥為安插，確實很難善後，黃興統籌負責，是最理想的人選。不過這個工作吃力不討好，黃興薄參謀總長而選擇一個吃力不討好的工作，這也可見革命黨人勇於任事，不求名利的偉大襟懷。
袁世凱於3月31日任命黃興為南京留守，仍總轄南方各軍。留守府成立後，其組織和人事情況如下：
總參謀長：李書成，秘書長：陳鳳光，軍務處長：張孝準，參謀處長：歐覲文，政務處長：馬良，副官處長：徐少秋，總務處長：何成浚，軍械處長：曾昭文，軍需處長：徐桂亭。
留守府統轄的各單位及其主管是：
軍官學校校長：金永炎，入伍生總隊長：沈靖，四路要塞司令官：官成鯤，憲兵司令：茅7封，軍需學校校長：劉文藻，測量局局長：章煥祺，金陵機器局局長：賓步程，巡警總監：吳忠信，南京府知府：方潛。
4月14日袁世凱頒布《南京留守條例》，留守府直隸大總統，有維持南方各軍和南京方麵的責任。成立留守府的主要目的，在整編和裁撤南方各軍，同時又須顧及和保全革命實力。當時南京駐軍的番號，共有7個軍，26個師、51個旅。號稱30萬人，但編製不一，名號各異，情形非常複雜。一個師的兵力有1000人的，有幾百人的，師長們均自認為革命有功，日日奔走留守府，索餉索械，甚至使用手段勾引他師營連長來歸，下級幹部遂致朝秦暮楚，以士兵為個人資本。
黃興在留守任內編組了一支模範軍“第八師”，欲以這支部隊為革命基幹。第八師由趙恒惕所部和廣西巡防軍合並改組而成，本擬派趙恒惕為師長，因為需要敷衍北方，所以改派馮國璋的女婿陳之驥為第八師師長。
參謀總長一職黃興既堅決不就，袁又欲以之予南京衛戍司令徐紹禎。徐是個好好先生，也表示不就。袁乃請副總統黎元洪兼任，黎雖答應，卻不肯離開武昌，於是黎便在武昌遙領副總統和參謀總長。陳宦則以參謀次長職代行參謀總長職務。
5月1日，參議院改選議長，選吳景濂為議長，湯化龍為副議長。2日，唐紹儀總理率領內閣各部總長列席參議院，報告自己的政見。
唐紹儀以閣揆身份首先致詞。他說：內閣將遵照袁大總統的施政原則――建議從穩健入手，措置以實事為歸。今後施政將分別緩急先後，第一，軍民分治；第二，裁兵，簡練精兵；第三，清朝與各國所簽訂的條約，均將切實遵守；第四，改良法律，建立獨立的司法製度；第五，普及教育；第六，統一幣製，整頓金融；第七，振興實業，發展交通。