男嬰包皮往往較長，很可能會包住龜頭，內側由於經常排尿而濕度較大，容易隱藏髒物，同時還會形成一種白色的物質稱為包皮垢，具有致癌作用。因此，在為嬰兒清洗生殖器時，需要特別注意對此處的清洗。清洗時動作要輕柔，將包皮往上輕推，露出尿道外口，用棉簽蘸清水繞著龜頭做環形擦洗。擦洗幹淨後再將包皮恢複原狀。陰囊與肛門之間的部位叫會陰，這裏也會積聚一些殘留的尿液或是肛門排泄物，也須用棉簽蘸清水擦洗幹淨。
在為女嬰清洗生殖器時要將其陰唇分開，用棉簽蘸清水由上至下輕輕擦洗。在清洗新生嬰兒生殖器時忌用含藥物成分的液體和皂類，以免引起外傷、刺激和過敏反應。