“六一”大逮捕中被逮捕的有大學教授、中學教員、學生、新聞記者、職員、銀行經理、書店老板、工人、市民、民主人士，其中主要是學生。
這次大逮捕，沙坪壩由重慶市警察局長坐鎮指揮，捕人最多。軍警憲特分三路捕人：
一路，到重大，由警察局沙坪壩分局長率領，憲兵24團小龍坎隊連長協助。他們先以大批武裝軍警把重大學生宿舍包圍，然後由政工人員進入宿舍分發傳單，宣稱：“重慶警備司令部奉命依法集中各校共黨地下分子，請同學協助，請同學安定。”分局長和連長先找校長張洪沅，拿出公函，說明來意，張看了後，通知訓導長侯風、教務長鄭衍芬陪同執行。軍警旋即擅入第一、第三女生宿舍，捕去32人，多為成績優秀而家境較為清寒的三四年級學生。
二路，到四川教育學院，由憲兵24團2營長負責，總共逮捕25人，其中學生15人，訓導處職員1人，其餘9人為家屬。當時川教院要求暫緩撤銷農科各係，加上因為校長問題，上層爭權奪利，學校已癱瘓。當晚，憲警要院方指交的人中，有二人沒捕到。
三路，到中央工職校，由重慶市警察局刑事警察處處長領隊。中央工職校包括中央工業專科學校、中央工業職業學校。當時，工專校長去南京開會，由工職校校長許傳經負責。軍警到達時已深夜，隻包圍了學校，開始行動時天已快破曉。校長許傳經不“合作”，所以，捕三人後，師生驚醒，群情激憤，抗拒逮捕。當刑警處長與許傳經還在交涉時，重大方麵已解除包圍，重大學生紛紛擁到中央工校，把包圍中央工校的軍警反包圍起來。刑警處長向許傳經要人，學生要刑警處長釋放被捕的人，亂成一團。此時，天已大亮，軍警十分著急。突然刑警處技術室主任鳴了一槍，接著刑警處組長也放了一槍，傷了技術室主任後頸，流血不止。隨之，槍聲大作，子彈橫飛，當場六人受傷：吳聖鐸，身中二彈，左臂骨折，胸部受傷；方保衡，腿骨打斷；蘇誌傑，左右兩臂，均被槍彈洞穿；重大技工和附近居民的兩個孩子及一外校來客（曾秋甫）也受傷。刑警處長見勢不妙，即把捕到的三人押上車，倉皇撤離。
九龍坡區捕人，由重慶行轅二處負責。代處長留守處本部，偵訊科長和渝諜組長擔任領隊，科、組、股主要骨幹和部分組員參加，並由行轅警衛團配合。當晚12時出發，到九龍坡後由警察所長陪同親赴現場。武裝軍警把女師院層層包圍，偵訊科長、渝諜組長、警察所長與代理院長宗錫鈞交涉，交了公函，說明了來意，要求宗按名單交人。宗表示院長不在，按名單交人有困難，談判無結果。時已深夜3時，偵訊科長、渝諜組長商量後決定以暴力逮捕，乃由武裝軍警和便衣特務將各學生宿舍包圍，依次搜查。
武裝軍警包圍後，一些學生很快發現，立即告訴了進步學生賴鬆，她隨即吹口哨報警，並組織同學把前後大門堵起來。這怎能擋住軍警憲特？軍警很快破門擁進六宿舍。女生怒不可遏，將他們團團圍住，憤怒的咒罵聲和呼喚聲嚷成一片，阻止他們的活動。一個披著雨衣的女特務揚手散發了一些白紙條，上頁寫著：“我們捉拿赤匪的地下分子汪盛榮！”“汪盛榮罪不容誅，與其他同學無涉！”她還叫喊，“你們犯不著給汪盛榮保鏢，說不定她死無葬身之地，你們又何必呢？”特務這種分化政策用心毒辣，但並未見效，咒罵聲、呼喊聲更加激昂。
天大亮了，女生披頭散發，臉色蒼白，汪盛榮躲在同學之間，由賴鬆她們掩護著。經校工中一個壞蛋指點，軍警憲特猛撲過去，拳打腳踢，打散人群，抓住汪盛榮往門口拖，汪反抗著，喊著：“同學們，團結起來鬥爭呀！”汪被拖上一輛軍用卡車，一批女生哭喊著，猛追汽車。
五宿舍住的是一年級女生，大門沒關，黑名單上的學生除了人不在的外，全部被捕。
三宿舍住的全是四年級女生，當軍警踢開宿舍大門時，電燈全亮了，在看清特務麵目之後，燈泡全摘下，一片漆黑。在宿舍巷道、不少女生圍著特務，特務按黑名單點名，被點到的幾個學生自治會幹部，都化妝溜走了。
六、五、三宿舍一群女生在賴鬆帶領下追趕汽車，到黃桷坪附近，汽車已遠遁了。一群便衣特務和軍警向黃桷坪走來，那個女特務也在裏麵；這群女生沒追上汽車正氣憤之極，一個女生一聲吼：“衝上去，抓女特務！”一個個舉起拳頭衝了過去，把女特務狠打了一頓；其他軍警憲特驚呆了，一個個不知所措。
中午，軍警憲特又重新包圍女師院宿舍，賴鬆等進步學生已化妝從後山轉移了。但一個狠打女特務的女生被認出抓走。
南岸的西南學院，學生26人被捕，有三人沒抓到，潘大逵、馬哲民、李文釗、羅克汀四教授一並被捕；華僑工商學院，學生二人被捕；儲材農業專校，學生三人被捕；民建、蜀都、重中，各有學生一人被捕。
北碚的鄉建學院，學生23人、教職員八人被捕，占師生總數10%。在女生宿舍捕人時，女生堅決反對，大吵大鬧，軍警憲特鳴槍威嚇，一時氣氛緊張。在男生宿舍捕人時，學生高聲抗議特務抓人，特務將領頭呼喊者也抓走。
“六一”大逮捕，如前所述，是一次全國性的大逮捕，從已有資料來看，在全國大中城市中，重慶捕人最多。據陳蘭蓀回憶：重慶最初內定逮捕的名單為三百六七十人，警備司令孫元良公開宣布實際逮捕的219人，加上後來補捕的，共260人左右。這樣大規模鎮壓學生運動，實屬罕見，必然引起強烈反響。