會議精神迅速布置下去。中共北京市委開始向一些大學、中學派工作組。大學工作組成員由中共中央組織部抽調，中學工作組成員由團中央抽調，然後由北京市委統一介紹到各學校。
“文革”中的第一個工作組，是由陳伯達率領的駐人民日報社工作組，5月31日進駐。第二個工作組是以張承先為組長的駐北京大學工作組，6月1日晚進駐。張承先是中共河北省委書記處書記，已準備調任國務院高等教育部副部長，還沒有到職，正好就先去了北京大學。這兩個最早派出的工作組，是劉少奇、周恩來、鄧小平三位中央政治局常委和有關負責同誌商定，並報毛澤東同意的。
自從向北京大學派工作組的消息在報上公布以後，北京許多大學、中學的師生成群結隊湧到中共中央、國務院、北京市委所在地，強烈要求派工作組進校。大多數學校的黨政領導被青年學生衝擊得夠嗆，確實也無法行使領導職能。為使局麵不致失控，中共北京市委在請示中央同意後，從6月5日起加快了派工作組的步伐。全國大部分省、市和一些中央部、委，也紛紛仿效北京市的做法，陸續向本地區、本係統的一些單位派出了工作組。新調任的文化部常務副部長肖望東（原南京軍區第二政委），還主持向國務院文化係統各單位派出了由軍隊幹部組成的工作組，林彪親自批準從解放軍總政治部抽調300名幹部參加這些工作組。
工作組開進學校，竭力組織學生有秩序地參加運動。但被《人民日報》那一篇篇激動人心的社論文章撩撥起來的學生們，怎麼也平靜不下來，誰的話也聽不進去。學校秩序還在滑坡，混亂局麵迅速向社會擴散。
劉少奇、周恩來、鄧小平三位常委經過商量，決定去杭州毛澤東那裏開一個會，研究一下運動的指導方針。
6月9日，三位常委和從北京去開會的人乘一架專機飛抵杭州。
小會在毛澤東住的劉莊賓館開了兩次。出席會議的，除了毛澤東、劉少奇、周恩來、鄧小平和陶鑄，還有根據毛澤東意見增加的陳伯達、汪東興和六個大區的中央局書記李雪峰、宋任窮、劉瀾濤、魏文伯、王任重、李大章，陪同越南勞動黨中央主席胡誌明來杭州的康生，也正好參加。會議完全是務虛性質的漫談，話題換了一個又一個：運動情況，教學改革，提拔年輕人，報紙版麵，點名批判程序，工作組，農村生產，知識分子，民主人士……
工作組問題倒是涉及到了，但沒有形成明確意見。毛澤東隻順便說了一句：“派工作組太快了並不好，沒有準備。不如讓它亂一下，混戰一場，情況清楚了再派。如貴陽師範學院派什麼人去？”
可是，事實上這時大部分工作組已經派出。
常委們回到北京，開始貫徹杭州會議精神。因為周恩來6月15日要出訪羅馬尼亞、阿爾巴尼亞，指導運動的責任現在就落在劉少奇、鄧小平兩個人身上了。
首先是把杭州會議上比較確定的幾件事貫徹下去。一是大學、高中停課半年，集中精力搞文化革命。這是會上定了的。二是關於文化革命的大體安排，這是各級組織都關心的問題。正好中南局、西北局各有一個報告，講對運動的部署意見，在杭州會議上也談過。這兩件事都急，所以劉少奇、鄧小平在6月13日回北京的當天，就以中共中央名義把停課半年的決定和中南局、西北局的文件發了下去。
第二天，劉少奇、鄧小平召開中共中央政治局擴大會議，傳達杭州會議精神。這以後，他們又多次在福祿居會議室或懷仁堂後廳聽取文化革命情況的彙報，研究處理運動中的各種問題，盡力按照杭州會議精神把群眾發動起來，又不使社會陷於混亂。
為了增加感性認識，劉少奇利用夜深人靜，到北京大學校園看了看張貼的大字報。隔了一天，又到清華大學看了一次。
兩個學校的大字報真可稱得上是鋪天蓋地。不但專門搭起來的一排排蘆席棚上貼得滿滿的，就連那些位置稍為適宜的樓牆外麵，也橫七豎八地刷上了大標語。在蒼白的燈光下，各種紅的、黃的、白的、文字的、漫畫的大字報連成一片，被風吹得簌簌作響，形成一種奇特的景觀。
然而，亂批亂鬥的勢頭有增無已。幾乎所有大中學校的一二把手都受到衝擊。許多教授、專家被當作壞人揪出示眾。出身不好的人被稱作“狗崽子”，橫遭歧視、汙辱。抄家、打人、批鬥會成為家常便飯。自殺和打死人的情況時有發生。少數學生同工作組發生對立，且有越來越嚴重之勢。
6月18日上午9點，北京大學一些學生利用工作組集中開會之機，設立“鬥鬼台”“斬妖台”，擅自把40多名所謂的“黑幫”“反動學生”揪來批鬥。學生們給這些人戴上紙糊的高帽子，臉上塗上墨汁，對他們罰跪、扭打、揪頭發、撕衣服，肆意汙辱。現場極為混亂。工作組長張承先聞訊急急趕來，嚴肅批評了這種行為，製止了事態的進一步蔓延。